Дерево паттерн: Бесплатные векторы Дерево, более 155 000 изображений AI, EPS

Содержание

Компоновщик

Также известен как: Дерево, Composite

Суть паттерна

Компоновщик — это структурный паттерн проектирования, который позволяет сгруппировать множество объектов в древовидную структуру, а затем работать с ней так, как будто это единичный объект.

Если решать задачу в лоб, то вам потребуется открыть все коробки заказа, перебрать все продукты и посчитать их суммарную стоимость. Но это слишком хлопотно, так как типы коробок и их содержимое могут быть вам неизвестны. Кроме того, наперёд неизвестно и количество уровней вложенности коробок, поэтому перебрать коробки простым циклом не выйдет.

Продукт просто вернёт свою цену. Коробка спросит цену каждого предмета внутри себя и вернёт сумму результатов. Если одним из внутренних предметов окажется коробка поменьше, она тоже будет перебирать своё содержимое, и так далее, пока не будут посчитаны все составные части.

Армии большинства государств могут быть представлены в виде перевёрнутых деревьев. На нижнем уровне у вас есть солдаты, затем взводы, затем полки, а затем целые армии. Приказы отдаются сверху и спускаются вниз по структуре командования, пока не доходят до конкретного солдата.

Контейнер (или композит) — это составной компонент дерева. Он содержит набор дочерних компонентов, но ничего не знает об их типах. Это могут быть как простые компоненты-листья, так и другие компоненты-контейнеры. Но это не является проблемой, если все дочерние компоненты следуют единому интерфейсу.

Класс CompoundGraphic может содержать любое количество подфигур, включая такие же контейнеры, как он сам. Контейнер реализует те же методы, что и простые фигуры. Но, вместо непосредственного действия, он передаёт вызовы всем вложенным компонентам, используя рекурсию. Затем он как бы «суммирует» результаты всех вложенных фигур.

Клиентский код работает со всеми фигурами через общий интерфейс фигур и не знает, что перед ним — простая фигура или составная. Это позволяет клиентскому коду работать с деревьями объектов любой сложности, не привязываясь к конкретным классам объектов, формирующих дерево.

// Общий интерфейс компонентов.
interface Graphic is
    method move(x, y)
    method draw()

// Простой компонент.
class Dot implements Graphic is
    field x, y

    constructor Dot(x, y) { ... }

    method move(x, y) is
        this.x += x, this.y += y

    method draw() is
        // Нарисовать точку в координате X, Y.

// Компоненты могут расширять другие компоненты.
class Circle extends Dot is
    field radius

    constructor Circle(x, y, radius) { ... }

    method draw() is
        // Нарисовать окружность в координате X, Y и радиусом R.

// Контейнер содержит операции добавления/удаления дочерних
// компонентов. Все стандартные операции интерфейса компонентов
// он делегирует каждому из дочерних компонентов. 
class CompoundGraphic implements Graphic is
    field children: array of Graphic

    method add(child: Graphic) is
        // Добавить компонент в список дочерних.

    method remove(child: Graphic) is
        // Убрать компонент из списка дочерних.

    method move(x, y) is
        foreach (child in children) do
            child.move(x, y)

    method draw() is
        // 1. Для каждого дочернего компонента:
        //     - Отрисовать компонент.
        //     - Определить координаты максимальной границы.
        // 2. Нарисовать пунктирную границу вокруг всей области.


// Приложение работает единообразно как с единичными
// компонентами, так и с целыми группами компонентов.
class ImageEditor is
    field all: CompoundGraphic

    method load() is
        all = new CompoundGraphic()
        all.add(new Dot(1, 2))
        all.add(new Circle(5, 3, 10))
        // ...

    // Группировка выбранных компонентов в один сложный
    // компонент.
    method groupSelected(components: array of Graphic) is
        group = new CompoundGraphic()
        foreach (component in components) do
            group. add(component)
            all.remove(component)
        all.add(group)
        // Все компоненты будут отрисованы.
        all.draw()

Паттерн Компоновщик предлагает хранить в составных объектах ссылки на другие простые или составные объекты. Те, в свою очередь, тоже могут хранить свои вложенные объекты и так далее. В итоге вы можете строить сложную древовидную структуру данных, используя всего две основные разновидности объектов.

Убедитесь, что вашу бизнес-логику можно представить как древовидную структуру. Попытайтесь разбить её на простые компоненты и контейнеры. Помните, что контейнеры могут содержать как простые компоненты, так и другие вложенные контейнеры.
Создайте общий интерфейс компонентов, который объединит операции контейнеров и простых компонентов дерева. Интерфейс будет удачным, если вы сможете использовать его, чтобы взаимозаменять простые и составные компоненты без потери смысла.
Создайте класс компонентов-контейнеров и добавьте в него массив для хранения ссылок на вложенные компоненты. Этот массив должен быть способен содержать как простые, так и составные компоненты, поэтому убедитесь, что он объявлен с типом интерфейса компонентов.
Имейте в виду, что методы добавления/удаления дочерних компонентов можно поместить и в интерфейс компонентов. Да, это нарушит принцип разделения интерфейса, так как реализации методов будут пустыми в компонентах-листьях. Но зато все компоненты дерева станут действительно одинаковыми для клиента.

Декоратор оборачивает только один объект, а узел Компоновщика может иметь много детей. Декоратор добавляет вложенному объекту новую функциональность, а Компоновщик не добавляет ничего нового, но «суммирует» результаты всех своих детей.

Системный проблемно-ориентированный подход в управлении – совершенное оружие в борьбе за развитие бизнеса. В этом подходе важное место занимают методы, которые позволяют в ситуации неопределенности находить сущностные проблемы. Метод экспертных оценок Паттерн – один из таких методов. Он позволяет вычленить ключевую проблему бизнеса, чтобы выбрать проекты к реализации. Также метод помогает установить, где возникают затруднения внутри проектной цепочки событий.

Перед изучением методики прогнозирования Pattern поразмыслим, как применить такие сложные категории в проектной практике. Представьте себе, что вы являетесь членом управляющей команды солидной компании. Стратегический анализ вами выполнен, выводы прогнозирования приняты. В развитие стратегии издан документ «Перечень стратегических инициатив». В нем состав мероприятий настолько большой, что вы осознаете: все из написанного выполнить не удастся.

Что делать? Какую тактику применить? На выручку приходит классическая модель оптимизации: расставить приоритеты по цепочке «важность – проблемность – решаемость». В современной науке есть дисциплина «Управленческие исследования». Ее цель – формировать и развивать концепции, которые позволяют принимать лучшие управленческие решения. Применение этой теории основано на системном подходе к управлению.

Оказывается, исследования нужны далеко не всегда. В управлении в основном нужны оценки, анализ и результаты прогнозирования на их основе. В то же время в ходе исследования требуется обнаружить проблему. Если ее осознать, тогда и последующие проектные события принесут лучший результат, иначе смысла в многочисленных проектах окажется не так много.

В бизнес-логике обосновано применение двух подходов к мышлению управленца: задачного и проблемного. Мы неоднократно устанавливали, что в проектном управлении превалирует задачное мышление, ему соответствует парадигма управления от задач. Также определяли проект, как уникальную задачу, решаемую в условиях определенного содержания, ограничений и рисков.

Решение задач предполагает применение знаний об очевидных закономерностях. Эти закономерности используются с опорой на реальные факты. На их основе обнаруживаются недостающие элементы системы, а также связи между ними. Закономерности, в свою очередь, возникают не на пустом месте. Их предваряют общепринятые концепции, формулы, модели, которые наработаны практиками и учеными.

Приведем обычный пример о мотивации в проектной команде, которая вдруг дает сбой, и проект «спотыкается». РМ понимает, что ситуация подчиняется каким-то закономерностям. А где их найти? Какой метод применить? Коллеги советуют: пройди тренинг, найми консультанта, почитай умную книгу, сходи на форум… Однако практические события показывают, что применение задачного подхода «в лоб» часто не получается.

В практике часто возникает ситуация, когда техники прогнозирования дают сбой. Вольно или невольно приходится разбираться с более глубокими категориями управления. Этому помогает осмысление проблемно-ориентированного мышления, которое не менее важно, чем задачное.

Смысл проблемного мышления заключается в отказе от поиска ситуаций, фактов, которые подлежат описанию через разработанные ранее, общепринятые концепции и теории. Метод проблематизации предлагает нахождение нового «водораздела» между традиционным и новым в практике, обнаружение зоны недостаточности принятых концепций, например, управления бизнесом (процессами и проектами).

И наоборот, метод депроблематизации в управлении предполагает работу по ситуации, когда концепция достаточно быстро видоизменятся. В результате бывшая проблема в одночасье становится задачей, под которую уже готов уникальный кейс решения и «за дано» удается пройти «без проблем». Инструменты прогнозирования снова актуализируются. Обозначим несколько тезисов исследовательской методологии.

Развертывание всей методологии управленческих исследований является предметом отдельной статьи. Тем не менее, современные теория и практика позволяют технологично вычленять проблемы любого уровня управления, в том числе уровня конкретного проекта. В этой методологии инструментальные средства локализации проблемной области играют важную роль. Такими средствами выступают так называемые методы экспертной оценки:

Что могут получить аналитики на выходе метода Pattern в проекте национального масштаба? Во-первых, глубоко эшелонированный перечень целей проекта. Во-вторых, синтезированные веса целей, которые характеризуют политическую, научную, техническую значимость результатов.

Метод предполагает, что веса по совокупности для каждого уровня архитектуры декомпозиции составляют предельное значение – 1,0. Исследователи получают логическую базу для выделения бюджетов и других ресурсов на элементы «Дерева целей», исходя из оцененных и рассчитанных весовых значений. У метода Паттерн есть устоявшаяся логическая структура, которая состоит из четырнадцати элементов.

При такой многоплановой работе организаторы мегапроекта ориентируются на правила и принципы структурного формирования. Метод предполагает равномерность структуризации и соразмерность оснований для декомпозиции. Здесь вполне уместно применение логики здравого смысла, но не только.

Помимо названного выше, методика прогнозирования Паттерн обеспечивает в пределах одного иерархического уровня единообразие структурного признака. Также требуется отсутствие фактов «вырождения ветвей архитектуры». Вся система должна быть охвачена полностью без потерь ее элементов. При исследовании структур целей функционирования (СЦФ) и развития компании или проекта методика Pattern предписывает учитывать:

Все элементы системы Паттерн, входящие в «Дерево целей», подлежат тщательной оценке их относительной важности. Ее применение происходит сверху вниз по иерархии согласно принятому сценарию. Выделенные группы экспертов, детально разбирая уровни архитектуры, проходят их один за другим. При этом отслеживается соблюдение условия декомпозиции, чтобы нижестоящие элементы обеспечивали структурную позицию вышестоящего. Pattern применяется последовательно, по описанной схеме заполняются все восемь уровней «дерева».

Семантически такая иерархия выстроена если и не безупречно, то, во всяком случае, вполне логично. Действительно, если посмотреть на таблицу уровней, то заметно, что сверху вниз растет конкретика и по масштабу, и по привязке к временной шкале от настоящего момента. Методика Pattern предлагает осуществлять визуализацию иерархии элементов по следующему типу.

Помимо логико-экспертной работы над «Деревом целей» метод предписывает еще и серьезные процедуры количественной оценки. Экспертные группы, состоящие примерно из 10 участников, присваивают всем элементам «дерева» веса, позволяющие применить оценку их относительной важности. Результаты оценки ранжируются и принимаются на основании голосования внутри групп, которое происходит в среднем в течение трех туров.

Результатом экспертизы и оценки Паттерн является заполнение специальных матриц, в которых устанавливается соответствие найденным критериям элементов «дерева» для каждого из уровней. Форма матрицы и формула расчета коэффициентов относительной важности системы Pattern представлены далее.

Какую бы социальную систему мы ни взяли: государство, компанию или даже ее внутренний проект, в любом случае риск одного противоречия достаточно велик. Имеется в виду разрыв между стратегией (вернее планом стратегических мероприятий) и механизмами их ресурсного, материально-технического и процессуального обеспечения.

Методика прогнозирования Паттерн позволяет справляться с данной проблемой благодаря исследовательским технологиям, экспертным оценкам и компьютеризированной обработке полученных данных. Причем успех достигается независимо от масштаба объекта управления. Чем же полезен метод для решения задач уровня компании?

Как правило, когда стратегия только разрабатывается, применить результаты прогнозирования Паттерн не представляется сложным. Когда же приближается фаза воплощения замыслов, тут и возникают основные затруднения, способные остановить самые перспективные начинания.

Корпоративный уровень, с одной стороны, упрощает вопрос отмеченного выше разрыва, с другой стороны – несколько меняет подходы методики Паттерн, которая как раз призвана урегулировать конфликтную ситуацию. Когда применяется метод, и строится «Дерево целей», параллельно разрабатывается также «Дерево свойств ресурсов». Разработка этого «дерева» в Pattern основывается на декомпозиции ресурсов по аспектам качества ряда направлений, в числе которых:

Эти компоненты также подвергаются экспертизе, в ходе которой производится более глубокая декомпозиция и применение Паттерн-оценки элементов системы и самих направлений. Используются формальные методы либо там, где есть возможность, привлекаются технические средства, а также метрологические формы измерения.

Перед началом реализации стратегии в любой компании встает вопрос об эффективном распределении ресурсов под стратегические инициативы. От этого зависит, перейдут инициативы в форму проектной реализации или так и останутся «облачными» планами. Сам метод, а также «Дерево целей» и «Дерево свойств ресурсов» позволяют вычленить инициативы с максимальной важностью и проблемностью. Они помогают найти решение по нахождению ресурсной базы для реализации проекта. Вашему вниманию представлена универсальная визуальная модель метода Паттерн.

В настоящей статье достаточно схематично обрисованы основные моменты методики Паттерн. Данный метод прогнозирования – технология, далеко не исчерпавшая возможности для бизнеса в его проектной составляющей. Для руководства компании применение системы имеет перспективы более точного фокусирования на самом главном в реализации стратегии. Увеличиваются шансы не распыляться в ресурсах и усилиях. Метод интересен и для PM. Исследование ситуации с затруднениями проекта дает возможность вовремя диагностировать проблему и добиться результата, несмотря на ограничения.

Иерархия от частного к целому строится как древовидная структура, где каждый отдельный лист или узел воспринимается одинаково в любой части дерева. Это означает, что группа или коллекция объектов (поддерево узлов) также является листом или узлом. Это выглядит так:

Созданная поддиректория в директории аналогично является листом или узлом, включающим в себя другие элементы вроде видео, изображений и прочего. В то же время и директории, и поддиректории являются композитами, поскольку представляют собой коллекции частей: объектов, файлов и тому подобного.

Давайте рассмотрим пример с разработкой приложения для организации, помогающей докторам проходить аттестацию для платформ, предоставляющих медицинские услуги удаленно. Процесс построен на сборе подписей для предусмотренных законом документов.

forms.add(pr2Form) // Документ
forms.add(w2Form) // Документ

Дерево со всеми кровными родственниками заполняют крайне редко, по причине огромного количества сведений. Трудно удачно расположить информацию на холсте, чтобы все было красиво и читабельно. Каждый генеалог выбирает для себя наиболее удобный вариант заполнения родословного дерева.

Существующие генеалогические программы позволяют строить разнообразные сложные родословные схемы. Но гораздо чаще востребованы именно плакаты с шаблонами генеалогического дерева для самостоятельного заполнения. В конце статьи вы сможете скачать такой шаблон, распечатать, внести свои данные и повесить на стену. Но сначала разберем, какими же бывают генеалогические деревья.

Подобный вид родословного дерева часто встречается в Европе. В данном дереве предки находятся слева, а ветви идут в горизонтальном направлении. Если помимо прямых предков и потомков будут еще и другие кровные родственники, то дерево будет называться смешанным.

Во главе дерева находится предок, от него исходят ветви с его потомками. Предок может находится внизу (у корня дерева), тогда его потомки расходятся вверх, как ветви дерева. Или предок может быть вверху, тогда все линии будут направлены вниз.

В этом варианте древа потомки по женским линиям (от дочерей и внучек, а также предки жены) будут отсутствовать. Поскольку оно составляется только для мужской линии. Выходя замуж, девушка меняет фамилию и теряет связь с отцовской родословной. Отсюда поговорка – «род прервался», т.е. не было сыновей, которые смогли бы продолжить фамилию.

Главной персоной в дереве считается ребенок. От него в разные стороны уходят 2 ветви: его отец и мать. От каждого из родителей тянутся еще по 2 ветви – это бабушки и дедушки ребенка. И так далее. Такая форма дерева объединяет всех прямых предков конкретного человека. (Подробнее о родословной для детей и шаблон такого дерева)

Ее еще иногда сравнивают с птицей, где правое крыло – это линия матери, а
левое крыло – линия отца. В центре круга пишут имя ребенка. Рисуют круг
побольше, чтобы первый круг был внутри второго. Делят второй круг пополам. На
одной половине пишут имя матери, на другой – имя отца. Рисуют внешний третий
круг, делят его на 4 сектора, в которые записывают имена бабушек и дедушек. Таким
образом, получается круговая таблица, заполненная именами ваших предков.

Дерево решений — логическая схема, позволяющие получить окончательное решение о классификации объекта после ответов на иерархически организованную систему вопросов. Стоит сказать, большинство высоко результативных решений на Kaggle — комбинация XGboost-ов, одного из вариантов деревьев решений, и очень качественного фичер-инжиниринга.

Стоящая за деревьями решений идея проста. Представим датасет, созданный путем записи времени ухода из дома и времени прихода на работу. Анализируя эти данные, можно увидеть, что в большинстве случаев выход из дома раньше 8:15 приводит к своевременному прибытию на работу, а выход после 8:15 — к опозданию.

Теперь этот паттерн можно выразить через дерево решений. В самой первой точке разветвления следует задать вопрос: “Выход из дома осуществляется раньше 8:15?”. Теперь есть две ветви — “да” и “нет”. Для согласованности будем считать положительный ответ левой веткой. Вводя такую границу решения, мы разбиваем данные на две группы. Хотя в таком случаем есть некоторые исключения и сложности, общее правило — разделение по времени с границей 8:15. Если вы выходите до 8:15, можете быть уверены, что попадете на работу вовремя. В противном случае — будьте уверены, что опоздаете.

Выход до 8:00 однозначно приведет к своевременному появлению на работе, тогда как с 8:00 до 8:15 — лишь к высокой вероятности прийти вовремя, но не к гарантии. Похожим образом ветвь с выходом после 8:15 делится на две ветви с решающим вопросом: “отправление до 8:30?”. Если ответ положительный, то есть большая вероятность опоздать, если же отрицательный — вы гарантированно опоздаете.

Рассматриваемый пример использует только один фактор и одну целевую переменную, которую необходимо предсказать. Фактором выступает время отправления, а целевая переменная — приедем ли мы вовремя. Целевая переменная категориальная, так как она имеет только два различных значения. Деревья решений с категориальной целевой переменной называются классифицирующими деревьями.

Можно расширить этот пример на случай нескольких предикторных переменных. Рассмотрим время выхода и день недели. Начнем собирать данные с понедельника (день 1), тогда суббота = 6, воскресенье = 7. Исследуя данные, можно видеть, что в субботу и воскресенье зеленые точки смещены в левую сторону. Это означает, выход в 8:10 является достаточным, чтобы успеть на работу вовремя в будний день, но не достаточным в выходные.

Чтобы отобразить этот факт в дереве решений, можем начать также, как и в первом примере, установив границу решений как 8:15. Выход после 8:15 скорее всего приведет к опозданию. Выход из дома до 8:15 — не показательный фактор, хотя ранее мы предполагали, что это гарантирует прибытие вовремя. Теперь мы видим по данным, что это не является полной правдой.

Чтобы сделать более точную оценку для выходных, разделим левую ветвь на выходные и будние дни. Теперь выход из дома до 8:15 в будний день гарантирует своевременное прибытие на работу. Для выходного дня в большинстве случаев это тоже вовремя, но не всегда. Мы обновили дерево решений с помощью узла, который отражает новую решающую границу.

Можно еще сильнее уточнить оценку разделением ветки с отправлением до 8:15 в выходной день на отправление до 8:00 и после. Отправление до 8:00 скорее всего приведет к своевременному появлению на работе, а в интервале с 8:00 до 8:15 к опозданию с большой вероятностью. Получилось двумерное дерево решений, аккуратно поделенное на 4 различных региона. Два из них соответствуют прибытию вовремя, два — опозданию.

Рассмотрим случай с непрерывной целевой переменной, а не категориальной. В случае использования модели для предсказания непрерывных количественных переменных дерево называется регрессионным. Мы посмотрели на одномерные и двумерные классификационные деревья, теперь настало время взглянуть на регрессионные.

Перед нами стоит задача оценки времени пробуждения в зависимости от возраста человека. Корень нашего регрессионного дерева — оценка всего датасета. В этом случае, если требуется оценка без знания возраста конкретного человека, разумным предположением будет 6:25. Это и будет корнем нашего дерева.

Поскольку наблюдается большая неоднозначность для младшей группы, можем разделить её еще раз. Теперь границей решений будет возраст 8 лет, что позволит более точно подстроиться под данные. Также можно разделить возрастную группу в диапазоне от 40 до 70 лет на отметке 58 лет. Отметим, мы добиваемся того, чтобы в каждом листе дерева находилось только одно или два значения из данных. Но это условие опасно тем, что может приводить к переобучению, о котором мы поговорим в скором времени.

В результате необходимо получить численную оценку в зависимости от возраста. Если требуется оценить время пробуждения для 36-летнего человека, можно начать с самой верхушки дерева. Этот процесс описывается следующим образом:

Конечно, существует способ расширения регрессионного дерева на случай двух предсказательных переменных. Если рассматривать не только возраст человека, но также и месяц года, можно получить явный и информативный паттерн. В Северной Америке дни длиннее в летние месяцы, и становится светлее раньше по утрам. В нашем нереалистичном примере дети и подростки не обременены строгим расписанием работы или учебы в школе, а их время пробуждения зависит только от того, когда восходит солнце. С другой стороны, взрослым присущ более стабильный распорядок дня, лишь немного зависящий от сезона. Но даже так, для старшего поколения характерно чуть более раннее время пробуждения.

Повторяем этот процесс, разделяя более молодую популяцию на два уровня — событие произошло до середины сентября и событие произошло до середины марта, соответственно. Такое разделение изолирует зимние месяцы от летних. Время пробуждения в зимние месяцы — 7:30 для людей младше 35 лет, а для летних — 6:56.

Можно увидеть, что на графике начинают появляться высокие угловые пики. При каждом дополнительном разделении форма модели дерева решений становится более похожа на оригинальные данные. Кроме того, можно заметить, что в верхнем правом углу графика решающая граница начинает делить датасет на регионы примерно одинакового цвета.

Этот процесс продолжается до тех пор, пока модель не станет хорошо представлять плавные тренды, соответствующие данным. Каждый решающий регион постепенно должен становиться меньше, тогда как аппроксимация лежащей в основе данных функции улучшается.

В тоже время деревья решений не лишены недостатков, важнейший из которых — переобучение. Возвращаясь к примеру регрессионного дерева с одной переменной (предсказание времени пробуждения по данным о возрасте), представим, что мы продолжаем разделять ось возраста до тех пор, пока в каждой ячейке не окажется один или два объекта из данных.

Когда мы дошли до этой стадии, дерево объясняет и описывает данные очень хорошо. Даже слишком хорошо. Такая модель не только находит лежащие в основе данных тренды (гладкая кривая, по которой следуют данные), но также реагирует и на шумы (несмоделированные отклонения), характерные для исследуемых данных. Если будет необходимо применить эту модель и предсказать время пробуждения на новых данных, шум из тренировочного сета будет делать предсказание менее точным. В идеале мы хотим, чтобы дерево решений находило только тренды, но не реагировало на шумы. Один из способов защититься от переобучения — убедиться, что в каждом листе нашего дерева находится больше чем один или несколько объектов. Такой способ позволяет усреднением избавиться от шума.

Другая вещь, на которую стоит обратить внимание — большое количество переменных. Мы начали с одномерного регрессионного дерева, затем добавили данные о месяцах, чтобы трансформировать дерево в двумерное. Такой метод не придает значение количеству измерений, которые у нас есть. Можно, например, добавить широту, интенсивность физической нагрузки человека в определенный день, индекс массы тела или любые другие переменные, которые могут быть релевантны для нашей задачи.

Чтобы визуализировать многомерные данные, используем прием, предложенный Джеффри Хинтоном — исследователем в области искусственных нейронных сетей. Он рекомендует следующее: “Чтобы иметь дело с гиперплоскостью в четырнадцатимерном пространстве, представьте себе трехмерное пространстве и скажите самому себе очень громко “четырнадцать.”

Проблема, возникающая при работе с многими переменными, связана с решением о том, какая из переменных должна идти в ветку при построении решающего дерева. Если имеется много переменных, то требуется большое количество вычислений. Также, чем больше переменных мы добавляем, тем большее количество данных нам необходимо, чтобы достоверно выбирать между ними. Легко попасть в ситуацию, где количество объектов в данных сравнимо с количеством переменных. Если наш датасет представлен в виде таблицы, то такая ситуация соответствует совпадению количества строк и столбцов. Существуют методы для борьбы с такими ситуациями, например, случайный выбор переменной для разделения в каждой ветке, но это требует повышенного внимания.

Вы можете свободно пользоваться всеми преимуществами силы деревьев решений, пока следите за местами, где модель может терпеть неудачи. Деревья решений — фантастический инструмент, когда вы хотите сделать как можно меньше предположений о ваших данных. Они обобщают и могут находить нелинейные зависимости между предсказательной и целевой переменной также хорошо, как и влияние одной предсказательной переменной на другую. Если имеется достаточное количество данных для осуществления необходимых разбиений, деревья решений могут выявлять квадратичные, экспоненциальные, циклические и другие зависимости. Деревья могут также находить неплавное поведение, резкие прыжки и пики, которые другие модели, такие как линейная регрессия или искусственные нейронные сети, могут скрывать.

Вязаные новогодние елки были обязательным элементом моего праздничного списка вязания. Я очень доволен тем, как получился этот узор! Эти деревья могут показаться сложными, но они идеальны для новичков! Деревья состоят из двух сторон. Они вяжутся ровно и имеют некоторое базовое увеличение и уменьшение. После того, как стороны провязаны, их сшивают и набивают волокнистым наполнителем.

Эти вязаные елки можно повесить сверху или установить, как показано здесь. Их установка — интересный способ показать их. Просто вставьте палочку корицы и приклейте деревья к дереву (можно найти в магазинах для рукоделия).

Вы ищете экологически безопасные способы упаковки рождественских подарков в этом году? Как насчет того, чтобы украсить свои подарки вязанием крючком, которое затем можно использовать в качестве украшения для дерева? Эти маленькие новогодние елки станут прекрасным украшением для подарков, их легко и быстро сделать.

Не уверены в различиях между британскими и американскими терминами? Вам нужно напомнить, как наложить швы? В моей электронной книге «Как вязать крючком: удобное справочное руководство» я помогаю вам со всеми этими терминами, и вы всегда можете иметь их под рукой! Вы также получите эксклюзивный доступ к бесплатным видео-инструкциям.Вы можете найти мою электронную книгу ЗДЕСЬ.

Раунд 3: Ch 2 (считается как первая тр), (4 тр., 2 вп, сл.) В первом вп-2 сп, вп 2, (4 тр, 2 вп, 4 тр) в следующем вп-2 sp, ch 2, sl st во втором tr следующего кластера, ch 2, 4 tr в следующем ch-2 sp, ch 2, sl st во втором tr следующего кластера, ch 2, (4 tr, ch 2, 4 tr ) в следующем ch-2 sp, ch 2, sl st в третьем tr следующего кластера, ch 2, 4 tr в следующем ch-2 sp, ch 2, sl st в третьем tr следующего кластера, ch 2, (4 tr , 2 вп, 4 сбн) в след.ч-2 сп, 2 вп, сбн в основание нач.ч-2.

Думаю, у вас есть обрезки, которые идеально подходят для украшения деревьев. Вы можете взять то, что у вас есть под рукой, что подойдет к вашему праздничному декору. Я рада видеть, как кто-то делает из них коренастую пряжу — разве не будут такие милые короткие деревца?

Это была моя первая сушка апельсинов, поэтому я направилась в The Merryoughtt, чтобы узнать, как сушить апельсины для гирлянды.(Слово дружеского предупреждения: их сайт потрясающий, и вы можете просто взять себе чашку свежего кофе и расслабиться, потому что, начав просматривать их удивительные поделки, вы не захотите останавливаться.)

Я был приятно удивлен тем, как легко сушить и нанизывать апельсины даже с помощью моего четырехлетнего ребенка. (Мне не нужно заключать слово «помощь» в кавычки, потому что он был буквально полезен.) Это был забавный проект, над которым мы работали вместе.

Чтобы повесить рождественские елки, я использовал эти симпатичные маленькие булавки в виде звездочек, которые я нашел на Амазонке. ВНИМАНИЕ !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!Они идеально подходят для украшения деревьев и позволяют легко повесить их между апельсинами на джутовом шпагате или прикрепить деревья к подарочной упаковке.

Биновый стежок: вставить крючок в петлю и подтянуть петлю (2 петли на крючке), накинуть накид, вставить крючок в ту же петлю и подтянуть петлю (4 петли на крючке), накинуть накид, вставить крючок в ту же петлю и подтянуть вверх петлю (6 петель на крючке), накинуть и протянуть через все 6 петель, 1 в.п., чтобы закрыть петлю. Чтобы проработать последующие ряды, бобовый стежок выполняется в фасолевом стежке ниже, пропуская цепочку 1, которая закрепляла каждую петлю.

Найдите 2 центральные петли фасоли и соедините пряжу справа от центральных петель фасоли (то есть между 3 и 4 фасоли) — вы проработаете ствол поверх 4 петель (фасолевые петли и 1 вп, закрывающие фасолевые петли). из этих 2 петель фасоли.Набрать на каждой петле (4 петли). Отстегиваем и вплетаем концы.

Ряд 5: вп 1, бобовая петля в каждой бобовой петле нижнего ряда, повернуть (4 бобы) .Теперь вы продолжите работать, как указано выше, увеличивая каждый 4-й ряд, пока ваш треугольник не станет настолько большим, насколько вам нужно. быть.

О, Рождество.Как я тебя люблю. И я просто обожаю это забавное украшение рождественской елки Granny Square. Вам не нравятся проекты по быстрому вязанию крючком, которые можно выполнить вечером? Эта бабушка-новогодняя елка — именно то, что вам нужно. Это отличное применение для всех тех забавных праздничных кнопок, которые вы хотите купить, но не совсем оправдывают трату денег.

Если вы были со мной какое-то время, вы знаете, что раньше я выставлял этот узор на продажу в моих магазинах Etsy и Ravelry. После долгих раздумий я решил забрать его из магазинов и бесплатно предложить здесь в блоге.Позвольте мне рассказать вам, почему. Я не первый, кто вылепил из квадратов бабушки форму рождественской елки, и хотя я действительно спроектировал звезду и ствол дерева, я чувствовал, что узор не совсем подходит к другим уникальным вещам в моем магазине.

Ресурсы и учебные пособия, которые могут оказаться полезными при использовании этого шаблона: Аббревиатуры вязания крючком, Таблица преобразования вязания крючком из США в Великобританию. Найдите ссылки на строчки в меню «Учебное пособие»: «Приступая к работе» покажет основные стежки, используемые во многих узорах, а в словаре для вязания крючком представлена наша растущая коллекция руководств по вязанию крючком.

R2: Сдвинуть петлю в следующую петлю постоянного тока, в следующую петлю 3 петли, * 3dc, четвертую петлю, сдвинуть петлю в третьей петле от крючка (образует пикот), петлю 1, 3 постоянного тока. Пропустить следующий постоянный ток, sl st в следующем постоянном токе (который является средним постоянным током следующего кластера постоянного тока). Повторить от * до конца, заканчивая sl-ст в начале sl-st. Закончите и вплетите концы.

Ветви дерева состоят из 5 квадратов увеличивающегося размера.Сделайте по 1 из 3 рядов, 4 ряда, 5 рядов, 6 рядов и 7 рядов. (Примечание: вы можете сделать ветки одного цвета (как на верхнем фото) или сделать последние круглые белые, чтобы напоминать заснеженное дерево (как на фото выше)

R3 и последующие ряды: Sl st в следующих 2 dc и в следующую клетку, в угловом пространстве, ch 3, 2 dc, ch 2, 3 dc, ch 1. 3 dc, ch 1 в каждом пространстве до достижения следующего угла. В углу работают 3дз, 2 ч, 3 дк. Действуйте соответственно, работая 3 dc, ch 1 в каждом неугловом пространстве и 3dc, ch 2, 3 dc в каждом углу. В конце каждого ряда сдвигайте петлю до верха 3 петли.

ряд 8: 1 вп, повернуть, сбн в изнаночные петли только поперек до последнего сбн.В последнем сбн вяжите 3 сбн, поверните работу и сбн поперек основания ствола дерева, в следующем углу провяжите 3 сбн, сбн поперек ствола. Закончите, оставив конец для пришивания ствола к дереву.

Поверните один угол вверх к центру каждого квадрата и прострочите. Сложите квадраты, используя фото для справки, и пришейте их на место. Пришиваем звезду поверх елки. Петля для подвешивания крючком (см. Ниже). Пришиваем ствол к низу дерева. Произвольно пришиваем пуговицы для украшений.

(ISNS) — Когда деревья сбрасывают листву этой осенью, они обнаруживают загадочную, почти универсальную модель роста, впервые обнаруженную Леонардо да Винчи 500 лет назад: простое, но поразительное соотношение, которое всегда сохраняется между размером ствола дерева и размеры его ветвей.Новая статья вновь разожгла дебаты о том, почему деревья растут таким образом, утверждая, что они могут защищать себя от повреждения ветром.

Да Винчи написал в своей записной книжке, что «все ветви дерева на каждой ступени его высоты, когда собраны вместе, равны по толщине стволу». Другими словами, если бы ветви дерева были загнуты вверх и сжаты вместе, дерево выглядело бы как один большой ствол с одинаковой толщиной сверху вниз.

Деревья по своей природе фрактальны, это означает, что узоры, созданные большими структурами, такими как основные ветви, повторяются в более мелких структурах, таких как меньшие ветви.
Элой начал с каркаса фрактального дерева, в котором уменьшенные копии основных ветвей многократно складываются вместе для создания виртуального дерева. Каждая новая ветка повторяет свою «материнскую» ветвь, имитируя фрактальную природу реальных деревьев. На этом этапе дерево модели служило просто основой для последующего определения наиболее эффективной толщины ветвей.

Когда скелет был завершен, Элой испытал его в виртуальной аэродинамической трубе. После приложения различных сил ветра, необходимых для разрушения ветвей, Элой определил диаметры для каждой ветки, которые ограничивали вероятность поломки.Учитывая каждую деталь, от мельчайшей веточки до ствола, симуляция, казалось, вырабатывала правило Леонардо.

Пояснения к правилу обычно делятся на две категории — гидрологические и структурные.Гидрологические теории предполагают, что деревья имеют характерную форму, потому что она способствует эффективной транспортировке сока, в то время как структурные объяснения сосредотачиваются на способности деревьев выдерживать нагрузки. Своим новым исследованием Элой подтвердил структурную теорию.

«Я не сомневаюсь, что древовидная структура является результатом сочетания гидравлики и структурных ограничений», — сказал Inside Science Гил Борер, инженер-эколог из Университета штата Огайо в Колумбусе.«Однако я не думаю, что гидрологический аргумент следует так легко отвергать».

Независимо от причины, по которой действует правило Леонардо, данные, собранные в полевых условиях, показали, что деревья многих видов подчиняются этому правилу. Хотя доказательства до сих пор подтверждают правило 500-летней давности, подтвердить наблюдение да Винчи может быть довольно утомительно.

Роберт Фатхауэр — физик и инженер по образованию, потом художник-математик — уже много лет исследует мир фрактальных деревьев. Он использует процесс, аналогичный исследовательскому процессу Элоя, для создания своих произведений искусства.

Фатхауэр использует фотографию отдельного участка между стволом и веткой в качестве строительного блока для всего своего изделия.Затем он несколько раз добавляет уменьшенные версии исходного строительного блока к контуру дерева. Хотя он не включает правило Леонардо напрямую в свою работу, правило все же проявляется в его работах через фотографии реальных деревьев.

«Я сознательно не использовал [правило Леонардо] в своем искусстве», — сказал Фатхауэр. «Но когда я начал сравнивать площади поверхностей разветвлений, я обнаружил экспериментальное подтверждение того, что правило Леонардо работает довольно хорошо».

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу.Чтобы предоставить доступ без файлов cookie
потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта.Например, сайт
не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к
остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Дарвин утверждал, что уникальный инклюзивный иерархический образец отношений между всеми организмами, основанный на их сходстве и различии [Древо Жизни (TOL)], был фактом природы, для которого эволюция и, в частности, ветвящийся процесс происхождения с модификацией, было объяснение.Однако нет никаких независимых доказательств того, что естественный порядок представляет собой инклюзивную иерархию, и включение прокариот в TOL особенно проблематично. Единственные наборы данных, из которых мы можем построить универсальную иерархию, включая прокариот, последовательности генов, часто не согласуются друг с другом, и редко можно доказать, что они согласны. Иерархическая структура всегда может быть наложена на такие наборы данных или извлечена из них с помощью алгоритмов, предназначенных для этого, но в основе универсального TOL лежит недоказанное предположение о шаблоне, которое, учитывая то, что мы знаем о процессе, вряд ли будет в целом верным.Это не означает, что сходства и различия между организмами не могут быть объяснены эволюционными механизмами, но происхождение с модификацией — только один из этих механизмов, и единый древовидный образец не является необходимым (или ожидаемым) результатом их существования. коллективная операция. Плюрализм шаблонов (признание того, что разные эволюционные модели и представления о взаимоотношениях будут подходящими и верными для разных таксонов, в разных масштабах или для разных целей) является привлекательной альтернативой донкихотскому стремлению к единому истинному TOL.

Значение, роль в биологии и подтверждение универсального «Древа жизни» (ТОЖ) в настоящее время оспариваются (1–15). Некоторые эволюционисты полагают (–), что единое укоренившееся и дихотомически ветвящееся представление отношений между всеми формами жизни уместно (на всех уровнях выше видов), потому что оно лучше всего представляет их историю; ( ii ), что с помощью имеющихся данных и методов мы можем достаточно точно восстановить это дерево; и ( iii ), что мы действительно сделали это, по крайней мере, для основных групп организмов.Другие эволюционисты ставят под сомнение второе и третье из этих убеждений, считая, что данных пока недостаточно, а филогенетические модели недостаточно точны, чтобы позволить реконструировать самые ранние подразделения жизни, хотя они не сомневаются, что какое-то корневое и дихотомически ветвящееся дерево может в принципе представлять история всей жизни. Тем не менее, другие эволюционисты, в том числе и мы, подвергают сомнению даже это самое фундаментальное убеждение, что существует единственное истинное дерево. Все стороны выражают уверенность в своих позициях, и дебаты часто зашли в тупик (см., Например, исх.9–12).

Эта ситуация имеет глубокие корни в истории филогенетики и, по сути, в додарвиновской философской и систематической традиции. Наша цель здесь — показать, что своей интенсивностью и затяжным характером эта дискуссия обязана нерешенным и в значительной степени непризнанным различиям в том, что, по мнению филогенетиков, должно представлять ТОЛ. Для многих его сторонников ТОЛ — это биологический факт (реальность за пределами нашего собственного разума), впервые установленный почти 150 лет назад Дарвином и нуждающийся только в доработке (16).Для тех, кто сомневается в этом, ТОЛ — это научная гипотеза (эвристическая эпистемологическая модель), убедительно и красноречиво сформулированная Дарвином, но еще не подтвержденная (17, 18). Здесь мы развиваем эту вторую позицию, предлагая формулировку гипотезы TOL, которая в целом может быть принята как верная первоначальному замыслу Дарвина, и обсуждая ее проверяемость и статус в контексте прокариотических данных.

Это упражнение имеет значение для филогенетической практики и многих областей биологической теории.В конце концов, вопросы о структуре TOL вторичны по сравнению с вопросами о том, действительно ли такой паттерн ветвления соответствует чему-либо в природе (а не навязывается природе привычками систематиков), и если да, то является ли ветвящийся эволюционный процесс является его первопричиной.

Классификация — важная практика в управлении всеми видами знаний. Это долгое время занимало центральное место в биологии, так же как и представление о том, что одни схемы классификации более естественны, чем другие, потому что они более точно соответствуют лежащей в основе естественной структуре или принципу, которые могут быть линейными (великая цепь бытия), частично круговыми ( Квинарианская систематика начала XIX века) или древовидной формы (17, 19, 20).Дарвин принял в качестве своего экспланандум (то, что необходимо объяснить), что естественная классификация действительно существует и что она древовидная (инклюзивная иерархия). В своей теории эволюции он искал объяснения, (объяснение), причину этой структуры в природе.

Дарвин делает эту повестку дня совершенно ясной в нескольких отрывках из книги О происхождении видов (16). Например, в начале главы 13 он предполагает, что классификация не является произвольной практикой. С самого начала жизни обнаруживается, что все органические существа похожи друг на друга в нисходящей степени, так что их можно разделить на группы по группам. Эта классификация, очевидно, не произвольна, как группировка звезд в созвездия. И затем, через дюжину абзацев, он объясняет нам, почему это не произвольно, потому что естественный процесс (эволюция) является первопричиной иерархических паттернов, давно признанных систематиками.
Все вышеперечисленные правила и вспомогательные средства и трудности в классификации объясняются, если я не сильно обманываю себя, с точки зрения, что естественная система основана на происхождении с модификацией; что персонажи, которые натуралисты считают показывающими истинное родство между любыми двумя или более видами, — это те, которые унаследованы от общего родителя, и до сих пор вся истинная классификация является генеалогической; это сообщество происхождения — это скрытая связь, которую натуралисты искали бессознательно, а не какой-то неизвестный план творения или формулировка общих положений, а простое объединение и разделение объектов более или менее одинаково.

Любая классификация групп по группам, конечно же, представляет собой инклюзивную иерархию, представленную в виде дерева, модель, одобренную Дарвином в главе 4.
Сходство всех существ одного класса иногда изображалось большим деревом. Я считаю, что это сравнение во многом говорит правду. Зеленые и распускающиеся веточки могут представлять существующие виды; и те, которые были произведены в предыдущие годы, могут представлять собой длинную последовательность вымерших видов […] Конечности, разделенные на большие ветви, а эти на меньшие и меньшие ветви, сами когда-то были когда-то, когда дерево было молодым, распускающимися ветками, и это соединение бывшие и настоящие почки по разветвленным ветвям вполне могут представлять классификацию всех вымерших и живых видов в группах, подчиненных группам.

Согласно теории Дарвина, сходство между видами указывает на их общее происхождение, тогда как различия, возникающие в результате или в результате видообразования, обнаруживают модификации видов, вызванные естественным отбором. Обращая внимание читателей на единственную фигуру в О происхождении видов (его древовидная диаграмма), он подчеркнул важную роль конкуренции и отбора в диверсификации, без которой TOL мог бы больше походить на тополя Ломбардии, чем на живые дубы. Луизианы. Я попытался также показать, что существует постоянная тенденция в формах, число которых увеличивается в количестве и расходится по характеру, вытеснять и уничтожать менее расходящиеся, менее усовершенствованные и предшествующие формы. Я прошу читателя обратиться к диаграмме, иллюстрирующей действие этих нескольких принципов, как было объяснено ранее; и он увидит, что неизбежный результат состоит в том, что модифицированные потомки, происходящие от одного прародителя, разбиваются на группы, подчиненные группам.[Курсив наш.]

Структура групп, подчиненных группам, охватываемая уникальной инклюзивной иерархической классификацией, основанной на гомологиях (истинное родство на языке Дарвина), действительно не произвольна.Он отражает лежащую в основе естественную реальность с естественной причиной, а не «некий неизвестный план творения или формулировку общих положений» в логике Аристотеля, внедренной в практики систематиков.
Эта естественная причина является исторической, и, в частности, это прямое происхождение с модификацией, ветвящийся процесс, ветви которого будут повторно захвачены в наиболее естественной и правильной классификации, которая в принципе может быть расширена, чтобы включить последнего общего предка (или предков). ) всех существующих форм.

Гипотеза TOL может быть опровергнута существенным провалом любого из этих предположений. Во-первых, и это наиболее важно, структура групп, подчиненных группам, может быть иллюзорной или артефактической, «простым объединением и разделением объектов более или менее одинаково» (16) в соответствии с ожиданием. В этом случае не было бы экспланандум , не было бы всеобъемлющего паттерна или факта, существующего в природе и независимого от нашего желания навести порядок.Во-вторых, сходство между видами, использовавшимися для создания TOL (или любой другой естественной схемы), может не отражать преимущественно общее происхождение. Паттерны сходства, распознаваемые систематиками, могут в конце концов быть результатом какой-то естественной причины, отличной от прямого (ветвящегося) происхождения с модификацией, такой как ограничение и конвергенция среды, параллелизм или ретикуляция. В-третьих, отбор и дивергенция видов ветвления не могут быть неизбежно связаны. Иногда отбор будет управлять ретикуляцией [как в случае латерального переноса генов (LGT) новых адаптаций], тогда как иногда дивергенция будет вызвана случайными процессами (дрейфом).

Что касается этой третьей возможности, то современные эволюционисты принимают отделение отбора от дивергенции не только на молекулярном уровне (нейтральная теория), но и в определенных моделях видообразования, не рассматривая дарвиновскую (или, по крайней мере, неодарвинистскую) теорию как опровергнуты (21, 22). Мы пришли к пониманию множественности эволюционных процессов диверсификации родословной. Но большинство из нас придерживаются первых двух постулатов, согласно которым существует реальная и универсальная естественная иерархия, и это происхождение с модификацией объясняет ее во многом так же, как это делал Дарвин.Мы можем быть плюралистами процессов, но остаемся монистами шаблонов.

Конечно, тривиальный случай фальсификации может быть основан на одном событии ретикуляции, но биологи в целом давно признали, что теории о паттернах и процессах должны быть верными только в целом. Мы будем утверждать, что инклюзивные иерархические классификации не возникают естественным образом и последовательно из соответствующих прокариотических данных, рассматриваемых в целом (в их совокупности). Вместо этого они были навязаны им путем выборочного анализа, основанного на предположении, что дерево должно быть реальным естественным образцом, даже если можно доверять только определенным данным, чтобы раскрыть его.Кроме того, мы предполагаем, что лежащие в основе исторические процессы, влияющие на прокариот, более сложны и разнообразны, чем те, которые представлял Дарвин (или неодарвинисты), и не обязательно должны привести к естественной иерархии.

Проблематично, что Дарвин полагался на представление о том, что истинный образец естественных отношений — это дерево при построении своей теории ответственного процесса, и, как отмечает Панчен (17), его e xplanandum впоследствии рассматривался им как часть доказательства того, что его теория ( объясняющих, ) была верна.Эти классификации должны быть построены как иерархии, потому что эволюция — это ветвящийся процесс, и эта иерархическая классификация является доказательством ветвящейся эволюции — это неоднозначный посыл, который многие из нас почерпнули из раннего образования биологов. Но теперь у нас есть достаточно других доказательств, подтверждающих реальность эволюции. Таким образом, мы могли бы обойтись без дерева (и подобных полукруглых рассуждений), если бы эта конкретная историческая посылка о ветвлении не оправдала себя, не ослабляя прочного здания эволюционной биологии.

Основная часть данных (экспланандум , ), которую предлагает принять во внимание гипотеза (объяснение , ), не может одновременно служить доказательством этой гипотезы (17, 23), как и другие данные того же типа. Мы могли бы построить иерархическую таксономию Drosophila на основе определенных морфологических признаков и утверждать, что его схема ветвления отражает эволюционный процесс ветвления.Добавление большего количества таксонов уничтожило бы дерево, но не укрепило бы это фундаментальное утверждение о процессе, равно как и добавление дополнительных символов обязательно, если бы были основания полагать, что по функциональным ограничениям эти символы коррелировали с первым набором. Многое из того, что произошло в постдарвиновской филогенетике, было огромным расширением экспланандума (принятого с самого начала Дарвином) за счет добавления новых таксонов или признаков (24–32). Более того, это расширение по большей части использует алгоритмические инструменты, которые ограничены для создания деревьев.

Алек Панчен разрабатывает аналогичные и другие проблемы с гораздо большей философской глубиной в своей книге «Классификация , эволюция и природа биологии » (1992). Он подчеркивает, что Дарвин принимает естественную иерархию и его теорию как объяснение этого «факта».
Естественный отбор — это один из компонентов теории эволюции, предложенный Дарвином и Уоллесом, но другой, для которого отбор является просто гипотезой механизма, является теория, что эволюция произошла […] теория эволюции утверждает, что очевидные взаимосвязи между Организмы в систематической классификации — это реальных отношений, потому что «отношение» в такой классификации не является метафорой, а фактически должно быть отнесено к сообществу происхождения.

Но, как показывает Панчен, объяснение универсальной древовидной иерархии в систематической классификации основано больше на западной философской традиции (логическое разделение Платона, Аристотеля и Порфирия), чем на наблюдениях. Действительно, система Линнея, которой мы все еще придерживаемся в таксономических целях, является относительно недавним продуктом этой давней традиции и была лишь одной из нескольких схем, которые были популярны в первой половине XIX века.По иронии судьбы, в первую очередь теория Дарвина, которая перекрывает и затемняет философские корни древовидных представлений, укрепляет нынешнюю веру в естественность иерархии, ее статус факта. Возможно, наши систематические практики сегодня (особенно в микробиологии) могли бы выглядеть совершенно иначе, если бы Дарвин (или кто-то еще) не сформулировал ветвящуюся теорию эволюции.

Важно отметить, что Дарвин не проверял и не мог проверить реальность древовидной структуры. В самом деле, трудно найти некоторую свободную от теории доказательства того, что такая единая универсальная закономерность, связывающая все формы жизни, существует независимо от нашей привычки думать, что она должна существовать.Представление о том, что древовидный узор является продуктом индукции, очевидное для любого разумного наблюдателя, опровергается большей частью ранней истории систематики, в течение которой совершенно разные схемы казались полностью оправданными.

В поисках независимых свидетельств естественной иерархии Панчен рассматривает гомологию, палеонтологию и биогеографию. Первое проблематично в том, что истинные (таксические) гомологии нельзя отличить от ложных (гомоплазий) без некоторого предположения об иерархии: гомологии чаще выводятся из деревьев, чем деревья из гомологий.Таким образом, объясняющее, объединяется с объясняющим образом , и ни один из них не тестируется. Второй и третий могут предложить независимые доказательства того, что произошла эволюция путем спуска с модификацией, но их актуальность и применимость к конкретным группам, областям или временам ограничены. Они не оправдывают, кроме как экстраполяцией, ожидание того, что должны быть группы внутри групп на всех уровнях, что должен существовать универсальный TOL, дихотомически разветвляющийся на всем пути до единственного корня.Могут быть рассмотрены альтернативы [обширная ретикуляция или отдельное происхождение от общего зарождающегося предкового состояния (2, 14, 34)].

Возможность того, что иерархия навязана нами, а не уже присутствует в данных, особенно актуальна для более позднего расширения иерархической классификации на прокариотические области и мышления TOL на древнее одноклеточное прошлое с помощью молекулярной филогенетики ( 33–35), основные проблемы, вызывающие озабоченность в этой статье.Специалисты по микробной систематике ранее не придерживались единой иерархии, и в летописи окаменелостей микроорганизмов было мало деталей. Таким образом, молекулярно-филогенетическая экстраполяция, начатая в середине 1960-х годов, была исключительно смелой.

Эссе «Эволюционная дивергенция и конвергенция белков» , опубликованное в 1965 году Эмилем Цукеркандлом и Линусом Полингом (36), примечательно своими многочисленными идеями и подтвержденными с тех пор верными предсказаниями относительно дисциплины молекулярной филогенетики.Особенно актуально для наших целей здесь Цукеркандл и Полинг сформулировали точку зрения, согласно которой молекулярные филогении могут быть независимыми от традиционных деревьев на основе сравнительной морфологии и других признаков уровня организма.
Есть еще одна причина более философского характера для интереса к палеогенетическому подходу. В то время как временная зависимость эволюционных преобразований на молекулярном уровне может быть установлена только со ссылкой на посторонние источники, топология ветвления молекулярных филогенетических деревьев в принципе должна определяться только с точки зрения молекулярной информации.Будет определено, в какой степени филогенетическое древо, полученное на основе молекулярных данных при полной независимости от результатов биологии организма, совпадает с филогенетическим деревом, построенным на основе биологии организма. Если два филогенетических дерева в основном согласуются в отношении топологии ветвления, будет предоставлено лучшее доступное единственное доказательство реальности макроэволюции.

Цукеркандль и Полинг, по-видимому, делают упор в большей степени на эпистемологической, а не онтологической независимости молекулярных и традиционных данных.Если генотип является причиной фенотипа, то неудивительно, что деревья, полученные от первого, напоминают деревья, основанные на более позднем. Хотя независимость может быть убедительно аргументирована на внутривидовом уровне на основе нейтральной теории (21) и определенных молекулярных данных для определенных целей на более глубоких уровнях [вставки Alu для установления филогении приматов или слияния генов для укоренения дерева эукариот ( 13)], можно было бы зайти слишком далеко, чтобы утверждать, что независимое «доказательство реальности макроэволюции» может быть получено с помощью обычных видов филогенетического анализа, основанного на последовательностях.

Тем не менее, можно утверждать, что, независимо или нет, молекулярные деревья превосходят деревья, основанные на организменной биологии, как индикаторы истинных отношений, потому что генотип причинно предшествует основному фенотипу. Цукеркандл и Полинг убедительно отстаивали этот принцип, и большинство молекулярных биологов, которые придерживаются «центральной догмы», несомненно, согласятся. Более того, исходя из того, что мы знаем (а Дарвин не мог) о природе и репликации генетической информации, разветвления в молекулярных деревьях ортологов могут быть взяты как прямые записи исторического разделения клонов организмов.Так, в раннем (1972 г.) издании Атласа структуры белка Маргарет Дейхофф и Р.В. Эк (37) писали: «Один из великих биологических идеалов — это возможность разработать полное, подробное, количественное филогенетическое древо. , история происхождения всех живых существ, с самого начала. На эту надежду биологи возлагали долгое время; биохимия теперь имеет реальные возможности для этого ».

Для микробиологов именно это обещание расширить иерархическую классификацию на прокариот, а не какая-либо идея проверки теории Дарвина, было актуальным и захватывающим посланием Цукеркандла и Полинга.Казалось, что не было возможности оценить общее соответствие организменных и молекулярных деревьев, потому что микробные систематики отказались от первого и с середины 1950-х годов довольствовались более практичными схемами, направленными на надежную идентификацию на уровне видов (38, 39). В самом деле, в своем основополагающем обзоре Bacterial Evolution от 1987 года Карл Вёзе (34) подчеркнул несовместимость филогении рибосомных РНК даже с теми немногими более высокими таксонами, в которые все еще верили микробиологи, и отметил, что «мы не только очень мало знали о филогении эубактерий до этого появление подхода рРНК, но то, что мы думали, что мы знали, как правило, было неверным.”

Вёзе выразил обеспокоенность тем, что естественная иерархия может не распространяться на прокариот (которые охватывают, возможно, две трети биоты и первые две трети истории жизни).
При классификации бактерий микробиологи делают два неявных предположения: ( i ), что бактерии имеют филогению, и ( ii ), что таксономическая система, которая хорошо работает для многоклеточных животных, действительно применима к микробному миру, т.е. . Эти два момента требуют пояснений и обсуждения, поскольку они далеко не очевидны.

Ни то, ни другое не выдержало бы, понял Вёзе, если бы LGT была значительной эволюционной силой. Если бы передача была безудержной, «бактерия фактически не имела бы собственной истории: она была бы эволюционной химерой». Но «к счастью, — писал он, — этот вопрос решаем экспериментально. Если бы организм был эволюционной химерой, тогда его различные хронометры [филогенетические маркеры] дали бы разные, противоречивые филогении ». Затем Вёзе высказал опасение, что такой химеризм, вероятно, не окажется серьезной проблемой, исходя из примера, представленного конгруэнтными альфа-протеобактериальными деревьями на основе цитохромов c и рРНК, из общей устойчивости филогении рРНК и из ее способности предсказывать определенный домен. фенотипические признаки на одном уровне (например, различия в оболочке бактериальных и архейных клеток, транскрипции и трансляции).

Вёзе, таким образом, важно осознал, что если иерархический образец организации следует рассматривать как факт природы и законную основу для теории Дарвина, доказательства его существования должны исходить не из соответствия традиционной организменной филогении с молекулярной, а из совпадения между ними. множественные молекулярные филогении. Другими словами, если иерархическая структура групп, подчиненных группам, может претендовать на роль естественного порядка только на основе молекулярных данных, то это утверждение может быть опровергнуто существенными разногласиями между наборами молекулярных данных.

Не говоря уже о слабости филогенетического сигнала, которая мешает большинству филогенетических анализов (18, 40), наборы молекулярных данных существенно расходятся на многих уровнях анализа, особенно из-за LGT. Хотя появляется все больше доказательств важности LGT в эволюции эукариот, особенно одноклеточных (41), мы снова сосредотачиваемся на прокариотах; поскольку LGT почти наверняка встречается среди них чаще, для них доступны гораздо более обширные и релевантные сравнительные геномные данные, и две трети истории жизни (и, следовательно, TOL) принадлежат им.Для прокариот LGT, опосредованный трансдукцией, конъюгацией и трансформацией, может влиять на обмен даже на самых больших эволюционных расстояниях, тогда как гомологичная рекомбинация является мощной силой среди более близких родственников (3, 42). И LGT, и гомологичная рекомбинация превращают деревья в сети, хотя и в разных масштабах (43).

Гомологичная рекомбинация, которая когда-то считалась редкой у прокариот, теперь известна как основная причина расхождения последовательностей у многих бактерий [и, по крайней мере, у некоторых архей (44–46)].Среди штаммов определенного вида рекомбинация может быть настолько сильной, что общие для них гены домашнего хозяйства могут иметь разные внутривидовые деревья. Таким образом, как и в случае с животными, размножающимися половым путем, не существует единой истинной филогении для особей внутри вида (47), хотя деревья, основанные на сцепленных последовательностях, часто ошибочно принимаются за представление такой филогении.
Гены, которые неравномерно распределены среди штаммов вида, вида типа или даже типа бактерий и архей (55), включают многие из них, которые имеют важное значение для определения ключевых фенотипических различий на этих уровнях и представляют особый интерес для систематиков и физиологов. такие как лекарственная устойчивость, вирулентность, катаболизм, фототаксис, фотосинтез, азотфиксация и аэробиоз.
Внутри основных бактериальных подразделений («типов»), таких как гамма-протеобактерии, широко общие («основные») гены обычно составляют не более 20% любого генома (9, 12, 56, 57). Хотя многие такие гены могут иметь общую филогению внутри подразделения, это утверждение очень сложно доказать: сигналы отдельных генов, как правило, слишком слабы, чтобы различать множество альтернативных топологий (10, 12). Если предположить наличие единственного дерева внутри деления, то коллективный сигнал (такой, который мог бы быть получен путем конкатенации основных генов) мог бы раскрыть свою структуру, надежно поддерживая одну или несколько топологий.Но такая коллективная надежность на самом деле не доказывает, что существует разделяемое дерево (40), потому что конкатенация сама по себе увеличивает надежность (значения начальной загрузки) даже для случайных данных.
Совместное использование генов LGT не соблюдает границ доменов.Гипертермофильная бактерия Thermotoga maritima , вероятно, получила четверть своих генов от архей, а архея Methanosarcina mazei , возможно, получила столь же щедрое пожертвование от бактерий (58, 59). Также появляется все больше доказательств трансдомена LGT в ядерные геномы эукариот, особенно фаготрофных одноклеток (41, 60).
На уровне домена доказательств общей филогении среди общих генов еще скуднее, чем для филогенеза.Количество генов, которые могут быть показаны (по их универсальному или очень частому присутствию во многих бактериальных и архейных подразделениях) как составляющие «универсальное ядро», составляет <5% от среднего прокариотического генома (56). Опять же, трудно доказать, что у этих немногих есть общая эволюционная история, и укоренение универсального дерева остается весьма проблематичным (61, 62).

Эволюционисты все еще расходятся во мнениях относительно значения таких данных и особенно относительно их неспособности доказать филогенетическое соответствие.Чарльз Курланд и др. (5) написал на этих страницах три года назад, «что ГПГ [LGT] приписывается такая преувеличенная роль», потому что «частота его переоценивается из-за невозможности отличить его от других филогенетических аномалий». Действительно, было много случаев, когда недостаточный филогенетический сигнал или методологический артефакт неправильно объявлялся LGT, особенно, возможно, в случае наших собственных геномов (63). Но сделать «вертикальный спуск» нулевой гипотезой, против которой должны быть проверены утверждения о LGT, означает предположить то, что необходимо доказать: инклюзивная иерархия существует независимо от наших убеждений.И филогенетическое несоответствие — только одна часть (часто самая слабая) доказательства LGT. Более сильными являются различные виды прямых доказательств действия агентов, способствующих LGT (фаги, плазмиды, интегроны, островки патогенности и т.п.). Самым убедительным является неизбежный вывод о том, что большинство генов в большинстве геномов, поскольку они неравномерно распределены в пределах своих соответствующих видов, типов или доменов, по необходимости имеют сложную (и не «вертикальную») эволюционную историю.

Поскольку существуют существенные разногласия между наборами молекулярных данных о прокариотах и мало подтвержденный конгруэнтный сигнал среди наборов данных, которые явно не противоречат друг другу, утверждение о том, что иерархическая структура групп, подчиненных группам, является универсальным естественным порядком, не может быть подтверждено в качестве объяснения (6, 8, 18).(То, что многие, казалось бы, разные анализы этих данных, тем не менее, в некотором смысле совпадают, неудивительно и обсуждается позже.) И исходя из того, что мы знаем о природе и частоте процессов обмена генами, их усиления и потери посредством гомологичной рекомбинации и LGT, которые подчиняться модели наследования, отличной от дарвиновской концепции происхождения, и предлагать более современные объяснения , нет серьезных ожиданий, что универсальная иерархия, охватывающая все живое, должна быть создана с помощью молекулярных маркеров.

Микробные филогенетики в целом не считали своим долгом подтверждать существование естественной инклюзивной иерархии и не проверяли гипотезу TOL о том, что эта иерархия должна быть объяснена историческим ветвящимся процессом. Способы, которыми они обычно анализируют и думают о молекулярных данных, предполагают древовидную модель и не могут не производить деревья. Даже когда используются методы, позволяющие структурированные представления об эволюции, наиболее распространенным намерением было исключить LGT как шум в погоне за законным «филогенетическим сигналом», который считается вертикальным, если только не возникает значительного конфликта (11, 64, 40, 66). .То есть слабый сигнал по умолчанию принимается за вертикальный. Наиболее важно то, что подавляющее большинство анализов состояло из сравнительной оценки одного дерева с другими (в поисках «истинной» топологии ветвления). Исследователи редко задавались вопросом, могут ли недревесные (сетчатые) модели лучше объяснить имеющиеся данные. (Исключения чаще всего связаны с внутривидовыми наборами данных, где ожидается рекомбинация.)

Тем не менее, некоторые филогенетики признают, что LGT была настолько распространена на протяжении всей истории жизни, что никакая иерархическая классификация не может претендовать на уникальное и достоверное объяснение сходств и различий между организмами (и, таким образом, экспланандум для объяснения Дарвина ). .Сам Вёзе спрашивает: «Что же тогда значит говорить о генеалогии организма, когда почти все гены в клетке, гены, придающие ей ее общий характер, не имеют общей истории? Этот вопрос выходит за рамки классического дарвиновского контекста »(2).

Многие из тех же филогенетиков утверждали бы, что их целью на самом деле была реконструкция того, что мы могли бы назвать «деревом клеток», «генеалогией организма» (2), возвращающей все события деления к единственному последнему универсальному общему предку. .Эта генеалогия может быть показана по очень небольшому количеству или даже отсутствию отдельных генов, но при этом каким-то образом может быть восстановлена по последовательности генов или по наличию или отсутствию данных. Они будут основывать свое убеждение, что такая генеалогия должна существовать и быть записана в генах, на здравом смысле наблюдений за процессами репликации генома и деления клеток, а также на представлении, наиболее убедительно выраженном Цукеркандлем и Полингом сорок лет назад, что «основная память организма» банки — это те полинуклеотиды, которые способны к самовоспроизведению »(36).

Буквально за последние несколько лет появились заявления об открытии этого дерева клеток (тем не менее, все еще называемого «Древом жизни») с использованием различных конкатенированных наборов данных основных генов (64–66), гены были предварительно выбраны как вероятные непередаваемые. (67, 68), матрицы расстояний, основанные на наличии или отсутствии генов (69–72), методы, использующие присутствие / отсутствие в качестве признаков (14, 73), общие структурные мотивы и белковые домены (74, 75) и супердеревья, основанные на различных данные в разных узлах (6, 31).Два наиболее популярных подхода применяют методы максимального правдоподобия или байесовские методы для конкатенации очень небольшого количества основных генов, которые сохраняются всеми (или большинством) геномов, или вместо этого создают деревья расстояний, основанные на гораздо большем количестве очевидных ортологов, общих между пары геномов. Используя первый подход, Ciccarelli et al. (76) недавно представили обновляемую «автоматическую реконструкцию дерева жизни с высоким разрешением», в котором используется только 31 ген, и утверждают, что «получившееся дерево жизни станет бесценным инструментом во многих областях биологических исследований, начиная от классических. от таксономии, через исследования скорости эволюции, до геномики окружающей среды, где необходимо отнести фрагменты ДНК неизвестного филогенетического происхождения »(76).Из деревьев, основанных на втором подходе, Snel et al. (7) заявили, что из-за их очевидной согласованности друг с другом или с деревьями рРНК они «дали фундаментальное понимание того, что эволюция генома в значительной степени является вопросом вертикальной передачи».

Хотя такие методы могут прослеживать дерево ячеек, а могут и не прослеживать, просто неверно утверждать, что они будут иметь такую высокую прогностическую или ретродиктивную ценность (позволяющую реконструировать прошлые события) или что они доказывают, что вертикальная передача была доминирующим процессом во всем эволюции.Древовидное мышление настолько прочно (77), что, возможно, будет проще всего показать, почему эти подходы могут ввести нас в заблуждение с помощью простых аналогий или мысленных экспериментов, подобных тем, которые представлены на рис. 1. Что наиболее важно в текущем контексте, существует логическое несоответствие между «великим деревом» сравнения Дарвина, которое призвано объяснить закономерности ветвления сродства между организмами, на которых может быть основана естественная классификация, и деревом клеток, которое не может делать таких заявлений, потому что большинство фенотипов — определяющие гены имеют разную историю.[Действительно, нет никакой гарантии, что какой-либо ген в таком дереве, которое Даган и Мартин (78) называют «деревом 1%», имеет свою топологию как свою филогению.] Если дерево клеток воспринимается как биологический факт. , в любом случае это не тот факт, что Дарвин принял в качестве экспланандума своей теории.

Две аналогии, иллюстрирующие неправильное применение древовидного мышления.( A ) Показана генеалогия, связывающая старшего автора с другим молекулярным эволюционистом, Расселом Ф. Дулиттлом. Этот образец отражает наследование фамилий и Y-хромосом, но менее 0,5% наших соответствующих геномов. Только крайний патриархат будет отдавать предпочтение этому конкретному образцу взаимоотношений или общему предку, которого мы разделяем, по сравнению с сотнями, которых у нас не было так давно в истории. И все же такая привилегия похожа на то, что филогенез прокариот основан только на крошечной подгруппе генов, которые любой из них содержит, зная, что другие гены дадут другие результаты.( B ) Показан второй мысленный эксперимент, дерево расстояний между департаментами Франции, основанное на количестве общих фамилий (среди 500 лучших) при попарном сравнении списков наиболее часто встречающихся имен в каждом. Эта закономерность интересна, многое рассказывает нам об истории и демографии Франции и в конечном итоге основана на генеалогиях людей. Некоторые из его узлов, вероятно, также будут восстановлены с помощью независимых мер, таких как географическое разделение или диетические предпочтения. Но этот образец ни в коем случае не является филогенезом французских департаментов, потому что департменты не возникают в результате ветвящегося процесса спуска с модификацией, а узлы на этом дереве никоим образом не соответствуют наследственным департаментам.Тем не менее, похожие деревья, основанные на общем содержании генов в геномах (даже если допущено обширное LGT), часто представлялись как филогении этих геномов, и восстановление некоторых узлов с помощью независимых мер (филогении рРНК) было заявлено в их поддержку.

Эволюционисты давно признали разнообразие механизмов диверсификации на уровне популяции (отбор, дрейф, конвергенция и параллелизм) и (с оговорками) механизмов уровня клады, которые выходят за рамки селекционистских и градуалистских рамок, обозначенных Дарвином.На уровне генома вертикальный спуск и LGT, создание, дублирование и потеря генов, во всех комбинациях с процессами на уровне популяции, расширяют эволюционный репертуар. Многогранный плюрализм процессов сейчас является общепринятым (79). Вера в то, что природа должна, тем не менее, демонстрировать единую модель истинных взаимоотношений между таксонами, остается сильной и подпитывает постоянный энтузиазм в отношении универсального построения деревьев и их широкого применения на основе очень небольшого количества и часто противоречивых данных. Мы называем это убеждение «монизмом образцов».«Плюрализм шаблонов» (признание того, что разные эволюционные модели и представления о взаимоотношениях будут подходящими и верными для разных таксонов или для разных целей) является привлекательной альтернативой и может разрядить кризис внутри дисциплины.

Безусловно, большая часть эволюции была древовидной и отражена в иерархических классификациях. Хотя видообразование растений часто происходит за счет ретикуляции (80), а радикальные первичные и вторичные симбиозы лежат в основе эукариот и нескольких групп внутри них (81, 82), было бы неверным утверждать, что гипотеза Дарвина о TOL была фальсифицирована для животных. (таксон, к которому он в первую очередь обращался) или что это не подходящая модель для многих таксонов на многих уровнях анализа.Птицы — не пчелы, а животные — не растения. Но в других таксонах или на других уровнях ретикуляция может быть актуальным историческим процессом и создавать сети или сети подходящим способом для представления того, что является реальным, но более сложным фактом природы. Доступное программное обеспечение [такое как Splitstree (43), NeighborNet (83), Lumbermill (84) или T-Rex (85)] позволяет биологам исследовать филогенетические закономерности, не обязательно древовидные. Другие подходы, такие как анализ множественного сигнала в наборе данных или устранение невозможных взаимосвязей, также исследуют филогенетический сигнал, не стремясь создать, a priori , общее дерево в качестве вывода.В ближайшем будущем должны быть доступны еще более сложные методы, поскольку математические исследования реконструкции филогенетической сети в настоящее время очень активны (43, 86–88).

Для плюралистов неудивительно, что универсальные деревья, основанные на конкатенированных наборах данных основных генов, попарном сходстве в содержании генов или 16S рРНК, могут быть похожими, поскольку Бактерии, Археи и многие типы внутри них (хотя и не их ветвление). заказы) часто создаются заново (например,г., см. исх. 4, 6–8 и 76). Предпочтительные паттерны обмена генами и сходство клеточных адаптаций будут способствовать такой согласованности (3). (Чтобы вернуться к аналогии на рис.
B , мы не были бы удивлены, если бы дерево с аналогичной структурой могло быть получено для французских департаментов с другими анализами и другими наборами данных, такими как диетические предпочтения или модели речи: тем не менее, мы не будем рассматривать это дерево как филогенетическое и его внутренние узлы являются наследственными департаментами).Но трехдоменная схема, основанная на рРНК, и ее многочисленные дочерние разветвления — не единственное истинное представление о филогенетических отношениях между их видами-членами, и эти домены (и различные царства или типы в пределах первых двух, по крайней мере) не то, Дарвин (или, если на то пошло, Линней или Хенниг) понимал высшие таксоны.

Гипотеза Дарвина о TOL, как и большинство биологических теорий, является утверждением о процессе, лежащем в основе паттерна. Современным филогенетикам важно помнить, что реконструкция ТОЛ не была целью теории Дарвина, а, скорее, была неотъемлемым элементом его развивающейся модели эволюционного процесса.Важно отметить, что это сравнение побудило поколения ученых серьезно отнестись к утверждению Дарвина о том, что эволюция произошла, несмотря на отсутствие у него последовательной теории наследования. Таким образом, TOL была лестницей, которая помогла сообществу взобраться на стену принятия и понимания эволюционного процесса. Но теперь, когда мы поднялись по ней, эта лестница нам больше не нужна. В 2006 году наше понимание эволюции на молекулярном, популяционно-генетическом и экологическом уровнях имеет богатый и плюралистический характер и не требует (и не оправдывает) монистического взгляда на филогенетический паттерн.

Держаться за эту лестницу паттернов — ненужное препятствие в понимании процесса (предшествующего паттерну) как онтологически, так и в нашей более приземленной концептуализации того, как произошла эволюция. И это не должно быть существенным элементом в нашей борьбе с теми, кто сомневается в справедливости эволюционной теории, кто может утешиться этим вызовом ТОЛ только сознательным непониманием его значения. Паттерны сходства и различия, наблюдаемые у живых существ, имеют историческое происхождение и являются продуктом эволюционных механизмов, которые, несмотря на их разнообразие и сложность, не выходят за рамки понимания и иногда могут быть реконструированы.

В этом отношении наша задача не отличается от задач современных культурных или социальных историков. Мы много знаем о том, что может случиться, и имеем множество инструментов, с помощью которых мы можем разгадать то, что произошло. Мы должны использовать их все, но не искать неуловимого объединяющего «метанарратива» — дерева или паутины. Филогенетика может снова стать богатой и реалистичной наукой о генезисе типов и решать в рамках многогранной плюралистической структуры не только новые вопросы о прошлом [идентификация сетей (89), узловых точек и магистралей (90) обмена генами и вертикального спуска]), но и также настоящее (в частности, путем интеграции метагеномных данных с эволюционной и экологической теорией).

Благодарим Эндрю Роджера за критическое обсуждение. Эта работа была поддержана Канадской программой кафедры исследований, Канадским институтом перспективных исследований и Канадскими институтами исследований в области здравоохранения.

* Кому следует направлять корреспонденцию.
Добавить комментарий Отменить ответ
Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *
Комментарий *
Имя *
Email *
Сайт

Навигация по записям
Previous PostТекст жирным css: Жирный текст на CSS/HTML/jQuery | Pandoge
Next PostReturn python: Возврат значений из функции. Оператор return. Курс «Python. Введение в программирование»

Дерево паттерн: Бесплатные векторы Дерево, более 155 000 изображений AI, EPS

Компоновщик

Суть паттерна

%d0%b4%d0%b5%d1%80%d0%b5%d0%b2%d0%be %d0%bf%d0%b0%d1%82%d1%82%d0%b5%d1%80%d0%bd PNG, векторы, PSD и пнг для бесплатной загрузки

как применить в управлении проектами?

Теоретическое обоснование темы

Проблемно-ориентированное мышление в управлении

Логическое содержание методики Pattern

Иерархическая модель в системе Pattern

Применение Pattern на корпоративном уровне

Компоновщик в JavaScript. Как происходит построение… | by Дмитрий ПереводIT | NOP::Nuances of Programming

Что такое генеалогическое древо? — Как написать историю своей семьи?

Генеалогическое древо

Горизонтальное генеалогическое древо.

Вертикальное нисходящее генеалогическое древо.

Вертикальное восходящее генеалогическое древо.

Круговая схема генеалогического дерева.

метод «белого ящика» в машинном обучении

Один уровень

Два уровня

Многомерное дерево решений

Регрессионное дерево решений

Разветвленное дерево

Ошибка 404 — страницы не существует

Простая схема вязания новогодней елки

Схема вязания простой елки

Нравится:

Схема вязания елки крючком

Необходимые материалы и инструменты

Уровень навыка

Написано на британском языке

Термины для вязания крючком

Банкноты

Выкройка новогодней елки

Видеоуроки

ПИН ДЛЯ ПОЗЖЕ

Схема вязания плоской елки крючком для украшения всех вещей!

петель для вязания крючком елочного орнамента

Пряжа для вязания плоских елок крючком

Вязаная гирлянда на елку крючком

Узор для вязания плоской елки

Плоская новогодняя елка: Учебное пособие по фотографии

Бабушка новогодняя елка — вязание крючком 365 тоже вязать

Звезда

Сучья дерева

Ствол дерева

Чистовая

Петля для подвешивания

Раскрытие правила Да Винчи о деревьях

Произошла ошибка при настройке вашего пользовательского файла cookie

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Что сохраняется в файле cookie?

Плюрализм моделей и гипотеза Древа жизни

Абстрактные

«Скрытая связь» Дарвина

Гипотеза TOL

Классификация, эволюция и природа биологии

Цукеркандль и Полинг и независимость молекулярных доказательств

Филогенетика микробов и не пройденный путь

LGT и исчезновение Explanandum

ТОЛ — это не дерево ячеек

Плюрализм процессов и плюрализм шаблонов

Благодарности

Сноски