Как работать с программой vector nti:    Vector NTI | molbiol.ru   

Видео уроки — Unipro UGENE

#58: Что нового в UGENE 36, 37 и 38.

В этом видео мы рассмотрим нововведения, появившиеся в версиях 36, 37 и 38. За последние три версии наибольшее количество
улучшений получил Редактор Множественных Выравниваний.

#57: Что нового в UGENE 33, 34 и 35, часть 2.

Мы продолжаем знакомить вас с улучшениями версий 33, 34 и 35. В этом видео мы рассмотрим основные изменения, коснувшиеся Редактор
Множественных Выравниваний и Окно Последовательности.

#56: Что нового в UGENE 33, 34 и 35, часть 1.

Здесь мы кратко ознакомим вас сосновными функциями и улучшениями в UGENE версий 33, 34 и 35. В первой части мы рассмотрим
улучшенный механизм импорта «Встроенных инструментов» и их интеграцию в Дизайнер вычислительных схем.

#54: Что нового в UGENE 1.31 и 1.32, часть 1, анализ метагеномных данных

В данном видео представлена новая инфраструктура для метагеномного профилирования данных полногеномного секвенирования:

• Интегрированные инструменты: Kraken, CLARK, DIAMOND, WEVOTE, MetaPhlAn2.
• Примеры вычислительных схем с данными инструментами.
• Результаты анализа данных.

#53: Что нового в UGENE 1.28, 1.29 и 1.30

В видео представлены следующие возможности:

• Новый режим редактирования последовательности.
• Визуализация рамки считывания для выделенного участка нуклеотидной последовательности.
• Простой способ скорректировать выделенный участок последовательности или выравнивания.
• Поддержка формата Vector NTI/AlignX.

#52: Анализ данных секвенирования по Сэнгеру

В видео представлен новый компонент UGENE для анализа данных секвенирования по Сэнгеру, включающий в себя следующие
возможности:

• выравнивание прочтений на референсную последовательность,
• визуализация выровненных прочтений с секвенограммами,
• редактирование данных,
• экспорт результатов.

#51: Что нового в UGENE 1.22 и 1.23

В видео представлены следующие возможности:

• Экспорт участка в Assembly Browser.
• Поддержка расширенного алфавита IUPAC при проведении ПЦР in silico.
• Улучшения в редакторе последовательностей: редактирование аннотаций, отображение аминокислотных рамок считывания.
• Новый пакет UGENE: онлайн-инсталлятор c возможностью автоматического обновления.

#50: Что нового в UGENE 1.20 и 1.21?

Основные изменения в новых версиях программы:

• Редактор последовательностей: добавлен многострочный режим отображения
  последовательности.
• Редактор множественных выравниваний: добавлена возможность замены символов. Выберите
  символ, нажмите Shift+R для входа в режим редактирования и введите новый символ.
• Белки: исправлена загрузка имени цепи из файлов в формате PDB.
• Повышение удобства: улучшено инвертирование выделения выбранных аннотаций.
• Работа с распределенной системой аннотаций (DAS) была удалена,так как сервис
  DAS собираются выключить в конце года.
• Поддержка Windows XP восстановлена.
• Поддержка более удобной работы с буфером обмена в редакторе последовательностей и редакторе множественных выравниваний.
• Исправление ошибок и улучшение графического интерфейса программы.

#49: Что нового в UGENE 1.18 и 1.19?

Основные изменения в новых версиях программы:

• Редактор последовательностей: Упрощена возможность конфигурации видимости различных
  компонентов редактора последовательностей.
• Редактор множественных выравниваний: Добавлена возможность копирования участка
  выравнивания в формате RichText (HTML).
• NGS: Инструмент SPAdes для de novo сборки ридов
  был обновлен до версии 3.6.0.
• В программе улучшена поддержка HiDPI мониторов.
• Повышение удобства: добавлена поддержка вставки документа в проект с помощью
  Ctrl+V. Поддержка вставки документов в UGENE с помощью Ctrl+V была расширена. Например, помимо текстовых данных, вы
  теперь можете использовать URL файла, чтобы добавить его в UGENE.
• ПЦР in silico добавлена возможность экспортировать продукт вместе с аннотациями
  оригинальной последовательности.
• Редактор последовательностей: улучшен экспорт изображения последовательности
  — появились дополнительные опции, добавлена возможность экспортировать различные компоненты, улучшен экспорт в формат
  SVG.
• Были оптимизированы некоторые случаи обработки больших данных в UGENE.

#48: Что нового в UGENE 1.17?

Основные изменения в новой версии программы:

• Пересчет регионов в квалификаторах после редактированияпоследовательности
• Редактор множественных выравниваний:
  • Выравнивание последовательностей на существующее выравнивание
  • Экспорт множественного выравнивания в векторный формат SVG
  • Копирование региона в выбранном формате (Ctrl+Shift+C)
• Новая выслительная схема: ПЦР in silico
• Новая выслительная схема: поиск пересечений аннотаций
• Повышение удобства: изменяемый размер панели опций

#47: Что нового в UGENE 1.16?

Основные изменения в новой версии программы:

1. Расширенный и удобный поиск в проекте

2. Повышение удобства:

а) Возможность регулировки размера окна редактора последовательностей

б) Упорядоченное отображение пунктов меню «Инструменты»

3. Конструктор вычислительных схем: автоматическая генерация имён выходных файлов

4. Выравнивание и фильтрация по качеству сангеровских ридов

5. Секвенирование нового поколения (NGS):

а) Фильтрация ридов по качеству с помощью FastQC

б) Аннотирование вариаций с помощью SnpEff

6. Редактор множественных выравниваний: подсветка оснований в зависимости от уровня консервативности

7. Поддержка последовательностей в формате Vector NTI

#46: Что нового в UGENE 1.15?

Основные изменения в новой версии программы:

• Быстрый поиск в последовательности без создания аннотаций
• ПЦР in silico
• Секвенирование нового поколения (NGS):
  • Spades de novo ассемблер
  • Экспорт покрытия данных ассемблирования
  • Примеры вычислительных схем для фмльтрации сырых NGS данных
• Круговой обзор и круговые последовательности:
  • Поддержка всех алгоритмов для круговых последовательностей: ORF, сайты рестрикции, BLAST и д.т.
  • Настройки визуализации кругового обзора
• Общее хранилище данных:
  • Поддержка общих баз данных в конструкторе вычислительных схем
• Повышение удобства:
  • Стартовая страница
  • Запоминание настроек панели опций

#45: Методы построения филогенетических деревьев

Это видео о методах построения филогенетичесикз деревьев при помощи UGENE.

#44: Обзорный график в редакторе выравниваний

Этот эпизод покажет вам как пользоваться обзорным графиком в редакторе выравниваний.

По умолчанию обзорный график повторяет график консенсуса, но показывает весь график целиком. Используя обзорный график вы можете видеть регионы выравнивания, где последовательности имеют различия, а также легко передвигаться по выравниванию.

#43: Что нового в UGENE 1.14?

Основные изменения в новой версии программы:

• Контекстная справка и документация:
  • С текущей версии программы в каждом диалоге UGENE будет доступна кнопка Help, позволяющая перейти в соответствующий
    раздел документации UGENE (необходим доступ к Интернету).
  • Для хранения документации используется система Atlassian
    Confluence, что, по сравнению с предыдущей системой, позволяет эффективнее искать в документации необходимую
    информацию.
• Общее хранилище данных: позволяет хранить и совместно использовать данные в лаборатории. Более
  подробно смотреть тут.
• Редактор множественных выравниваний:
  • Доступен обзор («overview») для множественного выравнивания. Имеется множество опций его конфигурации.
  • Добавлена возможность экспорта консенсуса.
• Филогения:
  • Интегрирован PhyML Maximum Likelihood.
  • Добавлена возможность выбирать другой корень дерева.
• Круговые молекулы: появилась возможность помечать последовательность как круговую. Эта метка
  учитывается при поиске паттерна в последовательности – результаты, проходящие через ноль, также находятся.
• Авто-аннотирование плазмид: добавлен режим автоматического аннотирования плазмид (нахождение
  промоторов, праймеров и т.п.)
• Экспорт изображений: был улучшен экспорт изображений, в частности, множественных выравниваний и
  круговых молекул.
• Секвенирование нового поколения (NGS):
  • Интегрирован инструмент BWA-MEM для выравнивания коротких последовательностей. BWA-MEM доступен как в диалоге, так и
    в качестве элемента в дизайнере вычислительных схем.
  • Добавлены вычислительные элементы для сортировки, слияния, фильтрации и обрезания данных секвенирования (для данных,
    хранящихся в форматах BAM и FASTQ).
• Публичное хранилище данных UGENE: к хранилищу можно обращаться из UGENE. В настоящий
  момент оно содержит часто используемые геномы (человека, мыши и др.) и набор плазмид.
• Была добавлена заставка при загрузке программы.

#42: Совместное использование биоинформационных данных в лаборатории

Это видео о возможности UGENE, которая позволяет совместное использование биоинформационных данных.

Совместное использованиме данных может быть полезным в лаборатории для обмена и синхронизации различных биоинформационных объектов (последовательностей, аннотаций, множественных выравниваний, филогенетических деревьев, данных секвенировани и т. д.)

Когда данные секвенирования находятся в общем доступе, только необходимая в данный момент их часть загружается на компьютер. Это сохраняет время исследователя и пространство на компьютере.

Это видео также о публичном хранилище данных, которое содержится в UGENE. Это хранилище открыто только для чтения и включает основные часто используемые данные.

Смотрите также: Shared Databases in UGENE

#41: Потоковый анализ данных секвенирования

Это видео содержит обзор о потоковом анализе данных секвенирования: «Variant Calling with SAMtools», «RNA-seq Analysis with Tuxedo», and «ChIP-seq Analysis with Cistrome».

Это инструменты, которые позволяют пользователю настроить потоковый анализ и исследовать результаты удобным образом.

Чтобы использовать описанные возможности вам нужно скачать NGS пакет, который включает все инструменты.

Для разных операционных систем это:

— Windows: SAMtools, Cistrome

— Mac OS X: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

— Linux: SAMtools, Tuxedo, Cistrome

#40: Что нового в UGENE 1.13?

В версии UGENE 1.13 появилось множество новых функциональностей, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический
интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• DAS: данная функциональность может быть использована для аннотирования неизвестной
  протеиновой последовательности. Анализ происходит в два этапа. На первым этапе для исследуемой последовательности находятся
  гомологи (для этого используется Uniprot BLAST). На втором этапе аннотации выбранных гомологов загружаются на оригинальную
  исследуемую последовательность с помощью баз данных распределенной системы аннотирования (Distributed Annotation System или
  DAS).
• Интерфейс для поиска в NCBI Genbank: поиск ДНК и протеиновых последовательностей в NCBI
  GenBank, не выходя из UGENE.
• Bowtie2: добавлен интерфейс для сборки коротких последовательностей (ридов) с помощью
  инструмента «Bowtie2».
• Таблица кодонов: чтобы посмотреть подсказку по кодонам, нaходясь в редакторе последовательностей,
  используйте горячие клавиши «Ctrl+T».
• Множественные выравнивания: добавлен новый формат PHYLIP.
• Сборки ридов: формат ACE открывается теперь в обозревателе сборок (Assembly Browser).
• Анализ NGS данных: была оптимизирована работа вычислительной схемы для поиска вариаций с
  помощью SAMtools («Call variant with SAMtools»).
• Дизайнер вычислительных схем (Workflow Designer): было добавлено множество нового
  фунционала и мелких улучшений.
  • Использование общего репозитория для хранения выходных данных
  • Сохранение истории запусков схем (результаты запусков отображаются в «dashboard»)
  • Настройка истории запусков
  • Повторный запуск схемы из «dashboard»
  • Остановка выполнения схемы по некоторому условию, возможность просмотра промежуточных данных выполнения схемы.

#39: Что нового в UGENE 1.12?

В версии UGENE 1.12 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический
интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• Добавлена новая сущность ‘Datasets’ в Дизайнере вычислительных схем вместо параметров URL, которая облегчает работу
  с входными файлами и папками
• В редактор множественного выравнивания добавлены алгоритмы парного выравнивания и подсвечивания последовательностей
• Assembly Browser позволяет экспортировать вариации с консенсусом в форматах VCF4 и Simple SNP
• Интеграция с BioMart: дополнения для веб-браузеров (Mozilla Firefox и Google Chrome)

#38: Что нового в UGENE 1.11?

В версии UGENE 1.11 появилось множество нового функционала, было исправлено большое число дефектов, улучшен графический
интерфейс программы.

Одни из самых важных изменений:

• В редактор последовательностей была добавлена панель опций.
• В обозреватель сборок была добавлена возможность работы с консенсусной последовательностью.
• В дизайнер вычислительных схем добавлены новые элементы «Мультиплексор» и «Группировка».
• Была встроена, как внешний инструмент, программа Spidey для выравнивания mRNA на геном.
• Доступна 64-битная версия UGENE для Windows.

#37: Что нового в UGENE 1.10?

Новый релиз включает множество усовершенствований: новые модули, расширения функциональности, различные улучшения и исправления.

Краткий список наиболее важных новвоведений и улучшений:

#36: Просмотр данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью UGENE Assembly Browser

Данное видео представляет собой введение в новый компонент UGENE Assembly Browser, позволяющий быстро просматривать NGS данные.
Текущая версия поддерживает BAM и SAM форматы данных.

НАЦИОНАЛЬНАЯ ТЕХНОЛОГИЧЕСКАЯ ИНИЦИАТИВА

НАЦИОНАЛЬНАЯ

ТЕХНОЛОГИЧЕСКАЯ
ИНИЦИАТИВА

— это объединение представителей бизнеса и экспертных сообществ для развития в России перспективных технологических рынков и отраслей, которые могут стать основой мировой экономики.

1. Национальная технологическая инициатива существенным образом отличается от других российских национальных проектов своими принципами, поэтому знакомство с ними играет важную роль в понимании всей программы.
   Во-первых, это программа объединяет людей, а не организации. НТИ изначально строится как широкое коалиционное действие, предполагающее формирование проектных групп из технологических предпринимателей, представителей ведущих университетов и исследовательских центров, крупных деловых объединений России, институтов развития, экспертных и профессиональных сообществ, а также заинтересованных органов исполнительной власти.
2. Во-вторых, с точки зрения развития и продвижения НТИ включает новые глобальные высокотехнологичные рынки, борьба за лидерство на которых состоится на горизонте ближайших 20 лет в процессе цифровизации мировой экономики. Именно в этих направлениях у талантливых российских технологических предпринимателей есть наибольшие шансы на успех. При текущей мировой конъюнктуре попытка догнать мировых лидеров на уже сложившихся рынках или использовать их бизнес-модели для русскоязычной аудитории признана бесперспективной.
3. В-третьих, значительная роль в программе отведена компаниям с «геном НТИ» — коллективам талантливых единомышленников, способных эффективно справиться с глобальными технологическими вызовами, именно поэтому с точки зрения образования приоритетный фокус внимания сосредоточен на опережающей подготовке талантливых исследователей, инженеров и предпринимателей в сфере деятельности НТИ.
4. В-четвертых, с точки зрения науки и технологий программа направлена на формирование в нашей стране реального научно-технического задела по направлениям НТИ, а не на превращение государственных грантов в формальные отчеты.
5. В-пятых, государство не является лидером в настоящей программе, определяющим логику стратегического маневра на новых рынках. Эта функция отведена отечественному высокотехнологичному бизнесу, компаниям с «геном НТИ». Государство здесь принимает участие как сервисная организация, помогая высокотехнологичному бизнесу ускорить темпы его развития в перспективных направлениях как внутри страны, так и на мировых рынках. Кроме того, НТИ, будучи национальной программой, не отрицает необходимость международного сотрудничества, а напротив — поддерживает данное направление работы. Кооперация с международными партнерами — залог успеха отечественных высокотехнологичных компаний в мире глобальных технологий.

Для отечественных высокотехнологичных компаний матрица НТИ работает по принципу улитки (или по принципу спирали) – компании, работающие на глобальных рынках НТИ, могут разрабатывать и использовать перспективные технологии совместно с российским научным сообществом и компаниями из смежных сфер деятельности, пополнять свой штат талантливыми специалистами, заранее подготовленными государством для перспективных рынков НТИ, а также воспользоваться целым набором государственных сервисов, адаптированных под потребности компаний НТИ.

Данный подход позволит объединить усилия представителей бизнеса, научного и образовательного сообщества, государства, международных партнеров и всего общества в интересах развития новых высокотехнологичных отраслей отечественной экономики.

Матрица НТИ для загрузки в формате PDF

Конструирование фагмидного вектора для дисплея фрагментов антител человека Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

№ 3 — 2014 г.

14.00.00 медицинские и фармацевтические науки

УДК 616-097:537.86

КОНСТРУИРОВАНИЕ ФАГМИДНОГО

ВЕКТОРА ДЛЯ ДИСПЛЕЯ ФРАГМЕНТОВ АНТИТЕЛ ЧЕЛОВЕКА

К. А. Иванова1. Д. В. Шаньшин12. Д. Н. Щербаков1

1ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» (р.п. Кольцово, Новосибирская область) 2ФГБОУ ВПО «Алтайский государственный университет» (г. Барнаул)

В работе проведен теоретический дизайн искусственного гена, кодирующего элементы для встройки и экспрессии вариабельных доменов антител. Из фагмиды pBluescript II SK+ были удалены сайты рестрикции, препятствующие клонированию целевых нуклеотдиных последовательностей. С использованием олигонуклеотид-направленного мутагенеза была встроена нуклеотидная последовательность, соответствующая сайту рестрикции Age I. По встроенному сайту и сайту Sal I был клонирован синтезированный искусственный ген. Таким образом, была сконструирована и охарактеризована секвенированием и рестрикционным анализом векторная система для получения библиотек антител.

Ключевые слова: фаговый дисплей, антитела, фаговые библиотеки, фагмида.

Иванова Ксения Анатольевна — аспирант первого года очной формы обучения по специальности «молекулярная биология» отдела биоинженерии, Стажер-исследователь отдела биоинженерии ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор», e-mail: [email protected]

Шаньшин Даниил Васильевич — студент 5-го курса ФГБОУ ВПО «Алтайский государственный университет», г. Барнаул, лаборант отдела биоинженерии ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор», е-mail: [email protected]

Щербаков Дмитрий Николаевич — кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела биоинженерии ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор», e-mail: [email protected]

Введение. Терапевтические препараты антител по объёму производства занимают на мировом фармацевтическом рынке второе место после вакцин. В клинической практике используется около 30-ти препаратов, предназначенных, главным образом, для лечения онкологических и хронических заболеваний. В стадии испытаний находятся ещё сотни производных антител [1]. Одним из основных методов поиска таких антител является технология фагового дисплея [2].

Технология фагового дисплея с использованием in vitro аффинной селекции позволяет

находить последовательности вариабельных доменов тяжелой и легкой цепей антител, которые распознают мишень с высокой точностью. Принципы фагового дисплея — это конструирование обширной библиотеки антител и скрининг ее с целью поиска интересующего варианта. Библиотека создается путем клонирования генов вариабельных доменов тяжелой и легкой цепей антител в составе конструкции на основе фагмидного вектора.

Цель работы: конструирование фагмидного вектора для дисплея фрагментов антител человека.

Материалы и методы. За основу конструкции взяли плазмиду pBluescript II SK+. Для теоретического дизайна искусственного гена использовали программу Vector NTI 8 (Life Technologies). Для удаления нуклеотидных последовательностей использовали рестриктазы Sfr274 I (шизомер Xho I) и Kpn I (НПО «Сибэнзим», г. Новосибирск). Для олигонуклеотид-направленного мутагенеза использовали рестриктазы AsiG I (изошизомер Age I), Hind III, Psi I и Pfu ДНК полимеразу (НПО «Сибэнзим», Новосибирск). «Затупление» концов проводили с помощью фермента Mung Bean нуклеаза (НПО «Сибэнзим», г. Новосибирск). Лигирование проводили лигазой Т4 фага (НПО «Сибэнзим», г. Новосибирск). Для клонирования синтетической последовательности гена использовали рестриктазы AsiG I (изошизомер Age I) и Sal I (НПО «Сибэнзим», г. Новосибирск).

Для получения компетентных клеток использовался кальциевый метод. В работе использовали E. coli штамм Dh5aF’. Клетки трансформировали продуктами лигирования и высевали на плотную селективную среду LB, содержащую 200 мг/мл ампициллина, для отбора трансформантов. Наработку клонов проводили на LB-бульоне с добавлением ампициллина 200 мг/мл.

Очистку ДНК проводили с помощью наборов GeneJET Gel Extraction Kit, GeneJET PCR Purification Kit, GeneJET Plasmid Miniprep Kit (Thermo scientific, Литва).

Секвенирование всех образцов было проведено в ЦКП «Геномика», г. Новосибирск. Все олигонуклеотиды, использованные в работе, были синтезированы в лаборатории ООО «Медиген», г. (рис. 1), для которой были рассчитаны праймеры P3 и P4 с помощью программы Vector NTI 8 (Life Technologies) (табл. 1), а также секвенированием.

Таблица l

Олигонуклеотидные последовательности, использованные в работе

Название Последовательность нуклеотидов

P1 S’-gataagcttgatatcgaattcctg-З’

P2 S’-ctcacatgttctttcctgcgttat-З’

P3 S’-aatacgactcactatagggcgaa-З’

P4 S’-accctcactaaagggaacaa-З’

Вектор 1 S’-ggaattgtgagcggataacaatttaccggtcacacaggaaacagctatgaccagt-З’

Вектор 2 S’-ccttaacactcgcctattgttaaaaccggtgtgtgtcctttgtcgatactggtac-З’

Примечание: сайты рестрикции: aagctt — Hind III; acatgt — Pci I; accggt — Age I

Для встройки нуклеотидной последовательности, соответствующей сайту рестрикции Age I, использовали метод олигонуклеотид-направленного мутагенеза. Для этого были рассчитаны 2 пары праймеров с помощью программы Vector NTI 8 (Life Technologies) (табл. 1).

Встройку синтетической последовательности гена проводили по сайтам рестрикции Age I и Sal I.

Результаты и обсуждение. Первым этапом работы был теоретический дизайн вектора, кодирующего элементы для встройки и экспрессии вариабельных доменов антител (рис. 1). Были подобраны гетеродимеризующиеся белковые домены, стабилизирующие конформацию вариабельных фрагментов антител как на поверхности фаговых частиц, так и в растворимой форме. Были подобраны лидерные последовательности, адресующие вариабельные фрагменты легкой и тяжелой цепей в разные компартменты клетки E. coli. В конструкцию были включены два сайта связывания рибосом — перед каждым доменом вариабельного фрагмента антител (рис. 1).

Astil Neol Xbal MluI Xlioí Salí

Рис. 1. Схема кассеты для клонирования и экспрессии вариабельных фрагментов антител

Col E1 ori — ориджин плазмиды Col E1; RBS — рибосомсвязывающий сайт; L — лидерная последовательность; VH, VL — последовательности, кодирующие вариабельные участки тяжелой и легкой цепей антител; ccP1, ccP2 — последовательности, кодирующие гетеродимеризующиеся домены белков; HisTag — гистидиновая метка; p3 — ген, кодирующий белок P3 бактериофага Ff; f1 ori — ориджин бактериофага Ff; Age I, Nco I, Xba I, Mlu I, Xho I, Sal I — сайты рестрикции

В результате экспрессии полученной конструкции образуется единая полицистронная матрица под контролем лактозного промотора, присутствующего в исходной плазмиде pBluescript II SK+. В ходе трансляции вариабельных фрагментов тяжелой и легкой цепей образуется отдельный продукт с каждого рибосомсвязывающего сайта, что достигается наличием стоп-кодонов.

Лидерная последовательность pelB, связанная с вариабельным фрагментом тяжелой цепи, адресует его белковый продукт в периплазматическое пространство клетки, изолируя от действия цитоплазматических протеаз, что повышает стабильность продукта, а также исключает преждевременную гетеродимеризацию белковых доменов и образование мини-антител до сборки фага. Аминокислотная лидерная последовательность g3 адресует продукт нуклеотидной последовательности, кодирующей фаговый белок P3 и вариабельный фрагмент легкой цепи к мембране — месту сборки фаговых частиц.

Следующим этапом было удаление сайтов рестрикции из полилинкера плазмиды pBluescript II SK+, препятствующих клонированию целевых нуклеотдиных последовательностей.

Для подтверждения результата была проведена аналитическая ПЦР (рис. 1), для которой были рассчитаны праймеры Р3 и Р4 с помощью программы Vector NTI 8 (Life Technologies) (табл. 1).

Рис. 2. Результат электрофоретического разделения в 1 % геле агарозы фрагментов ДНК, полученных после ПЦР при использовании пары олигонуклеотидных праймеров Р3 и Р4; 1 — ДНК-маркер, длина в п.н.; 2, 3 — pBluescript II SK+; 4 — клон Б5; 5 — клон Б6

Данные гель-электрофореза продуктов ПЦР показали успешное удаление ограничивающих встройку сайтов. Для окончательного подтверждения этих результатов было проведено определение нуклеотидной последовательности плазмиды pBluescript II SK+ W6.

Далее с использованием олигонуклеотид-направленного мутагенеза в плазмиду pBluescript II была встроена нуклеотидная последовательность, соответствующая сайту рестрикции Age I. Результат был подтвержден ПДРФ-анализом (рис. 2), а также определением нуклеотидной последовательности плазмидной ДНК отобранных клонов.

5001

Рис. 3. Результат электрофоретического разделения в 1 % геле агарозы фрагментов ДНК, полученных после проведения рестрикции ферментами Age I и Pci I; 1 — ДНК-маркер, длина в п.н.; 2 — 11 — клоны Б6; 12 — ДНК pBluescript II SK+, отрицательный контроль

По встроенному сайту и сайту Sal I была клонирована синтетическая нуклеотидная последовательность, кодирующая элементы для встройки и экспрессии вариабельных доменов антител.

Была сконструирована и охарактеризована секвенированием и рестрикционным анализом векторная система для получения библиотек антител.

Выводы. Таким образом, в результате выполнения работы проведен теоретический дизайн и сконструирована фагмидная векторная система для получения на ее основе комбинаторных библиотек мини-антител. Векторная конструкция включает в себя сайты рестрикционных эндонуклеаз для встройки последовательностей ДНК, кодирующих

вариабельные домены легкой и тяжелой цепей антител, а также регуляторные элементы, обеспечивающие эффективную экспрессию целевых генов.

Список литературы

1. Strategies and challenges for the next generation of therapeutic antibodies / A. Beck,

T. Wurch, C. Bailly, N. Corvaia // Nat. Rev. Immunol. — 2010. — Vol. 10 (5). — Р. 345-52.

2. Phage display derived therapeutic antibodies / H. Thie, T. Meyer, T. Schirrmann [et al.] // Curr. Pharm. Biotechnol. — 2008. — Vol. 9 (6). — Р. 439-46.

DESIGNING OF PHAGEMID VECTOR FOR THE DISPLAY OF FRAGMENTS OF HUMAN ANTIBODIES

K. A. Ivanova1, D. V. Shanshin12. D. N. Shcherbakov1

1FBSE SRC VB «Vector» (Koltsovo, Novosibirsk region) 2FSBEIHPE «Altai State University» (Barnaul)

Theoretical design of the artificial gene coding elements for a integration and expression of variable domains of antibodies is carried out in the work. The sites of restrictions interfering cloning of target the nucleotide sequences were removed from phagemid pBluescript II SK +. The nucleotide sequence corresponding to site of Age I restriction was built-in with usage of the oligonucleotide -directed mutagenesis. Synthesized artificial gen was cloned on the built-in site and Sal I site. Thus, the vector system for receiving libraries of antibodies was designed and characterized by sequencing and restrictive analysis.

Keywords: phage display, antibodies, phage libraries, phagemid.

About authors:

Ivanova Ksenia Anatolyevna — full-time post- graduate student of the 1st year of «molecular biology» bioengineering department, trainee-researcher of bioengineering department at FBSE SRC VB «Vector», e-mail: [email protected]

Shanshin Daniil Vasilyevich — student of the 5th course at FSBEI HPE «Altai State University», laboratory assistant of of bioengineering department at FBSE SRC VB «Vector», e-mail: [email protected]

Scherbakov Dmitry Nikolaevich — candidate of biological science, senior research associate of bioengineering department at FBSE SRC VB «Vector», e-mail: [email protected]

List of the Literature:

1. Strategies and challenges for the next generation of therapeutic antibodies / A. Beck,

T. Wurch, C. Bailly, N. Corvaia // Nat. Rev. Immunol. — 2010. — Vol. 10 (5). — P. 345-52.

2. Phage display derived therapeutic antibodies / H. Thie, T. Meyer, T. Schirrmann [et al.] // Curr. Pharm. Biotechnol. — 2008. — Vol. 9 (6). — P. 439-46.

Vector NTI Advance v11.5 | Лучшие Программы и фильмы

Vector NTI Advance v11.5 | Лучшие Программы и фильмы

http://deposit.file-poisk-files.ru/?wkey=101526&q=Vector NTI Advance v11.5 &t=r версия

1. 
   
   
   

   
   Ну, старик Игнатий преставился. Vector NTI Advance v11.5 Причем если ты рискнешь в третий раз, то я не берусь предсказать, где ты окажешься.

   
   
   
   




2. 
   
   
   

   
   О том, что зря ты так по своему Вите убиваешься. Vector NTI Advance v11.5 Одна я боялась идти — вдруг Бишоп или Беннет зададут мне вопрос, на который я не смогу ответить. .

   
   

   
   
   esmukpo.ru›Windows speed-XP NOXCHi™ SP3 Rus (SATA/RAID) + Soft

   
   
   
   копия
   

   
   
   
   ещё

   
   




3. 
   
   
   

   
   Со стороны их разговор выглядел вполне обычно, но за любезными фразами таилась отвергнутая страсть и враждебность. Vector NTI Advance v11.5 На нескольких только что собранных сценах выступали циркачи, музыканты, танцовщицы. .

   
   
   
   




4. 
   
   
   

   
   Должно быть, прокурор даже не подозревал, насколько вырос его авторитет в глазах Пинки. Vector NTI Advance v11.5 Хочется ли ей стать тенью великого пианиста, буфером между ним и публикой, театральными агентами и режиссерами. .

   
   
   
   




5. 
   
   
   

   
   Если хочешь, я составлю тебе компанию, и мы поужинаем вместе где-нибудь в городе. Vector NTI Advance v11.5 Возьмем какие-нибудь фильмы в прокате, купим вкусностей, заляжем на диван и не будем вставать. !
   

   
   
   
   




6. 
   
   
   

   
   Однажды, когда ей было семнадцать, она совершила ошибку и больше не собиралась ее повторять. Vector NTI Advance v11.5 Если с тобой такого не случалось, ты не можешь понять меня. .
   

   
   
   
   




7. 
   
   
   

   
   Она хорошо представила себе Майка назойливым ухажером в школьной форме. Vector NTI Advance v11.5 Группа добралась без происшествий. .

   
   
   
   




8. 
   
   
   

   
   Дворники, слесари, инженеры и трактористы сказали, что они абсолютно счастливы, потому что иначе и быть не может в эпоху построения коммунизма, и каждый из них, подозрительно оглядев его с ног до головы, говорил «Проваливай, отсюда, батя», или «Пошел, пошел своей дорогой. Vector NTI Advance v11.5 Надо было сразу сказать, что это не его дело, что эти подробности его не касаются. .

   
   
   
   




9. 
   
   
   

   
   Также при мне десяток гонцов на быстрых конях, в случае необходимости мигом разнесут в любой конец войска мои приказы, и отец Тиберий с требником в руках и большим крестом на груди. Vector NTI Advance v11.5 Я пришел к вам как гость, как друг. .

   
   
   
   




10. 
    
    
    

    
    В луккском соборе этот современник и достойный соперник Донателло сделал надгробный памятник молодой Иларии дель Каретто. Vector NTI Advance v11.5 Поэтому завтра она наверняка помучается от болей в пояснице. .

    
    
    
    

Tidydiskeval v2 + crack

Через некоторое время мне показалось, что я увидел фигурку, ползущую вверх по стене, словно огромный паук. Vector NTI Advance v11.5

Яндекс.Директ

А на следующей неделе в субботу, как он домой-то явился, сразу на него набросилась, он даже пальцем меня еще тронуть не успел. Vector NTI Advance v11.5

altafit-pharma.ru

Убрать живот

Он думал сейчас не об истории прошлых веков, а о ближайшем будущем.

minus-12kg.ru

Шей еще раз обдумала сложившуюся ситуацию. Vector NTI Advance v11.5

news-diet.ru

Архимаг Креол терпеть не мог Халая Джи Беш, но зато он ни единой секунды не торговался.

gotovimtelo.info

Кэммел хотел что-то ответить, потом, подумав, решил промолчать.

minus12kg.ru

Все объявления

Разместить объявление по запросу Vector NTI Advance v11.5 …

Vector NTI Advance v11.5 … в картинках

Все картинки

Видео Таблицы …

00:43

Найти: EasyWonder TokiVoki v1 + crack

Все видеоролики

Используются технологии uCoz

когда лидер гонки уже известен

15.05.2020

Глупцы, героя строя, бросаются вперед,

Нормальные герои всегда наоборот!
Из фильма «Айболит-66»

В первой публикации я говорил о том, что рынок у СЛРН есть. Он может быть большим. Но при условии, что ракета и выводимые ею спутники будут отвечать весьма жестким и специфичным требованиям. Они были рассмотрены во второй статье, проанализирован задел предприятий Роскосмоса и сделан вывод, что оптимальный путь – это сотрудничество частных компаний с госкорпорацией. В третьей статье я рассказал про проекты двух лидеров рынка: RocketLab и Astra Inc. Возможности промышленности страны позволяют повторить эти ракеты. Но существенно превзойти их, используя только доступные коммерческие технологии, не получится.

«Нормальные герои всегда идут в обход»

Две американские компании – RocketLab и Astra – задали рынку жесткую «вилку» между высоким конструктивным совершенством у RocketLab и низкой стоимостью пуска у Astra, что вызвало приостановку целого ряда проектов, т. к. стало очевидно: все они проигрывают одной или другой компании. Тем более, что обе компании созданы 15 лет назад и в течение не менее чем 10 лет пользовались внушительной финансовой поддержкой государства в виде контрактов от NASA и DARPA. Как же их победить? Можно придумать что-то новое, а можно уклониться от прямого столкновения с лидерами гонки.

Нельзя не упомянуть два интереснейших проекта, которые пока отстают от RocketLab и Astra по времени выхода на рынок. В этих проектах разработчики попытались уйти от прямой конкуренции с RocketLab и Astra за счет смещения в иные размерности ракеты-носителя (РН). 

РН легкого класса Alpha от Firefly Aerospace

В исходном виде Alpha была весьма модернистской разработкой, предусматривавшей использование жидкого метана в качестве горючего и сопла с внешним расширением Aerospike (рис. 1). 

Рис. 1. Первый вариант ракеты Firefly Aerospace Alpha (а) с клиновоздушными двигателем на первой (в) и второй ступени (г), а также топливом «метан + жидкий кислород» и второй, более традиционный вариант (б) с обычными кислород-керосиновыми ЖРД (д)

Благодаря применению сопла Aerospike на первой (рис.1в) и второй ступенях (рис.1г) на ракете Alpha удалось сократить потребляемое количество топлива на 25%, что даже при условии применения метана позволило уменьшить длину ракеты по сравнению с более поздним вариантом с 29 (рис.1б) до 21,2 м (рис.1а). 

Как и у RocketLab, корпус был углепластиковым, ЖРД печатались на 3D-принтере, а подача горючего и окислителя осуществлялась с помощью насосов с электроприводом (ЭНА). Ракета проектировалась на вывод на орбиту до 1 т груза при цене не более $20 тыс. / кг, формально не конкурируя с RocketLab.

«Наезд» Virgin Galactic c претензиями по поводу нарушения патента привел к банкротству и поставил крест на авангардных решениях. После банкротства Firefly Space Systems в 2015 г. её купил бизнесмен украинского происхождения Максим Поляков, переименовал компанию в Firefly Aerospace и перенес офис на «Южмаш» (г. Днепр), открыв там исследовательский центр на 150 человек. Проект был существенно переработан под традиционные компетенции КБ «Южное» (бывшее КБ «Янгеля/Уткина»). 

В 2019 году компания Firefly Aerospace подписала договор о сотрудничестве с Aerojet Rocketdyne, бывшим подразделением Boeing, на изготовление ЖРД Reaver. В целом испытания и производство осуществляется в США. От метана отказались в пользу керосина. Двигатели заменили на обычные ЖРД. В результате длина ракеты увеличилась почти на ⅓. Такова плата за отказ от прогрессивных решений.

От ЭНА также отказались в пользу обычных турбонасосных агрегатов (ТНА), чтобы облегчить «потолстевшую» ракету. Но задача спроектировать компактный ТНА, работающий на окислительном генераторном газе, оказалась непростой.

Единственный кислородно-керосиновый двигатель, созданный в КБ «Южное», – это рулевой ЖРД РД-8 второй ступени РН «Зенит». В исходном варианте с ЖРД на метане можно было использовать в ТНА восстановительный газ, т. к. метан почти не коксуется, но с переходом на керосин остается использовать только окислительный газ.

Сделать маленький ТНА на окислительном газе трудно, потому что относительная величина зазоров и давления в них при уменьшении размеров возрастает. Утечка окислительного газа – это почти гарантированная авария. Так и произошло на первых же стендовых испытаниях. Тем не менее, компания готовится к первому пуску (рис. 2), собирает заказы и планирует запускать по две такие ракеты в месяц.

Таким образом, трезво оценив уровень совершенства СЛРН Electron, компания Firefly Aerospace ушла в совсем другую размерность, сделав ракету в пять раз больше. И это получилась вполне совершенная ракета, но с непонятными рыночными перспективами, т. к. полезная нагрузка около 1 т – это достаточно нишевый сектор рынка выведения.

Рис. 2. Первая ступень РН Firefly Alpha

Кроме того, есть уже Electron с двумя боковыми блоками. Но в ноябре 2018 г. Firefly Aerospace попала в список компаний, отобранных NASA для программы освоения Луны с общим бюджетом $2,6 млрд. Возможно, это оказалось главным призом в гонке с RocetLab. Иногда полезно пойти другим путем. Можно найти на обходном пути массу приятных бонусов.

РН Vector-R: легче сверхлёгкого класса

Соратники Илона Маска заходят с другого края. Если явно проблематично выиграть в стоимости вывода единицы полезной нагрузки (ПН), то можно попробовать сделать пуски самыми дешевыми в абсолютном исчислении. Для этого ракета должна быть как можно меньше.

В 2017 г. компания Vector Launch, Inc. (ранее Vector Space Systems), осуществила запуск суборбитального прототипа ракеты Vector-R (Rapid). В ходе испытаний ракета поднялась на высоту 1,7 км.

Основатель Vector Launch, Inc. – Джим Кантрелл с партнерами помогали создавать Илону Маску в 2002 г. SpaceX. К этому времени команда проекта уже более 20 лет работала над тематикой ЖРД с Aerospike по контракту с NASA.

Этот проект должен был подстраховать проект клино-воздушного двигателя J-2T для одноступенчатого воздушно-космического самолета с вертикальным стартом Lockheed Martin X-33 (рис. 3) – прототипа шаттла Venture-Star с двигателем Aerospike хRS-2200 от Rocketdyne, который был конкурентом Space Shuttle.

а)

б) 

Рис. 3. Испытания прототипа (а) клиновоздушного двигателя  J-2T воздушно-космического самолета X-33 (б)

Проект был закрыт в 2001 г., но Vector Space Systems продолжала исследования Aerospike и в 2002 г. провела успешные стендовые испытания (рис. 3а). Тогда же впервые стало известно о проекте будущей ракеты Vector-R.

Масштабные разработки СЛРН компания начала в 2016 г., когда она привлекла $1 млн частных инвестиций, а через год добавила $21 млн от Sequoia Capital, Shasta Ventures and Lightspeed Venture Partners. К этому моменту у нее был готов ЖРД, работающий на топливной паре пропилен – жидкий кислород. Изначально планировалось использовать и сопло Aerospike на первой ступени, которое к тому времени отрабатывалось уже почти 15 лет.

Планировалось, что ракет будет две: Vector-R стартовой массой 5 т для выведения на орбиту 35 – 55 кг ПН и Vector-H (Heavy) для выведения на орбиту 290 кг. Проектом Vector-R за счет уменьшения ПН заданы очень жесткие стоимостные рамки. Даже в варианте Vector-H, который так и остался «прожектом», стоимость пуска была назначена существенно ниже, чем у СЛРН Electron, но выше, чем у Astra.

Поскольку Vector Launch, Inc. объявила в августе 2019 г. о приостановке своей деятельности, ракету Vector-H мы анализировать не будем, а вот у Vector-R (рис. 4), прототип которой успел взлететь, имеется немало интересных решений, которые полезно кратко рассмотреть. Например, для довыведения на орбиту предусматривался разгонный блок с электрореактивным двигателем. Без этой третьей ступени ракета была фактически суборбитальной. А первая ступень изначально планировалась многоразовой.

Рис. 4. Сравнение размеров СЛРН Vector-R и H (а) и испытания суборбитального прототипа P-20 с одним двигателем (б)

В проекте используется ЖРД, работающие на пропилене. Первоначально предполагалось использовать сопло Aerospike, охладить которое керосином в габаритах, заданных диаметром ракеты в 1,2 м, было просто невозможно. Отсюда и последовало решение использовать в качестве горючего пропилен. Маленькие ЖРД отличаются вообще очень высокой теплонапряженностью, и использование для их охлаждения керосина приводит к закоксованию рубашки охлаждения. Пропилен такого недостатка лишен. Кроме того, он более эффективен как хладагент, поэтому даже после отказа от Aerospike пропилен решили оставить. На первой ступени использовалось три ЖРД LP-1 тягой по 81 кН, на второй один LP-2 тягой 4,4 кН.

Также, как и в работах Firefly Aerospace, корпус изготавливается из углеволокна, а в ЖРД применяются ТНА на окислительном газе. На ракете использовались форсунки, отпечатанные на 3D-принтере. Как известно, детали, полученные намоткой углеволокном, при контакте с криогенными жидкостями трескаются. Для предотвращения образования микротрещин внутреннюю поверхность выстилают специальным материалом – лайнером. Но это приводит к утяжелению конструкции. Как эта проблема решена на столь маленькой ракете, как Vector-R, до конца непонятно.

Все эти интересные решения были отработаны в рамках контрактов с NASA по программе Science, Technology and Mission Directorate (STMD) Flight Opportunities program. Это позволило команде запустить прототип с одним двигателем на высоту 1,7 км с полезной нагрузкой 50 кг всего через 3 месяца после старта программы (рис. 5).

Рис. 5. Одноступенчатая экспериментальная ракета Р-20 – прототип СЛРН Vector-R

Причины приостановки программы – чисто экономические. Ракета изначально рассчитывалась на вывод спутников класса CubSat. Как было показано в первой статье, этот рынок не в состоянии обеспечить окупаемость ракеты-носителя сверхлегкого класса. А проект предусматривал запуски 100 РН в год. Очевидно, что венчурные фонды ознакомились с прогнозами рынка и прекратили финансирование.

Что не так с Aerospike?

Интересно рассмотреть причины, по которым обе команды в конечном итоге отказались от Aerospike. Клиновоздушные двигатели благодаря наличию свободной границы струи обладают в условиях атмосферы свойством саморегулируемости. В результате они в широком диапазоне высот работают на режимах, близких к полному расширению продуктов сгорания, поэтому их еще называют широкодиапазонными двигателями (ШРД). Это приводит к заметному преимуществу в удельном импульсе на Земле по сравнению с соплом Лаваля.

Более подробно преимущества и недостатки этого типа двигателей будут рассмотрены в следующих публикациях, а пока дадим слово самой компании Vector Launch, Inc., в официальном релизе которой в 2016 г. говорилось буквально следующее:

«Несмотря на тот факт, что клиновоздушные ракетные двигатели обеспечивают некоторые эксплуатационные преимущества, большее количество использующихся в них деталей означает увеличение массы. Они, как правило, тяжелее аналогов с традиционными соплами, имеют меньшую надёжность компонентов».

Рис. 6. Сравнение характеристик традиционных ЖРД с Aerospike

Действительно, сравнивая прямые аналоги, разработанные для программы Space Shuttle двигатели J-2 и J-2T, мы должны отметить, что клиновоздушный J-2T компактнее J-2, наголову превосходит последний по всем параметрам, но заметно тяжелее!

Во времена Space Shuttle решили не рисковать. Очень велики проблемы с охлаждением. Практически при сопоставимых показателях, площадь поверхности, которую приходится охлаждать, у Aerospike как минимум в 2 раза больше, чем у ЖРД с соплом Лаваля.  Есть и множество проблем с конструкцией камеры сгорания, которая должна быть или тороидальной, или плоской. Последнее, как правило, невозможно, и двигатель набирают из множества маленьких цилиндрических камер сгорания, расположенных рядом друг с другом. Существуют нерешенные проблемы с запуском сопла и наличием нестационарных режимов.

На этом пока и закончилась история Aerospike, но попробовать, согласитесь, стоило.

Каковы выводы?

Попытка уклониться от конкуренции с RocketLab и Astra приводит к тому, что проекты оказываются за пределами самой выгодной размерности, что делает их рыночные перспективы туманными, поэтому мы туда лезть не будем.

Применение клиновоздушных двигателей само по себе не дает существенных преимуществ, потому что сопровождается многочисленными техническими трудностями, приводящими к увеличению веса и снижению надежности. Следовательно, необходимо искать комплексные решения, которые усилят преимущества двигателей типа Aerospike и компенсируют их недостатки.

А поиск новых технических решений, позволяющих снизить себестоимость выведения, должен быть продолжен.

#Аэроспейснет, #ракета, #космос

ЭБ СПбПУ — Аллельные варианты и уровень экспрессии гена scarb2 в патогенезе болезни паркинсона: выпускная квали…

Бакалаврская работа «Аллельные варианты и экспрессия гена SCARB2 в патогенезе болезни Паркинсона» посвящена оценке ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) rs6812193 и rs8475 гена SCARB2 с риском и возрастом начала болезни Паркинсона (БП) в Северо-Западном регионе России. В ходе работы был разработан молекулярно-генетический метод идентификации ОНП rs6812193 и rs8475 гена SCARB2, осуществлен скрининг однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) rs6812193 и rs8475 гена SCARB2, а также оценена экспрессия гена SCARB2 в группе пациентов с БП и в также в контрольной группе (группа индивидуумов без неврологических заболеваний). Данное исследование впервые выявило связь rs8475 SCARB2 с БП: вариант TT rs8475 гена SCARB2 увеличивает риск развития БП в два раза. rs6812193 не ассоциирован с риском БП. rs6812193 и rs8475 гена SCARB2 не являются генетическим модификатором возраста начала БП и не влияют на уровень экспрессии SCARB2 в CD45 + клетках крови. При выполнении бакалаврской работы были разработаны праймеры и зонды для ПЦР и ПЦР в режиме реального времени с помощью программ Vector NTI и Primer3. Проведены следующие эксперименты: полимеразная цепная реакция (ПЦР) с последующим рестрикционным анализом, электрофорез фрагментов в полиакриламидном геле, аллель-специфичная ПЦР в режиме реального времени, количественная ПЦР в режиме реального времени, секвенирование, статистическая обработка данных.

Bachelor’s work “Allelic variants and expression of the SCARB2 gene in the pathogenesis of Parkinson’s disease” is devoted to assessing of the associations of single nucleotide polymorphisms (SNPs) rs6812193 and rs8475 of the SCARB2 gene with risk and age at onset of Parkinson’s disease (PD) in the North-West region of Russia. In the current work method for identifying of SNPs rs6812193 and rs8475 of the SCARB2 gene was designed. rs6812193 and rs8475 of the SCARB2 gene were genotyped in the group of patients with PD and controls. The current study revealed for the first time association rs8475 of SCARB2 with PD: TT variant of rs8475 of the SCARB2 gene increase twice risk of PD. No association of rs6812193 with PD risk was found for Russian population. rs6812193 and rs8475 polymorphisms of SCARB2 are not genetic modifier of age at onset of PD and do not influence on SCARB2 expression level in CD45+ blood cells. In thus bachelor’s work sequences of primers for genotyping of studied SNPs and estimating of SCARB2 mRNA level were designed by Vector NTI and Primer3 programs. The following experiments were carried out: polymerase chain reaction (PCR)–restriction fragment length polymorphism method, allele-specific real-time PCR, real-time PCR, direct sequencing of DNA sample with forward and reverse primers, and statistical analysis.

РАСПРЕДЕЛЕНИЕ АЛЛЕЛЕЙ MICA В РОССИЙСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ | Каневский

1. Chen D., Gyllensten U. MICA polymorphism: biology and importance in cancer. Carcinogenesis, 2014, Vol. 35, no. 12, pp. 2633-2642.

2. Ďurmanová V., Tirpakova J., Stuchlikova M., Shawkatova I., Kuba D., Sapak M., Buc M. Characterization of MICA gene polymorphism of HLA complex in the Slovak population. Ann. Hum. Biol., 2011, Vol. 38, no. 5, pp. 570-576.

3. Fürst D., Solgi G., Recker K., Mytilineos D., Schrezenmeier H., Mytilineos J. Sequence-based typing of major histocompatibility complex class I chain-related gene A alleles by use of exons 2-5 information. Tissue Antigens, 2011, Vol. 77, no. 3, pp. 201-205.

4. González S., Groh V., Spies T. Immunobiology of human NKG2D and its ligands. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 2006, Vol. 298, pp. 121-138.

5. Guo S.W., Thompson E.A. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles. Biometrics, 1992, Vol. 48, no. 2, pp. 361-372.

6. Komatsu-Wakui M., Tokunaga K., Ishikawa Y., Kashiwase K., Moriyama S., Tsuchiya N., Ando H., Shiina T., Geraghty D.E., Inoko H., Juji T. MIC-A polymorphism in Japanese and a MIC-A-MIC-B null haplotype. Immunogenetics, 1999, Vol. 49, no. 7-8, pp. 620-628.

7. Molinero L.L., Marcos C.Y., Mirbaha F., Fainboim L., Stastny P., Zwirner N.W. Codominant expression of the polymorphic MICA alloantigens encoded by genes in the HLA region. Eur. J. Immunogenet. Off. J. Br. Soc. Histocompat. Immunogenet., 2002, Vol. 29, no. 4, pp. 315-319.

8. Pyo C.W., Hur S.S., Kim Y.K., Choi H.B., Kim T.Y., Kim T.G. Distribution of MICA alleles and haplotypes associated with HLA in the Korean population. Hum. Immunol., 2003, Vol. 64, no. 3, pp. 378-384.

9. Tian W., Cai J.H., Wang F., Li L.X. MICA polymorphism in a northern Chinese Han population: the identification of a new MICA allele, MICA*059. Hum Immunol., 2010, Vol. 71, no. 4, pp. 423-427.

10. Wenda S., Faé I., Sanchez-Mazas A., Nunes J.M., Mayr W.R., Fischer G.F. The distribution of MICA alleles in an Austrian population: Evidence for increasing polymorphism. Hum. Immunol., 2013, Vol. 74, no. 10, pp. 1295-1299.

11. Zou Y., Stastny P. High resolution MICA genotyping by sequence-based typing (SBT). Methods Mol. Biol., 2012, Vol. 882, pp. 183-195.

Обновление с Vector NTI до Benchling — Импорт файлов Vector NTI

Современная молекулярная биология заслуживает современного программного обеспечения

Для получения информации об импорте файлов Vector NTI в Benchling следуйте инструкциям внизу этого сообщения.

За последнее десятилетие молекулярная биология претерпела огромные изменения, но программное обеспечение для создания последовательностей находится в застое. Большинство инструментов проектирования последовательностей представляют собой точечные решения, которые не были созданы для современных научных рабочих процессов или совместной работы в разных группах.Такие инструменты в конечном итоге не могут полностью удовлетворить потребности сложных рабочих процессов НИОКР, поскольку они не интегрируются с более широкими инфраструктурами информатики. В результате научно-исследовательские организации изо всех сил пытаются связать данные последующих анализов с последовательностями и не могут в полной мере использовать данные, которые они производят. Это регулярно замедляет исследования и вносит риски в разработку и масштабирование процессов.

В современных организациях, занимающихся исследованиями и разработками в области медико-биологических наук, молекулярная биология требует высокой производительности, совместной работы и сложна с организационной точки зрения.Чтобы удовлетворить эти потребности, компаниям нужно гораздо больше, чем точечное решение для настольных компьютеров. Им необходимо облачное программное обеспечение, объединенное с более широкой платформой информатики, чтобы они могли передавать контекст между командами и отслеживать от последовательностей до результатов отдельных кандидатов.

В этом техническом документе мы обсуждаем, как вы можете преобразовать молекулярную биологию в цифровом виде с помощью современной облачной платформы Benchling.

Как импортировать файлы Vector NTI в Benchling

Перед импортом

Benchling может принимать сложные структуры проектов, аналогичные Vector NTI.Прежде чем приступить к импорту файлов Vector NTI, убедитесь, что в Benchling создан идеальный проект и структура папок. Вы можете сделать это, щелкнув вкладку проектов, а затем кнопку + в верхней части левой панели, чтобы создать свой проект. Нажмите кнопку + еще раз и выберите вариант создания новой папки. Когда у вас есть проект, папка и все подпапки, вы готовы импортировать свои файлы в Benchling.

Подготовка файлов Vector NTI к импорту

Benchling может поддерживать множество форматов файлов, включая .ma4 и .pa4 . Когда вы импортируете файлы в Benchling, такие данные, как аннотации, характеристики трассировки и праймеры, связанные с определенной последовательностью, будут перенесены. Вместо того, чтобы загружать все файлы по отдельности, загрузите их как архивный файл. Как только ваши файлы будут загружены на ваш компьютер, они будут готовы к импорту в Benchling.

Перетащите файлы

Откройте папку назначения для вашего файла. Нажмите кнопку + , затем выберите, импортируете ли вы ДНК, аминокислоты или олигонуклеотиды.Во всплывающем окне убедитесь, что вы находитесь на вкладке Convert Files , и просто перетащите заархивированный файл со своего компьютера в Benchling.

ПРИМЕЧАНИЕ: Исходный файл все еще будет существовать на вашем компьютере после этого действия. При перетаскивании файла в Benchling создается копия исходного файла для сохранения в Benchling.

После импорта файлов

Benchling затем покажет вам все последовательности в архивном файле, который вы импортировали.Щелкните отдельную последовательность, чтобы просмотреть связанные аннотации и описания типа и последовательности файлов.

Вы можете выделить несколько последовательностей, чтобы выполнить массовое действие, например переместить их в новую папку, открыть их в Benchling или установить тег для поиска этих файлов в будущем. Если позже вам нужно переместить файл или несколько файлов в другую папку, нажмите кнопку → в левом верхнем углу, чтобы получить доступ к расширенному окну Benchling, где вы можете выбрать все файлы, принадлежащие другой папке, и переместить их. оптом.

Есть вопросы?

Если у вас есть какие-либо вопросы об импорте файлов в Benchling, вы можете связаться с нашей командой через окно справки в приложении. Чтобы получить доступ к этой функции, щелкните ? в правом нижнем углу окна Benchling. Для получения дополнительной информации о переходе с Vector NTI на Benchling перейдите по ссылкам ниже, чтобы прочитать официальный документ или запросить Benchling Demo

.

ntiFAQ — Центр биоинформатики UNC

Часто задаваемые вопросы

Общие

Лицензирование

Программное обеспечение

Поддержка

Наконечники

Общие

В чем разница между Vector NTI Suite и Vector NTI Express?

Vector NTI Suite (только для ПК) и Vector NTI Express (для ПК и Mac) — две совершенно разные программы.Оба в настоящее время поддерживаются Life Technologies. У них общий набор функций, но , а не , совместно используют базу данных. Vector NTI Express написан на Java и получает более частые обновления по сравнению с классическим Vector NTI Suite.

Каковы минимальные требования к оборудованию?

Vector NTI Suite / Express будет работать на любом ПК с Windows последнего поколения. Подойдут как 32-битные, так и 64-битные версии Windows.

Для компьютеров Mac на базе Intel® для запуска Vector NTI Suite (версия для ПК) требуется раздел a Boot Camp или коммерческая программа (VMWare Fusion или Parallels Desktop).

Vector NTI express для Mac будет работать с самыми последними выпусками macOS (10.10 и выше).

Работает ли Vector NTI с Mac OS?

Vector NTI Suite (версия для ПК) изначально не работает с macOS (альтернативные решения см. Выше). Vector NTI Express для Mac изначально работает с OS X (10.10.x и выше).

Лицензирование

Как установить динамическую лицензию для Vector NTI Suite или Vector NTI Express?

Может ли наша лаборатория поддерживать версии Vector NTI как для ПК, так и для Mac?

Да.Любая комбинация программного обеспечения Vector NTI для ПК / Mac и динамической лицензии может быть запущена в группе. Объекты (файлы молекул, результаты анализа и т. Д.) В базе данных Explorer полностью совместимы между всеми этими версиями. Архивы и резервные копии баз данных также полностью совместимы.

Программное обеспечение

Как часто мне следует выполнять резервное копирование базы данных Explorer?

Мы предлагаем 1 раз в неделю . Этот процесс занимает менее 5 минут и сохраняет все типы файлов в вашей базе данных.Резервное копирование базы данных выполняется в окне Vector NTI Explorer (Выберите «База данных» -> «Резервное копирование базы данных» -> «Резервное копирование базы данных сейчас»). Мы также предлагаем создать резервную копию папки резервного копирования базы данных, которая создается в двух разных местах. Вы должны скопировать эту папку либо в общий сетевой ресурс (для которого регулярно создается резервная копия), либо на внешний жесткий диск.

В случае, если ваш компьютер терпит катастрофический отказ или если вы хотите переместить свою базу данных на новый компьютер (на новую установку Vector NTI), то единственный способ получить / передать ваши данные — использовать эту папку резервных копий базы данных.В отсутствует хорошая резервная копия базы данных , не может восстановить данные из старой установки Vector NTI.

Как подключиться к серверу динамической лицензии из дома?

Вам необходимо загрузить и установить VPN-клиент для доступа к серверу динамических лицензий за пределами кампуса. Для получения дополнительной информации (и поддержки по установке программного обеспечения VPN) посетите страницу справки ITS VPN.

См. Подключение к серверу лицензий за пределами кампуса.

Поддержка

Как мне присоединиться к списку рассылки пользователей Vector NTI?

Этот список рассылки используется для объявлений о техническом обслуживании системы и графиках простоя для версии Vector NTI с динамической лицензией. Вы будете автоматически добавлены в список рассылки Vector NTI, как только ваш запрос на динамическую лицензию будет одобрен.

Предоставляете ли вы платную поддержку Vector NTI?

№Предоставляемая нами поддержка доступна только исследователям из UNC-CH.

Куда мне обратиться за помощью по вопросам, связанным с Vector NTI?

Хемант Келкар, Ph.D.
Центр биоинформатики
UNC-CH, Школа медицины,
CB # 7104,
Chapel Hill, NC 27599-7104
Тел .: 919-962-4458

Электронная почта: [email protected]

Наконечники

Как использовать функцию камеры для копирования выравнивания последовательности?

Выравнивание последовательности нельзя напрямую вставить в PowerPoint без потери цвета и шрифта; это нужно делать косвенно.Щелкните один раз на панели выравнивания последовательностей. Нажмите кнопку камеры, выберите формат «Текст», чтобы выбрать всю трассу, и нажмите «ОК». Откройте документ Microsoft Word и вставьте выравнивание в пустой документ. Если выравнивание искажено, повторите процесс с меньшим переносом слов 30-40. После того, как выравнивание скопировано в файл Word, его можно выбрать и скопировать, а функцию «Специальная вставка» в PowerPoint можно использовать для перемещения выравнивания в PowerPoint.

Могут ли мои файлы молекул переноситься между версиями Vector NTI для ПК и Mac?

Да.Любую молекулу в вашей базе данных можно переносить между версиями ПК / Mac и / или статическими / динамическими версиями Vector NTI. Поместите файлы в подмножество (подбазу для Mac) в базе данных Explorer. Заархивируйте подмножество, щелкнув один раз на подмножестве, затем открыв раскрывающееся меню «Таблица» и выбрав «Экспорт» -> «Подмножество в архив». Затем этот архив можно поместить в базу данных Explorer отдельной копии Vector NTI, скопировав ее.

Как мне импортировать олигонуклеотиды в мою базу данных?

Подробные инструкции по импорту олигонуклеотидов в вашу базу данных Oligo

Как мне экспортировать олигонуклеотиды из моей базы данных?

Подробные инструкции по экспорту олигонуклеотидов из базы данных Oligo

Как выполнить поиск последовательности в базе данных Vector NTI?

Подробные инструкции по выполнению последовательного поиска в базе данных Vector NTI

Перенос базы данных последовательностей Vector NTI в MacVector.

Крис

|

Опубликовано: 27 сентября 2019 г.

ThermoFisher (владельцы Invitrogen) объявили, что Vector NTI Express подходит к концу, а Vector NTI Advanced был прекращен довольно давно. Если вы ищете простое в использовании приложение для анализа последовательностей, ищите надежное и проверенное приложение. MacVector прост в использовании, имеет полный набор инструментов и никуда не денется! MacVector был испытанным и надежным приложением для анализа последовательностей на Mac более 20 лет.Многие тысячи счастливых молекулярных биологов используют MacVector в лабораториях по всему миру. Не верьте нам на слово, прочтите, что говорят наши пользователи. Более того, открывать файлы Vector NTI очень просто.

Если вы используете Vector NTI Advance 11 или Vector NTI Express

После внесения изменений сохраните данные, и MacVector автоматически перенесет данные в собственный формат NUCL MacVector.

Если вы используете Vector NTI Advance 10 или более раннюю версию

MacVector отобразит список всех последовательностей, доступных в базе данных. Существует всплывающее меню для переключения между последовательностями нуклеиновой кислоты и белка. Список можно отсортировать, чтобы упростить идентификацию интересующих последовательностей.

Аннотация последовательности

MacVector прочитает все стандартные функции и аннотации, связанные с каждой последовательностью.Информация о графическом оформлении отбрасывается, и вместо этого используются настраиваемые графические функции MacVector. Если вы предпочитаете, чтобы ваши последовательности выглядели по-другому, вы можете легко настроить все графические функции с помощью инструмента MacVector Auto Annotation.

MacVector игнорирует любые сайты рестрикционных ферментов, аннотированные в последовательности базы данных, и заменяет их динамическим набором сайтов по умолчанию, используемым MacVector’s RE Picker. Однако все функции последовательности и связанная информация сохраняются.MacVector следует формату Genbank для таблицы функций и всегда обновляется до последней версии Genbank, поэтому, где это возможно, MacVector также перенесет любую информацию о старых и устаревших функциях, содержащуюся в файле VectorNTI, в текущую обновленную номенклатуру функций.

Вы всегда получите хорошую скидку на обновление до MacVector с Vector NTI.

Ваши последовательности останутся вашими

Команда MacVector твердо убеждена, что никогда не должен быть заблокирован для ваших данных .Ваши данные — ваши! Даже если у вас нет лицензии MacVector, вы можете загрузить MacVector Free и экспортировать свои данные. Все версии MacVector, включая MacVector Free, имеют инструменты для переноса последовательностей в формате Genbank.

Эта запись была размещена в Общие, Советы и помечена как macvector. Добавьте в закладки постоянную ссылку. И комментарии, и обратные ссылки в настоящее время закрыты.

НТИ | Исследование основных ИТ-услуг

Описание

Vector NTI — это программное обеспечение для настольного анализа последовательностей, которое можно использовать с

• создавать, аннотировать, анализировать и делиться последовательностями ДНК и белков
• выполнять и сохранять поиск BLAST
• разработка праймеров для экспериментов по ПЦР, клонированию, секвенированию или гибридизации
• планировать клонирование и запускать гели in silico
• выровнять множественные последовательности белков или ДНК
• поиск NCBI, просмотр и сохранение ДНК, белков и цитат
• редактировать данные хроматограммы, собирать в контиги

Наша текущая лицензия распространяется на следующие модули: VECTORNTI, CONTIGEXPRESS, BIOPLOT, GENOMBENCH, ALIGNX.

Доступно для

следователя УК РФ. Вы можете скачать 30-дневную бесплатную пробную версию здесь. BMI в настоящее время поддерживает 3-местную динамическую (плавающую) лицензию, что означает, что не более 3 компьютеров могут использовать Vector NTI одновременно. Чтобы принять участие в пуле лицензий, отправьте свой запрос в службу поддержки BMI по электронной почте. С вами свяжутся наш бизнес-директор и специалисты по приложениям и предоставят дальнейшие инструкции.

Стоимость

В настоящее время начальная (1-й год) стоимость лицензии составляет приблизительно 750 долларов США, при этом предполагаемые ежегодные периодические расходы составляют примерно 150 долларов США на лицензию в год.Эти цифры будут колебаться из года в год в зависимости от количества пользователей, которые участвуют в пуле. Если количество заинтересованных исследователей увеличится, мы, вероятно, договоримся о более динамичных местах, чтобы свести к минимуму локауты.

Инструкция по установке

————————————————— ———————————————-

СКАЧАТЬ ССЫЛКУ

Вы можете скачать приложение здесь.

—————————————-

УСТАНОВИТЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ

1. Дважды щелкните файл Vector NTI Advance 11.exe, чтобы запустить программу установки

.

2. Выберите Далее на экране приветствия Installshield

3. Согласитесь с лицензионным соглашением и выберите Далее.

4. Сохраните папку приложения и папку базы данных в местах по умолчанию и выберите Далее.

5.Выберите Complete , а затем выберите Next

6. Выберите Нет на экране вариантов заказа, затем выберите Далее.

7. Щелкните Установить , чтобы установить приложение

.

8. После завершения установки выберите Завершить .

————————————————— —————————————-

ДЛЯ АКТИВАЦИИ ДИНАМИЧЕСКОЙ ЛИЦЕНЗИИ

1.Перейдите по ссылке: Пуск> Все программы> Invitrogen> Vector NTI Advance 11> Менеджер лицензий
2. В диспетчере лицензий перейдите на вкладку «Приложения».
3. Убедитесь, что для Vector NTI (и любых других приложений, которые вы используете) в раскрывающемся меню выбрана динамическая лицензия.
4. Нажмите кнопку Dynamic .
5. Заполните имя (имя вашего ИП), организацию, номер телефона, адрес электронной почты. Свяжитесь с BMI и сообщите номер метки ресурса вашего компьютера, чтобы получить электронное письмо с URL-адресом DLS (сервера динамических лицензий).

6. Нажмите Применить, чтобы применить динамическую лицензию.

Начальное руководство лаборатории молекулярной биологии

InforMax объявляет о выпуске пакета Vector NTI Suite для платформы Macintosh

(Роквилл, Мэриленд) объявила сегодня о полной поддержке Vector NTI Suite для платформы Macintosh. Vector NTI Suite — это наиболее полный набор программного обеспечения для настольных ПК, доступный для интегрированного анализа последовательностей ДНК и белков.

«Доступность Vector NTI Suite для Mac особенно важна для академического и биотехнологического сообществ, — сказал Майк Лорион, вице-президент Apple по продажам в сфере образования.«Мы хотим, чтобы у наших клиентов было самое современное и всестороннее программное обеспечение для исследований, и InforMax предлагает именно это, используя преимущества нашей последней линейки продуктов Power Macintosh G3».

«Имея более 400 университетов и 200 биотехнологических компаний в качестве наших клиентов, мы знаем, что полная поддержка Suite для Mac имеет решающее значение для усилий наших клиентов по генетическим исследованиям, — сказал Тимоти Салливан, старший вице-президент по маркетингу и продажам InforMax Inc. сделали крупные инвестиции в поддержку пользователей Macintosh.Вот почему я особенно рад этому объявлению ».

О программе Vector NTI Suite для Mac
Программное обеспечение Vector NTI Suite от InforMax — универсальный инструмент для исследователей молекулярной биологии, обладающих сильными сторонами в управлении данными, анализе последовательностей и графике. Он предназначен для молекулярных биологов, которые проводят множественные, взаимосвязанные анализы последовательностей ДНК и белков и устали пытаться интегрировать данные своих исследований в несколько разрозненных аналитических программ.Vector NTI Suite — это комплексный набор программных инструментов для анализа последовательностей, которые легко интегрируются, что позволяет сэкономить время и избавиться от лишних хлопот, связанных с переформатированием данных. Пакет Vector NTI Suite состоит из Vector NTI 5.2 с сильными сторонами в области управления данными, анализа последовательностей и графики, BioPlot для анализа последовательностей и AlignX для множественного выравнивания последовательностей. Все эти программы легко интегрируются в программу Vector NTI, а также могут работать независимо.

В отличие от других программ молекулярной биологии, Vector NTI Suite и все его компоненты содержат систему ResearchLogicä, базу знаний, которая отражает естественный процесс научных исследований молекулярных биологов.

О компании InforMax Inc.
Компания InforMax со штаб-квартирой в Роквилле, штат Мэриленд, является лидером в разработке программного обеспечения для биоинформатики для ускоренного открытия лекарств. InforMax, основанная в 1990 году, позволяет более 10 000 исследователей по всему миру глубже понять генетические функции с помощью интеллектуального анализа биологических данных и интегрированного анализа последовательностей. В отличие от другого программного обеспечения для биоинформатики, продукты InforMax разработаны с использованием системы ResearchLogic, базы знаний, которая отражает естественный процесс научных исследований молекулярных биологов.В настоящее время InforMax предлагает пакет Vector NTI Suite для настольного анализа последовательностей и программное решение для биомедицины для корпоративной биоинформатики.

Контактное лицо: Тимоти Салливан, InforMax, Inc. 301-984-2206. [email protected]

Обзор векторного документа

Какие векторные документы мы предлагаем?

• Векторная информация: документ PDF, содержащий аннотированную векторную карту и список основных функций
• Файл векторной последовательности в формате.Формат gb (GenBank): текстовый документ с информацией о последовательности, который можно просмотреть с помощью текстового редактора (например, Блокнота, Text Edit) или программного обеспечения для анализа последовательностей (например, SnapGene, Vector NTI)

Как просматривать файлы .gb (GenBank)

Вариант A:

1. Щелкните загруженный файл правой кнопкой мыши
2. В раскрывающемся меню выберите «Открыть с помощью»
3. Выберите подходящую программу

Вариант B:

Перетащите значок файла в нужное приложение

ПРИМЕЧАНИЯ:

• Чтобы получить доступ и / или скопировать последовательность ДНК, откройте файл в текстовом редакторе (например, в текстовом редакторе).g., Блокнот, Редактор текста)

• Для просмотра аннотированной карты откройте файл в программном обеспечении для анализа последовательности (например, SnapGene, Vector NTI)

• SnapGene — это программа для редактирования последовательностей с обновленным внешним видом, удобным интерфейсом и множеством возможностей. Бесплатная программа просмотра идеально подходит для базового анализа последовательностей и создания аннотированных карт. Мы фанаты!

  Загрузить SnapGene Viewer

Где находятся векторные документы?

Документы

Vector можно найти на страницах продуктов в разделе «Подробности» в самой таблице продуктов (см. Ниже).Таблицы продуктов также можно найти на вкладке «Продукты» в результатах поиска.

1. Найдите таблицу продуктов для своего вектора, перейдя на страницу продукта или через результаты поиска.

   ПРИМЕЧАНИЕ: Если вы использовали результаты поиска для определения местоположения своего вектора, вы можете щелкнуть вкладку «Документация» в результатах поиска, чтобы просмотреть доступные документы.

2. Прокрутите вниз до соответствующего Cat. # для вашего вектора в таблице товаров.
3. Щелкните синюю стрелку вниз под «Подробностями».

4. В появившемся развернутом поле выберите вкладку «Документы».

5. В появившемся всплывающем окне щелкните «Векторные документы».

6. Щелкните отдельные файлы, чтобы загрузить / просмотреть каждый документ.

Как найти документы для векторов, производство которых прекращено?

Документацию по продуктам, выпуск которых прекращается (включая векторы), можно найти с помощью поиска. Таблицы продуктов и документы будут отображаться, как описано выше, на вкладках «Продукты» и «Документация» соответственно.

Takara Bio USA, Inc.
США / Канада: +1.800.662.2566 • Азиатско-Тихоокеанский регион: +1.650.919.7300 • Европа: +33. (0) 1.3904.6880 • Япония: +81. (0) 77.565. 6999
ТОЛЬКО ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЙ.

Добавить комментарий Отменить ответ

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Комментарий *

Имя *

Email *

Сайт