Как устанавливать модули python: Как устанавливать пакеты в Python — с PIP и без | GeekBrains

Как устанавливать пакеты в Python — с PIP и без | GeekBrains

Что представляют собой пакеты и модули, откуда их брать и что с ними делать.

https://gbcdn.mrgcdn.ru/uploads/post/1340/og_cover_image/a9b1c9e84cf2c603aa80f227403c4177

Прежде чем что-то устанавливать, давайте разберёмся, что такое пакет, чем он отличается от модуля, и как с ним работать. У слова «пакет» применительно к Python два значения.

C одной стороны, пакеты Python  —  это Py-приложения, дополнения или утилиты, которые можно установить из внешнего репозитория: Github, Bitbucket, Google Code или официального Python Package Index. На сервере пакеты хранятся в .zip и .tar архивах, либо в дополнительной упаковке  —  «яйцах» (.egg,  старый формат)  или «колесах» (.whl). В составе пакета, как правило, есть сценарий установки setup.py, который хранит сведения о зависимостях —  других пакетах и модулях, без которых пакет работать не будет.

С другой стороны, если речь об архитектуре Python-приложения, пакет —  это каталог, внутри которого файл  __init__.py и, опционально, другие каталоги и файлы .py. Так большую Python-программу разбивают на пакеты и модули. Модуль —  файл с исходным кодом, который можно использовать в других приложениях: как «заготовку» для будущих проектов или как часть библиотеки/фреймворка. Но к теме статьи это прямого отношения не имеет, поэтому дальше мы будем говорить только о пакетах из репозиториев.

Чтобы за секунды устанавливать пакеты со всеми зависимостями, используют менеджер пакетов pip или модуль easy_install. В большинстве случаев рекомендуется использовать pip. И только если у вас есть инфраструктура на пакетах .egg, которые pip не открывает, нужен easy_install.

Установка PIP для Python 3 и 2

Если вы используете виртуальные окружения на базе venv или virtualenv, pip уже установлен. Начиная с Python 3.4 (для Python 2  —  с версии 2.7.9)  pip поставляется вместе с интерпретатором. Для более ранних версий устанавливать менеджер пакетов  нужно вручную. Вариантов два:

1. C помощью скрипта get_pip.py  —  быстро.

2. Через setuptools —  кроме pip сможем использовать easy_install.

Вариант 1. Скачиваем скрипт get_pip.py и запускаем в консоли. Для этого открываем терминал через Win+R>»cmd»>OK и пишем:

python get_pip.py

Остальное установщик сделает сам: если нужно, попутно установит wheel (для распаковки .whl-колес) и setuptools. Чтобы запретить инсталляцию дополнительных инструментов, можно добавить в строку ключи —no-setuptools и/или —no-wheels.

Если возникает ошибка, путь к Python не прописан в переменной среды $PATH. Нужно либо найти эту переменную в системном реестре и задать её значение, либо каждый раз указывать полный путь до python.exe, а за ним уже имя исполняемого Py-файла:

C:/python32/python.exe get_pip.py

Полный путь полезен и в том случае, если у вас на компьютере несколько версий Python и вы ставите пакет для одной из них.

Вариант 2. Скачиваем архив с setuptools из PYPI и распаковываем в отдельный каталог. В терминале переходим в директорию setuptools c файлом setup.py и пишем:

python setup.py install

Обновить pip для Python в Windows можно так:
python pip install -U pip

Если это не работает, нужно добавить путь к папке с pip в $PATH.

Установка пакета в pip

Пора запустить pip в Python и начать устанавливать пакеты короткой командой из консоли:

pip install имя_пакета

При установке в Windows, перед pip  нужно добавить «python -m».

Обновить пакет не сложнее:

pip install имя_пакета -U

Если у вас последняя версия пакета, но вы хотите принудительно переустановить его:

pip install --force-reinstall

Посмотреть список установленных пакетов Python можно с помощью команды:

pip list

Найти конкретный пакет по имени можно командой «pip search». О других командах можно прочесть в справке, которая выдается по команде «pip help».

Удаление пакета Python

Когда пакет больше не нужен, пишем:

pip uninstall имя_пакета

Как установить пакеты в Python без pip

Формат .egg сейчас используют не часто, поэтому pip его не поддерживает. Модуль easy_install умеет устанавливать как .egg, так и обычные пакеты, но есть у него важные минусы:

• он не удаляет пакеты,

• он может пытаться установить недозагруженный пакет.

Использовать easy_install можно сразу после установки setuptools. Хранится модуль в папке Scripts вашего интерпретатора. Если у вас в $PATH верно прописан путь, ставить пакеты из PYPI можно короткой командой:

easy_install имя_пакета

Для обновления после install и перед именем пакета нужно ставить ключ -U. Откатиться до нужной версии можно так:

easy_install имя_пакета=0.2.3

Если нужно скачать пакет из альтернативного источника, вы можете задать URL или локальный адрес на компьютере:

easy_install http://адрес_репозитория.ру/директория/пакет-1.1.2.zip

Чтобы узнать об опциях easy_install, запустим его с ключом -h:

easy_install -h   

Список пакетов, установленных через easy_install, хранится в файле easy-install.pth в директории /libs/site-packages/ вашего Python.

К счастью, удалять установленные через easy_install пакеты можно с помощью pip. Если же его нет, потребуется удалить пакет вручную и стереть сведения о нем из easy-install.pth.

Теперь вы умеете ставить и удалять пакеты для вашей версии Python.

Кстати, для тех, кто изучает Python, мы подготовили список полезных и практичных советов.

Установка модулей в Python

Когда вы в первый раз начинаете работу в качестве программиста в Python, вы, скорее всего, не задумываетесь о том, как именно вам нужно установить внешний пакет или модуль. Но когда эта нужда возникает, вам захочется сделать это как можно быстрее! Пакеты Python можно легко найти в интернете. Большая часть популярных пакетов может быть найдена в PyPI (Python Package Index). Также множество пакетов Python можно найти на github, и bitbucket, а также в Google Code. В данной статье мы рассмотрим следующие методы установки пакетов Python:

• Установка из источника
• easy_install
• pip
• Другие способы

Установка из источника

Это отличный навык, которому стоит научиться. Существуют более простые способы, которые мы рассмотрим позже в этой статье. Тем не менее, существует ряд пакетов, которые нужно установить именно этим способом. Например, чтобы использовать easy_install, вам сначала нужно установить setuptools. Чтобы сделать это, вам нужно скачать tar или zip файл с PyPI (https://pypi.python.org/pypi/setuptools), и извлечь его в вашей системе. Далее, обратите внимание на файл setup.py. Откройте сессию терминала и измените каталог на папку, содержащую файл setup. После этого запустите следующую команду:

Если Python не расположен в пути вашей системы, вы получите сообщение об ошибке, указывающее на то, что команда не была найдена, или приложение неизвестно. Вы также можете вызвать эту команду, применив весь путь к Python. Для пользователей Windows это выглядит так:

c:\python34\python.exe setup.py install

Этот метод особенно удобен, если у вас несколько установленных версий Python и вам нужно установить пакет на разные версии. Все что вам нужно, это указать полный путь к конкретной версии Python и установить пакет. Некоторые пакеты содержат в себе С код, например, заглавные файлы С, которые должны быть скомпилированы под пакет для корректной установки. В случае с Linux, у вас должен быть установленный C/C++ компилятор, так что вы можете установить пакет без головной боли. Возвращаясь к Windows, вам нужна правильная версия Visual Studio, для корректной компиляции пакета. Некоторые люди упоминают также и MingW, который можно использовать для этих целей, но я не знаю, как сделать так, чтобы это работало. Если в пакете присутствует установщик Windows, используйте его. В таком случае вы можете забыть о компиляции в принципе.

Применение easy_install

После установки setuptools, вы можете использовать easy_install. Вы можете найти его в папке с установочными скриптами Python. Не забудьте добавить папку со скриптами в путь вашей системы, чтобы вы в дальнейшем смогли вызывать easy_install в командной строке, без указания его полного пути. Попробуйте выполнить запустить следующую команду, чтобы узнать больше об опциях easy_install:

Если вам нужно начать установку пакета при помощи easy_install, вам нужно сделать следующее:

easy_install package_name

easy_install попытается скачать пакет с PyPI, скомпилировать его (если нужно) и установить его. Если вы зайдете в свою директорию site-packages, вы найдете файл под названием easy-install.pth, который содержит доступ ко всем пакетам, установленным через easy_install. Python использует этот файл, чтобы помочь в импорте модуля или пакета. Вы также можете указать easy_install на установку через URL или через путь на вашем компьютере. easy_install также может выполнить установку прямиком из файла tar. Вы можете использовать easy_install для обновления пакета, воспользовавшись функцией upgrade (или–U). И наконец, вы можете использовать easy_install для установки файла egg файлов. Вы можете найти эти файлы в PyPI, или в других источниках. Файлы egg – это особые zip файлы. На самом деле, если вы измените расширение на .zip, вы можете разархивировать файл egg.

Есть вопросы по Python?

На нашем форуме вы можете задать любой вопрос и получить ответ от всего нашего сообщества!

Telegram Чат & Канал

Вступите в наш дружный чат по Python и начните общение с единомышленниками! Станьте частью большого сообщества!

Паблик VK

Одно из самых больших сообществ по Python в социальной сети ВК. Видео уроки и книги для вас!

Вот несколько примеров:

easy_install -U SQLAlchemy
easy_install http://example.com/path/to/MyPackage-1.2.3.tgz
easy_install /path/to/downloaded/package

Существует несколько проблем с easy_install. Он может попробовать установить пакет, пока он еще загружается. При помощи easy_install нельзя деинсталлировать пакет. Вам придется удалить пакет вручную и обновить файл easy-install.pth, удалив доступ к пакету. По этой, и многим другим причинам, в сообществе Python создали pip.

Использование pip

Программа pip вышла вместе с Python 3.4. Если у вас старая версия Python, вам нужно установить pip вручную. Установка pip немного отличается от того, что мы обсуждали ранее. Вам нужно зайти в PyPI, но вместо того, чтобы скачать пакет и запустить его скрипт setup.py, вам предложат скачать один скрипт под названием get-pip.py. После этого, вам нужно будет выполнить его следующим образом:

Таким образом setuptools (или какая-либо альтернатива setuptools) будет установлена, если вы не сделали этого ранее. Также будет установлен и pip. Он работает с версиями CPython 2.6, 2.7, 3.1, 3.2, 3.3, 3.4 и с pypy. Вы можете использовать pip для установки всего, что может установить easy_install, но сам процесс несколько отличается. Чтобы установить пакет, выполните следующее:

А для обновления пакета, вам нужно сделать это:

pip install -U PackageName

Вам может понадобиться вызвать –h, чтобы получить полный список всего, что pip может сделать. В отличие от easy_install, pip может устанавливать формат wheel. Формат wheel – это ZIP архив, с именем файла, имеющим особый формат, и расширением. Whl. Вы также можете установить wheel, при помощи его собственной командной строки. С другой стороны, pip не может выполнять установку файлов egg. Если вам нужно установить egg, вам придется воспользоваться easy_install.

Кое-что о зависимостях

Преимущества в использовании easy_install и pip в том, что если пакет имеет зависимости от скрипта setup.py, то и easy_install, и pip попытаются установить и скачать этот скрипт. Это поможет вам избежать головной боли в той ситуации, когда вы пробуете новый пакет, и еще не понимаете, что пакет A зависит от пакетов B, C и D. При помощи easy_install или pip, вам не нужно об этом беспокоиться вообще.

Подведем итоги

С этого момента, вы можете использовать любой пакет, который вам может понадобиться, конечно, если этот пакет поддерживается вашей версией Python. Существует множество инструментов, доступных программисту Python. Пока что пакеты – достаточно запутанная тема, тем не менее, вы знаете, как использовать необходимые инструменты, которые вы можете легко и быстро получить, для установки необходимого пакета.

Являюсь администратором нескольких порталов по обучению языков программирования Python, Golang и Kotlin. В составе небольшой команды единомышленников, мы занимаемся популяризацией языков программирования на русскоязычную аудиторию. Большая часть статей была адаптирована нами на русский язык и распространяется бесплатно.

E-mail: [email protected]

Образование
Universitatea Tehnică a Moldovei (utm.md)

• 2014 — 2018 Технический Университет Молдовы, ИТ-Инженер. Тема дипломной работы «Автоматизация покупки и продажи криптовалюты используя технический анализ»
• 2018 — 2020 Технический Университет Молдовы, Магистр, Магистерская диссертация «Идентификация человека в киберпространстве по фотографии лица»

Устанавливаем python-пакеты с помощью pip

pip — это система управления пакетами, которая используется для установки и управления программными пакетами, написанными на Python.

Установка pip

Прежде чем с помощью pip устанавливать python-пакеты, нужно сначала установить сам pip.

Python 3.4+

Начиная с Python версии 3.4, pip поставляется вместе с интерпретатором python.

Python <3.4

Официальная инструкция ( https://pip.pypa.io/en/latest/installing.html ):

• Загрузить get-pip.py (обязательно сохранив с расширением .py).
• Запустить этот файл (могут потребоваться права администратора).

Есть ещё один способ (для Windows). Возможно, он является более предпочтительным:

Начало работы

Попробуем с помощью pip установить какой-нибудь пакет, например, numpy:

Linux:

sudo pip3 install numpy

На Windows:

pip3 install numpy

Может не сработать, написав: «python» не является внутренней или внешней командой, исполняемой программой или пакетным файлом (такого, скорее всего, не должно быть при установке pip вторым способом, но проверить не на чем).

Тогда нужно обращаться напрямую:

C:\Python34\Tools\Scripts\pip3.exe install numpy

Либо добавлять папку C:\Python34\Tools\Scripts\ в PATH вручную (самому проверить не на чем, можете посмотреть на stackoverflow. У кого получится — напишите в комментарии).

Что ещё умеет делать pip

Пробежимся по основным командам pip:

pip help — помощь по доступным командам.

pip install package_name — установка пакета(ов).

pip uninstall package_name — удаление пакета(ов).

pip list — список установленных пакетов.

pip show package_name — показывает информацию об установленном пакете.

pip search — поиск пакетов по имени.

pip —proxy user:[email protected]:port — использование с прокси.

pip install -U — обновление пакета(ов).

pip install —force-reinstall — при обновлении, переустановить пакет, даже если он последней версии.

Установка модулей Python | Python 3

Как популярный проект разработки с открытым исходным кодом, Python имеет
активное поддерживающее сообщество участников и пользователей, которые также
делают свое программное обеспечение доступным для других разработчиков
Python для использования на условиях лицензии с открытым исходным кодом.

Это позволяет Python пользователям эффективно обмениваться информацией и
сотрудничать, извлекая выгоду из решений, которые другие уже создали для решения
общих (а иногда даже редких!) проблем, а также потенциально внося свой вклад в
создание общего пула.

В данном руководстве рассматривается часть процесса установки. Руководство по
созданию и совместному использованию собственных проектов Python см. в
руководстве по распространению.

Примечание

Для корпоративных и других учрежденческих пользователей следует иметь в виду,
что многие организации имеют свою собственную политику использования
программного обеспечения с открытым исходным кодом и внесения вклада в него.
Пожалуйста, учитывайте такие политики при использовании средств распространения
и установки, поставляемых с Python.

Ключевые термины

• pip является предпочтительной программой установки. Начиная с версии
  Python 3.4, он по умолчанию входит в состав Python бинарных
  установщиков.
• виртуальная среда — это полуавтономная среда Python, которая
  позволяет устанавливать пакеты для использования определенным приложением, а не
  для установки в масштабах всей системы.
• venv является стандартным инструментом
  для создания виртуальных сред и является частью Python начиная с Python 3.3. Начиная с
  версии Python 3.4, по умолчанию устанавливается pip во все
  созданные виртуальные среды.
• virtualenv является сторонней альтернативой (и
  предшественником) venv. Он позволяет используемый виртуальные среды на
  версиях Python до 3.4, которые либо вообще не предоставляют venv,
  либо не могут автоматически устанавливать pip в созданные среды.
• Пакетный индекс Python является публичным хранилищем лицензионных пакетов с открытым
  исходным кодом, доступных для использования другими пользователями Python.
• Комитет по пакетам в Python является группой разработчиков и авторов документации,
  ответственных за обслуживание и развитие стандартных средств пакетизации и
  связанных с ними стандартов метаданных и форматов файлов. Они поддерживают
  различные инструменты, документацию и трекеры проблем как на GitHub, так
  и на Bitbucket.
• distutils — это исходная система сборки и распространения,
  впервые добавленная в стандартную библиотеку Python в 1998 году. В то время
  как прямое использование distutils постепенно прекращается, оно по-прежнему
  закладывает основу для нынешней инфраструктуры пакетизации и распространения, и оно
  не только остается частью стандартной библиотеки, но и его название живет по-
  другому (например, название списка рассылки используемый для координации
  Python разработки стандартов пакетизации).

Изменено в версии 3.5: Теперь для создания виртуальных сред рекомендуется использовать venv.

Базовое использование

Все стандартные инструменты пакетизации предназначены для использования из командной
строки.

Следующая команда установит последнюю версию модуля и его зависимостей из
Пакетного индекса Python (PIP):

python -m pip install SomePackage

Примечание

Для пользователей POSIX (включая пользователей Mac OS X и Linux) примеры в этом
руководстве предполагают использование виртуальной среды.

Для пользователей Windows в примерах этого руководства предполагается, что при
установке Python была выбрана опция настройки системной переменной среды
PATH.

Также можно указать точную или минимальную версию непосредственно в командной
строке. При использовании операторов сравнения, таких как >,
< или некоторые другие специальные символы, которые
интерпретируются оболочкой, имя пакета и версия должны быть заключены в двойные
кавычки:

python -m pip install SomePackage==1.0.4    # конкретная версия
python -m pip install "SomePackage>=1.0.4"  # минимальная версия

Как правило, если подходящий модуль уже установлен, попытка его повторной
установки не будет иметь никаких последствий. Необходимо явно запросить
обновление существующих модулей:

python -m pip install --upgrade SomePackage

Дополнительную информацию и ресурсы, касающиеся pip и его возможностей,
можно найти в Руководство пользователя пакетизации Python.

Создание виртуальных сред осуществляется через модуль venv. При установке
пакетов в активную виртуальную среду используются команды, показанные выше.

Как я это делаю?

Это быстрые ответы или ссылки на некоторые общие задачи.

… установить

pip в версиях Python до Python 3.4?

Python начал содержать pip только с Python 3.4. Для более
ранних версий pip необходимо «загрузить», как описано в руководстве
пользователя по пакетизации Python.

… устанавливать пакеты только для текущего пользователя?

Передача опции --user python -m pip install позволит установить пакет только для
текущего пользователя, а не для всех пользователей системы.

… установить научные пакеты Python?

Ряд научных пакетов Python имеют сложные бинарные зависимости и в настоящее
время нелегко установить с помощью pip напрямую. В данный момент
пользователям будет проще установить эти пакеты
другим способом, а не пытаться установить их с помощью pip.

… работать с несколькими версиями Python, установленных параллельно?

В Linux, Mac OS X и других системах POSIX используйте команды версионированного
Python в сочетании с коммутатором -m для запуска соответствующей
копии pip:

python2   -m pip install SomePackage  # по умолчанию Python 2
python2.7 -m pip install SomePackage  # конкретно Python 2.7
python3   -m pip install SomePackage  # по умолчанию Python 3
python3.4 -m pip install SomePackage  # конкретно Python 3.4

Также могут быть доступны команды pip с соответствующей версией.

В Windows используйте средство запуска py Python в сочетании с
переключателем -m:

py -2   -m pip install SomePackage  # по умолчанию Python 2
py -2.7 -m pip install SomePackage  # конкретно Python 2.7
py -3   -m pip install SomePackage  # по умолчанию Python 3
py -3.4 -m pip install SomePackage  # конкретно Python 3.4

Распространенные проблемы установки

Установка в систему Python в Linux

В системах Linux Python установка обычно включается в дистрибутив. Установка
в этот Python требует доступа root к системе и может помешать работе
диспетчера пакетов системы и других компонентов системы, если компонент
неожиданно обновлен с помощью pip.

В таких системах часто при установке пакетов с pip лучше использовать
виртуальную среду или пользовательскую установку.

Pip не установлен

Возможно, что pip не будет установлен по умолчанию. Одним из возможных
исправлений является:

python -m ensurepip --default-pip

Имеются также дополнительные ресурсы для установки pip.

Установка двоичных расширений

Python, как правило, в значительной степени полагается на распределение на
основе сорцов, при этом конечные пользователи должны компилировать модули
расширения из источника в рамках процесса установки.

С введением поддержки двоичного формата wheel, и возможностью публикации
wheels по крайней мере для Windows и Mac OS X через Пакетный Индекс Python (PIP),
эта проблема, как ожидается, со временем уменьшится, так как пользователи более
регулярно могут устанавливать предварительно построенные расширения, а не должны
строить их сами.

Некоторые решения для установки научное программное обеспечение,
которые еще не доступны как предварительно собранные файлы wheel, могут также помочь с получением
других двоичных расширений без необходимости их локальной сборки.

Установка модулей в Python

python-scripts.com

Установка модулей в Python

автор

6-9 минут

Когда вы в первый раз начинаете работу в качестве программиста в Python, вы, скорее всего, не задумываетесь о том, как именно вам нужно установить внешний пакет или модуль. Но когда эта нужда возникает, вам захочется сделать это как можно быстрее! Пакеты Python можно легко найти в интернете. Большая часть популярных пакетов может быть найдена в PyPI (Python Package Index). Также множество пакетов Python можно найти на github, и bitbucket, а также в Google Code. В данной статье мы рассмотрим следующие методы установки пакетов Python:

• Установка из источника
• easy_install
• pip
• Другие способы

Установка из источника

Это отличный навык, которому стоит научиться. Существуют более простые способы, которые мы рассмотрим позже в этой статье. Тем не менее, существует ряд пакетов, которые нужно установить именно этим способом. Например, чтобы использовать easy_install, вам сначала нужно установить setuptools. Чтобы сделать это, вам нужно скачать tar или zip файл с PyPI (https://pypi.python.org/pypi/setuptools), и извлечь его в вашей системе. Далее, обратите внимание на файл setup.py. Откройте сессию терминала и измените каталог на папку, содержащую файл setup. После этого запустите следующую команду:

Если Python не расположен в пути вашей системы, вы получите сообщение об ошибке, указывающее на то, что команда не была найдена, или приложение неизвестно. Вы также можете вызвать эту команду, применив весь путь к Python. Для пользователей Windows это выглядит так:

Этот метод особенно удобен, если у вас несколько установленных версий Python и вам нужно установить пакет на разные версии. Все что вам нужно, это указать полный путь к конкретной версии Python и установить пакет. Некоторые пакеты содержат в себе С код, например, заглавные файлы С, которые должны быть скомпилированы под пакет для корректной установки. В случае с Linux, у вас должен быть установленный C/C++ компилятор, так что вы можете установить пакет без головной боли. Возвращаясь к Windows, вам нужна правильная версия Visual Studio, для корректной компиляции пакета. Некоторые люди упоминают также и MingW, который можно использовать для этих целей, но я не знаю, как сделать так, чтобы это работало. Если в пакете присутствует установщик Windows, используйте его. В таком случае вы можете забыть о компиляции в принципе.

Применение easy_install

После установки setuptools, вы можете использовать easy_install. Вы можете найти его в папке с установочными скриптами Python. Не забудьте добавить папку со скриптами в путь вашей системы, чтобы вы в дальнейшем смогли вызывать easy_install в командной строке, без указания его полного пути. Попробуйте выполнить запустить следующую команду, чтобы узнать больше об опциях easy_install:

Если вам нужно начать установку пакета при помощи easy_install, вам нужно сделать следующее:

easy_install попытается скачать пакет с PyPI, скомпилировать его (если нужно) и установить его. Если вы зайдете в свою директорию site-packages, вы найдете файл под названием easy-install.pth, который содержит доступ ко всем пакетам, установленным через easy_install. Python использует этот файл, чтобы помочь в импорте модуля или пакета. Вы также можете указать easy_install на установку через URL или через путь на вашем компьютере. easy_install также может выполнить установку прямиком из файла tar. Вы можете использовать easy_install для обновления пакета, воспользовавшись функцией upgrade (или–U). И наконец, вы можете использовать easy_install для установки файла egg файлов. Вы можете найти эти файлы в PyPI, или в других источниках. Файлы egg – это особые zip файлы. На самом деле, если вы измените расширение на .zip, вы можете разархивировать файл egg.

Вот несколько примеров:

Существует несколько проблем с easy_install. Он может попробовать установить пакет, пока он еще загружается. При помощи easy_install нельзя деинсталлировать пакет. Вам придется удалить пакет вручную и обновить файл easy-install.pth, удалив доступ к пакету. По этой, и многим другим причинам, в сообществе Python создали pip.

Использование pip

Программа pip вышла вместе с Python 3.4. Если у вас старая версия Python, вам нужно установить pip вручную. Установка pip немного отличается от того, что мы обсуждали ранее. Вам нужно зайти в PyPI, но вместо того, чтобы скачать пакет и запустить его скрипт setup.py, вам предложат скачать один скрипт под названием get-pip.py. После этого, вам нужно будет выполнить его следующим образом:

Таким образом setuptools (или какая-либо альтернатива setuptools) будет установлена, если вы не сделали этого ранее. Также будет установлен и pip. Он работает с версиями CPython 2.6, 2.7, 3.1, 3.2, 3.3, 3.4 и с pypy. Вы можете использовать pip для установки всего, что может установить easy_install, но сам процесс несколько отличается. Чтобы установить пакет, выполните следующее:

А для обновления пакета, вам нужно сделать это:

Вам может понадобиться вызвать –h, чтобы получить полный список всего, что pip может сделать. В отличие от easy_install, pip может устанавливать формат wheel. Формат wheel – это ZIP архив, с именем файла, имеющим особый формат, и расширением. Whl. Вы также можете установить wheel, при помощи его собственной командной строки. С другой стороны, pip не может выполнять установку файлов egg. Если вам нужно установить egg, вам придется воспользоваться easy_install.

Кое-что о зависимостях

Преимущества в использовании easy_install и pip в том, что если пакет имеет зависимости от скрипта setup.py, то и easy_install, и pip попытаются установить и скачать этот скрипт. Это поможет вам избежать головной боли в той ситуации, когда вы пробуете новый пакет, и еще не понимаете, что пакет A зависит от пакетов B, C и D. При помощи easy_install или pip, вам не нужно об этом беспокоиться вообще.

Подведем итоги

С этого момента, вы можете использовать любой пакет, который вам может понадобиться, конечно, если этот пакет поддерживается вашей версией Python. Существует множество инструментов, доступных программисту Python. Пока что пакеты – достаточно запутанная тема, тем не менее, вы знаете, как использовать необходимые инструменты, которые вы можете легко и быстро получить, для установки необходимого пакета.

как устанавливать пакеты в Python

Pip — менеджер пакетов для Python, работа с ним осуществляется через командную строку. Pip не нужно устанавливать отдельно, если вы пользуетесь Python версии 2.7.9 и новее или версии 3.4 и новее. Если pip установлен, то можно ввести в командную строку:

pip

Команды статье указаны для Windows, работа с pip в Linux может отличаться.

Вы получите справку по основным командам.

Установка pip для Python

Если pip не установлен, то нужно скачать скрипт. Выбирайте папку с номером вашей версии Python. После этого в командной строке перейдите в папку со скриптом и выполните команду:

python get-pip.py

Если pip установлен в папку ProgramFiles, то вам нужно запускать командную строку от администратора.

Если вы установили pip, но все равно получаете ошибку в консоли, нужно указать путь к файлу pip.exe в переменной Path. Для этого зайдите в свойства компьютера>Дополнительные параметры системы>Переменные среды. Здесь (в зависимости о версии Windows) либо добавьте путь к уже существующему через точку с запятой, либо просто нажмите создать и скопируйте путь в новое поле.

Если вам нужно обновить pip напишите в командной строке:

python -m pip install --upgrade pip

Управление пакетами

Чтобы выполнить установку пакета с сайта pypi.org введите в консоли:

python -m pip install ИмяПакета

Если вам нужно использовать несколько версий pip, то нужную можно указать так (начиная с версии pip 0.8):

pip-0.8 install ИмяПакета

Таким же образом можно выбирать версию Python:

python-3.6 -m pip install ИмяПакета

Pip версии 1.5 и выше следует указывать так:

pip2.6 install ИмяПакета

Чтобы обновить пакет введите:

python -m pip install --upgrade ИмяПакета

Для удаления пакета используйте команду uninstall:

python -m pip uninstall ИмяПакета

Флаг -m используется для того чтобы запустить установленный модуль, как скрипт (если написать pip без -m вы можете получить ошибку).

Вывести список всех установленных пакетов в файл можно с помощью :

pip freeze > requirements.txt // название файла может быть любым

При наличии такого файла, можно устанавливать пакеты группами:

pip install -r requirements.txt// версии пакетов в файле указывать не обязательно

Необходимые пакеты можно найти не заходя на сайт pyPi.org (в данный момент недоступно):

pip search строка для поиска

Чтобы узнать подробности об установленном пакете введите:

pip show ИмяПакета

Проверить установлены ли все зависимости для ваших пакетов можно так:

pip check

Теперь, с этими знаниями, вы можете самостоятельно скачать пакет cowsay, зайти в python, и ввести этот текст:

>>> import cowsay
>>> cowsay.cow('Я умею работать с pip! Му!')

Готово! У вас есть говорящая консольная корова:

Хинт для программистов: если зарегистрируетесь на соревнования Huawei Cup, то бесплатно получите доступ к онлайн-школе для участников. Можно прокачаться по разным навыкам и выиграть призы в самом соревновании.

Перейти к регистрации

Python. Урок 16. Установка пакетов в Python

В процессе разработки программного обеспечения на Python часто возникает необходимость воспользоваться пакетом, который в данный момент отсутствует на вашем компьютере. О том, откуда взять нужный вам пакет и как его установить, вы узнаете из этого урока.

Где взять отсутствующий пакет?

Необходимость в установке дополнительного пакета возникнет очень быстро, если вы решите поработать над задачей, за рамками базового функционала, который предоставляет Python. Например: работа с web, обработка изображений, криптография и т.п. В этом случае, необходимо узнать, какой пакет содержит функционал, который вам необходим, найти его, скачать, разместить в нужном каталоге и начать использовать. Все эти действия можно сделать вручную, но этот процесс поддается автоматизации. К тому же скачивать пакеты с неизвестных сайтов может быть довольно опасно.

К счастью для нас, в рамках Python, все эти задачи решены. Существует так называемый Python Package Index (PyPI) – это репозиторий, открытый для всех Python разработчиков, в нем вы можете найти пакеты для решения практически любых задач. Там также есть возможность выкладывать свои пакеты. Для скачивания и установки используется специальная утилита, которая называется pip.

Менеджер пакетов в Python – pip

Pip – это консольная утилита (без графического интерфейса). После того, как вы ее скачаете и установите, она пропишется в PATH и будет доступна для использования.

Эту утилиту можно запускать как самостоятельно:

> pip <аргументы>

так и через интерпретатор Python:

> python -m pip <аргументы>

Ключ -m означает, что мы хотим запустить модуль (в данном случае pip). Более подробно о том, как использовать pip, вы сможете прочитать ниже.

Установка pip

При развертывании современной версии Python (начиная с Python 2.7.9 и Python 3.4),
pip устанавливается автоматически. Но если, по какой-то причине, pip не установлен на вашем ПК, то сделать это можно вручную. Существует несколько способов.

Универсальный способ

Будем считать, что Python у вас уже установлен, теперь необходимо установить pip. Для того, чтобы это сделать, скачайте скрипт get-pip.py

> curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py

и выполните его.

> python get-pip.py

При этом, вместе с pip будут установлены setuptools и wheels. Setuptools  – это набор инструментов для построения пакетов Python. Wheels – это формат дистрибутива для пакета Python. Обсуждение этих составляющих выходит за рамки урока, поэтому мы не будем на них останавливаться.

Способ для Linux

Если вы используете Linux, то для установки pip можно воспользоваться имеющимся в вашем дистрибутиве пакетным менеджером. Ниже будут перечислены команды для ряда Linux систем, запускающие установку pip (будем рассматривать только Python 3, т.к. Python 2 уже морально устарел, а его поддержка и развитие будут прекращены после 2020 года).

Fedora

Fedora 21:

> sudo yum install python3 python3-wheel

Fedora 22:

> sudo dnf install python3 python3-wheel

openSUSE

> sudo zypper install python3-pip python3-setuptools python3-wheel

Debian/Ubuntu

> sudo apt install python3-venv python3-pip

Arch Linux

> sudo pacman -S python-pip

Обновление pip

Если вы работаете с Linux, то для обновления pip запустите следующую команду.

> pip install -U pip

Для Windows команда будет следующей:

> python -m pip install -U pip

Использование pip

Далее рассмотрим основные варианты использования pip: установка пакетов, удаление и обновление пакетов.

Установка пакета

Pip позволяет установить самую последнюю версию пакета, конкретную версию или воспользоваться логическим выражением, через которое можно определить, что вам, например, нужна версия не ниже указанной. Также есть поддержка установки пакетов из репозитория. Рассмотрим, как использовать эти варианты.

Установка последней версии пакета

> pip install ProjectName

Установка определенной версии

> pip install ProjectName==3.2

Установка пакета с версией не ниже 3.1

> pip install ProjectName>=3.1

Установка Python пакета из git репозитория

> pip install -e git+https://gitrepo.com/ProjectName.git

Установка из альтернативного индекса

> pip install --index-url http://pypackage.com/ ProjectName

Установка пакета из локальной директории

> pip install ./dist/ProjectName.tar.gz

Удаление пакета

Для того, чтобы удалить пакет воспользуйтесь командой

> pip uninstall ProjectName

Обновление пакетов

Для обновления пакета используйте ключ –upgrade.

> pip install --upgrade ProjectName

Просмотр установленных пакетов

Для вывода списка всех установленных пакетов применяется команда pip list.

> pip list

Если вы хотите получить более подробную информацию о конкретном пакете, то используйте аргумент show.

> pip show ProjectName

Поиск пакета в репозитории

Если вы не знаете точное название пакета, или хотите посмотреть на пакеты, содержащие конкретное слово, то вы можете это сделать, используя аргумент search.

> pip search "test"

Где ещё можно прочитать про работу с pip?

В сети довольно много информации по работе с данной утилитой.

Python Packaging User Guide – набор различных руководств по работе с пакетами в Python

Документация по pip.

Статья на Geekbrains.

P.S.

Если вам интересна тема анализа данных, то мы рекомендуем ознакомиться с библиотекой Pandas. На нашем сайте вы можете найти вводные уроки по этой теме. Все уроки по библиотеке Pandas собраны в книге “Pandas. Работа с данными”.

<<< Python. Урок 15. Итераторы и генераторы    Python. Урок 17. Виртуальные окружения>>>

Установка модулей Python — документация Python 3.10.0

Электронная почта

[email protected]

Как популярный проект разработки с открытым исходным кодом, Python имеет активную
поддержка сообщества участников и пользователей, которые также создают свое программное обеспечение
доступны для использования другими разработчиками Python в соответствии с условиями лицензии с открытым исходным кодом.

Это позволяет пользователям Python эффективно обмениваться информацией и сотрудничать, извлекая выгоду
от решений, уже созданных другими, до общих (а иногда и
даже редкие!) проблемы, а также потенциально вносят свой вклад
решения для общего бассейна.

В этом руководстве рассматривается часть процесса установки. Для руководства по
создание и совместное использование ваших собственных проектов Python, см.
руководство по распространению.

Примечание

Для корпоративных и других институциональных пользователей имейте в виду, что многие
организации имеют свои собственные политики в отношении использования и внесения вклада в
программное обеспечение с открытым исходным кодом. Пожалуйста, примите во внимание такую ​​политику при создании
использование средств распространения и установки, поставляемых с Python.

Ключевые термины

• pip — предпочтительная программа установки.Начиная с Python 3.4, он
  по умолчанию включен в бинарные установщики Python.

• Виртуальная среда — это полуизолированная среда Python, которая позволяет
  пакеты, которые должны быть установлены для использования конкретным приложением, а не
  устанавливается в масштабе всей системы.

• venv — стандартный инструмент для создания виртуальных сред, имеющий
  был частью Python, начиная с Python 3.3. Начиная с Python 3.4, он
  по умолчанию устанавливается pip во все созданные виртуальные среды.

• virtualenv — сторонняя альтернатива (и предшественник) для
  Венв . Это позволяет использовать виртуальные среды в версиях
  Python до 3.4, который либо вообще не поддерживает venv , либо
  не могут автоматически устанавливать pip в созданные среды.

• Индекс пакетов Python является общедоступным
  репозиторий лицензионных пакетов с открытым исходным кодом, доступных для использования
  другие пользователи Python.

• Python Packaging Authority — это группа
  разработчиков и авторов документации, ответственных за обслуживание и
  эволюция стандартных инструментов упаковки и связанных с ними метаданных и
  стандарты форматов файлов.Они поддерживают множество инструментов, документации,
  и средства отслеживания проблем на GitHub и
  Bitbucket.

• distutils — это исходная система сборки и распространения, впервые добавленная в
  стандартная библиотека Python в 1998 году. В то время как прямое использование distutils является
  будучи выведен из эксплуатации, он по-прежнему закладывает основу для нынешней упаковки
  и распределительной инфраструктуры, и это не только остается частью
  стандартная библиотека, но ее имя живет другими способами (например, имя
  списка рассылки, используемого для согласования стандартов упаковки Python
  разработка).

Изменено в версии 3.5: теперь рекомендуется использовать venv для создания виртуальных сред.

Основное использование

Стандартные инструменты упаковки предназначены для использования из команды
линия.

Следующая команда установит последнюю версию модуля и его
зависимости из индекса пакета Python:

 python -m pip install SomePackage
 

Примечание

Для пользователей POSIX (включая пользователей MacOS и Linux) примеры в
в этом руководстве предполагается использование виртуальной среды.

Для пользователей Windows в примерах в этом руководстве предполагается, что
отрегулировать системную переменную окружения PATH была выбрана при установке
Python.

Также можно указать точную или минимальную версию прямо на
командная строка. При использовании операторов компаратора, таких как > , < или некоторых других
специальный символ, который интерпретируется оболочкой, имя пакета и
версия должна быть заключена в двойные кавычки:

 python -m pip install SomePackage == 1.0.4 # конкретная версия
python -m pip install "SomePackage> = 1.0.4" # минимальная версия
 

Обычно, если подходящий модуль уже установлен, при попытке установить
это снова не будет иметь никакого эффекта. Необходимо запросить обновление существующих модулей
явно:

 python -m pip install --upgrade SomePackage
 

Более подробную информацию и ресурсы относительно pip и его возможностей можно найти
можно найти в Руководстве пользователя Python Packaging.

Создание виртуальных сред осуществляется с помощью модуля venv .Для установки пакетов в активную виртуальную среду используются показанные команды
выше.

Как мне…?

Это быстрые ответы или ссылки для некоторых распространенных задач.

… установить

pip в версиях Python до Python 3.4?

Python только начал связывать pip с Python 3.4. Для более ранних версий
pip необходимо «загрузить», как описано в пакете Python.
Гид пользователя.

… установить пакеты только для текущего пользователя?

Передача опции --user в python -m pip install установит
пакет только для текущего пользователя, а не для всех пользователей системы.

… установить научные пакеты Python?

Ряд научных пакетов Python имеют сложные бинарные зависимости и
в настоящее время непросто установить, используя pip напрямую. На данный момент в
время, пользователям часто будет проще установить эти пакеты,
другие средства
вместо того, чтобы пытаться установить их с помощью pip .

… работать с несколькими версиями Python, установленными параллельно?

В Linux, macOS и других системах POSIX используйте команды Python с поддержкой версий.
в сочетании с переключателем -m для запуска соответствующей копии
пункт :

 python2 -m pip install SomePackage # default Python 2
python2.7 -m pip install SomePackage # в частности Python 2.7
python3 -m pip install SomePackage # default Python 3
python3.4 -m pip install SomePackage # в частности Python 3.4
 

Также могут быть доступны команды pip с соответствующей версией.

В Windows используйте программу запуска Python py в сочетании с -m
переключатель:

 py -2 -m pip install SomePackage # default Python 2
py -2.7 -m pip install SomePackage # в частности Python 2.7
py -3 -m pip install SomePackage # default Python 3
py -3.4 -m pip install SomePackage # в частности Python 3.4
 

Общие проблемы при установке

Установка в систему Python на Linux

В системах Linux установка Python обычно включается как часть
распределения. Для установки в эту установку Python требуется
root-доступ к системе и может помешать работе
системный менеджер пакетов и другие компоненты системы, если компонент
неожиданно обновляется с использованием pip .

В таких системах часто лучше использовать виртуальную среду или
установка для каждого пользователя при установке пакетов с pip .

Пункт не установлен

Возможно, что pip не устанавливается по умолчанию. Одно из возможных исправлений:

 python -m securepip --default-pip
 

Есть также дополнительные ресурсы для установки pip.

Установка двоичных расширений

Python обычно сильно полагался на дистрибутив на основе исходного кода,
ожидается, что пользователи будут компилировать модули расширения из исходного кода как часть
процесс установки.

С введением поддержки двоичного формата wheel и
возможность публиковать колеса как минимум для Windows и macOS через
Индекс пакета Python, ожидается, что со временем эта проблема уменьшится,
поскольку пользователи могут чаще устанавливать готовые расширения, а не
чем необходимость строить их сами.

Некоторые решения для установки научного ПО
которые еще не доступны в виде готовых файлов wheel , также могут помочь с
получение других двоичных расширений без необходимости создавать их локально.

Установка пакетов - Руководство пользователя Python Packaging

В этом разделе описаны основы установки пакетов Python.

Важно отметить, что термин «пакет» в этом контексте используется для
описать комплект устанавливаемого программного обеспечения (т. е. как синоним для
распределение). Это не относится к виду
пакета, который вы импортируете в исходный код Python
(т.е. контейнер модулей). В сообществе Python принято ссылаться на
дистрибутив, использующий термин «пакет».С использованием
термин «распространение» часто не является предпочтительным, потому что его легко можно
путают с дистрибутивом Linux или другим более крупным дистрибутивом программного обеспечения
как и сам Python.

В этом разделе описаны шаги, которые необходимо выполнить перед установкой другого Python.
пакеты.

Убедитесь, что вы можете запустить Python из командной строки

Прежде чем продолжить, убедитесь, что у вас установлен Python и ожидаемый
версия доступна из вашей командной строки. Вы можете проверить это, запустив:

Вы должны получить что-то вроде Python 3.6.3 . Если у вас нет Python,
пожалуйста, установите последнюю версию 3.x с python.org или обратитесь к
Раздел "Установка Python" в "Автостопом по Python".

Примечание

Если вы новичок и получаете такую ​​ошибку:

 >>> python --version
Отслеживание (последний вызов последний):
  Файл "", строка 1, в 
NameError: имя 'python' не определено
 

Это потому, что эта команда и другие команды, предлагаемые в этом руководстве
предназначены для работы в оболочке (также называемой терминалом или
консоль ).См. Руководство по началу работы с Python для начинающих.
введение в использование оболочки вашей операционной системы и взаимодействие с
Python.

Примечание

Если вы используете расширенную оболочку, такую ​​как IPython или Jupyter
записной книжке, вы можете запускать системные команды, подобные тем, что описаны в этом руководстве,
предварительно их с ! символ:

 В [1]: import sys
        ! {sys.executable} --version
Python 3.6.3
 

Рекомендуется писать {sys.исполняемый файл} , а не простой python в
чтобы гарантировать, что команды запускаются в соответствии с установкой Python
запущенная в данный момент записная книжка (которая может быть не тем же Python
установка, на которую ссылается команда python ).

Примечание

Из-за того, что большинство дистрибутивов Linux обрабатывают Python 3
миграции, пользователи Linux используют систему Python без создания виртуального
среда сначала должна заменить команду python в этом руководстве
с python3 и командой python -m pip с python3 -m pip --user .Не , а не
запустите любую из команд в этом руководстве с sudo : если вы получите
ошибка разрешений, вернитесь в раздел о создании виртуальных сред,
настройте его, а затем продолжите обучение, как написано.

Убедитесь, что вы можете запустить pip из командной строки

Кроме того, вам необходимо убедиться, что у вас есть пункт. Вы можете
проверьте это, запустив:

Если вы установили Python из исходного кода с помощью установщика с python.org или
через Homebrew у вас уже должен быть pip.Если вы работаете в Linux и установили
используя диспетчер пакетов вашей ОС, вам, возможно, придется установить pip отдельно, см.
Установка pip / setuptools / wheel с помощью диспетчеров пакетов Linux.

Если pip еще не установлен, сначала попробуйте загрузить его из
стандартная библиотека:

Если это все еще не позволяет запустить python -m pip :

• Безопасная загрузка get-pip.py

• Запустить python get-pip.py .Это установит или обновит pip.
  Кроме того, он установит инструменты настройки и колесо, если они
  еще не установлен.

  Предупреждение

  Будьте осторожны, если вы используете установку Python, управляемую вашим
  операционная система или другой менеджер пакетов. get-pip.py не
  координировать действия с этими инструментами и может оставить вашу систему в
  противоречивое состояние. Вы можете использовать python get-pip.py --prefix = / usr / local /
  для установки в / usr / local , который предназначен для локальной установки
  программное обеспечение.

Убедитесь, что pip, setuptools и wheel обновлены

Хотя pip достаточно для установки из предварительно созданных двоичных архивов,
актуальные копии проектов setuptools и wheel
чтобы убедиться, что вы также можете установить из исходных архивов:

При желании создать виртуальную среду

Подробнее см. В разделе ниже,
но вот основная команда venv для использования в типичной системе Linux:

Это создаст новую виртуальную среду в подкаталоге tutorial_env ,
и настройте текущую оболочку, чтобы использовать ее в качестве среды по умолчанию python .

Python «Виртуальные среды» позволяют устанавливать пакеты Python в изолированном месте для конкретного приложения,
вместо того, чтобы устанавливаться глобально. Если вы хотите безопасно установить
глобальные инструменты командной строки,
см. Установка автономных инструментов командной строки.

Представьте, что у вас есть приложение, которому требуется версия 1 LibFoo, но другая
для приложения требуется версия 2. Как можно использовать оба этих приложения? если ты
установите все в /usr/lib/python3.6/site-packages (или в любой другой
стандартное расположение платформы), легко оказаться в ситуации, когда вы
непреднамеренно обновить приложение, которое не следует обновлять.

Или, в более общем плане, что, если вы хотите установить приложение и оставить его в покое?
Если приложение работает, любые изменения в его библиотеках или версиях
библиотеки могут сломать приложение.

А что делать, если вы не можете установить пакеты в
глобальный каталог сайтов-пакетов? Например, на общем хосте.

Во всех этих случаях виртуальные среды могут вам помочь. У них есть свои
каталоги установки, и они не разделяют библиотеки с другими виртуальными
среды.

В настоящее время существует два распространенных инструмента для создания виртуальных сред Python:

• venv доступен по умолчанию в Python 3.3 и новее и устанавливает
  pip и setuptools в созданные виртуальные среды в
  Python 3.4 и новее.

• virtualenv необходимо установить отдельно, но поддерживает Python 2.7+
  и Python 3.3+, а также pip, setuptools и wheel
  всегда устанавливается в создаваемые виртуальные среды по умолчанию (независимо от
  Версия Python).

Базовое использование выглядит так:

Использование venv:

Использование virtualenv:

Для получения дополнительной информации см. Документацию venv или
документы virtualenv.

Использование исходного кода под оболочками Unix обеспечивает
что переменные виртуальной среды установлены в текущем
оболочки, а не в подпроцессе (который затем исчезает, не имея
полезный эффект).

В обоих вышеупомянутых случаях пользователям Windows не следует _не_ использовать
source , но лучше запустить команду , активировать
скрипт прямо из командной оболочки, например:

Непосредственное управление несколькими виртуальными средами может оказаться утомительным, поэтому
руководство по управлению зависимостями представляет
инструмент более высокого уровня, Pipenv, который автоматически управляет отдельным
виртуальная среда для каждого проекта и приложения, над которым вы работаете.

Рекомендуемый установщик -

pip. Ниже мы рассмотрим наиболее распространенные
сценарии использования. Для получения более подробной информации см. Pip docs,
который включает полное справочное руководство.

Чаще всего pip используется для установки из пакета Python.
Индексируйте с помощью спецификатора требования. Вообще говоря, спецификатор требования - это
состоит из имени проекта, за которым следует необязательный спецификатор версии. PEP 440 содержит полный
спецификация
из поддерживаемых в настоящее время спецификаторов.Ниже приведены некоторые примеры.

Для установки последней версии «SomeProject»:

Для установки определенной версии:

Для установки версии более или равной одной версии и менее другой:

Чтобы установить версию, которая «совместима»
с определенной версией:

В данном случае это означает установку любой версии «== 1.4. *», Которая также
«> = 1.4.2».

pip может быть установлен либо из исходных дистрибутивов (sdist), либо из Wheels, но если оба присутствуют
на PyPI pip предпочтет совместимое колесо.Вы можете переопределить
поведение pip по умолчанию, например, используя его –no-двоичную опцию.

Wheels - это предварительно созданный формат дистрибутива, который обеспечивает более быструю установку по сравнению с Source.
Распределения (sdist), особенно когда
проект содержит скомпилированные расширения.

Если pip не находит колесо для установки, он строит колесо на месте
и кэшировать его для будущих установок, вместо того, чтобы перестраивать исходный дистрибутив
в будущем.

Обновите уже установленный SomeProject до последней версии с PyPI.

Для установки пакетов, изолированных от
текущий пользователь, используйте флаг --user :

Дополнительные сведения см. В разделе «Установки пользователя».
из pip docs.

Обратите внимание, что флаг --user не действует в виртуальной среде.
- все команды установки будут влиять на виртуальную среду.

Если SomeProject определяет какие-либо сценарии командной строки или точки входа в консоль,
- пользователь заставит их установить внутри двоичного файла базы пользователей.
каталог, который может уже присутствовать или отсутствовать в вашей оболочке
ПУТЬ .(Начиная с версии 10, pip отображает предупреждение, когда
установка любых сценариев в каталог за пределами PATH .) Если сценарии
недоступны в вашей оболочке после установки, вам нужно будет добавить
каталог к ​​вашему PATH :

• В Linux и macOS вы можете найти базовый двоичный каталог пользователя, запустив
  python -m site --user-base и добавив в конец bin . Например,
  это обычно будет печатать ~ / .local (с расширением ~ до абсолютного
  путь к вашему домашнему каталогу), поэтому вам нужно добавить ~ /.local / bin на ваш
  ПУТЬ . Вы можете установить свой PATH навсегда, изменив ~ / .profile.

• В Windows вы можете найти базовый двоичный каталог пользователя, запустив py -m
site --user-site и заменив site-packages на Scripts . Для
  Например, это может вернуть
  C: \ Users \ Username \ AppData \ Roaming \ Python36 \ site-packages , чтобы вы
  необходимо установить PATH для включения
  C: \ Users \ Имя пользователя \ AppData \ Roaming \ Python36 \ Scripts .Вы можете установить своего пользователя
  ПУТЬ постоянно в Панели управления. Возможно, вам придется выйти из системы, чтобы
  ПУТЬ изменения вступят в силу.

Установите список требований, указанных в файле требований.

Установите проект из VCS в «редактируемом» режиме. Для полной разбивки
синтаксис, см. раздел pip о поддержке VCS.

Установить из альтернативного индекса

Поиск по дополнительному индексу во время установки в дополнение к PyPI

Установка с локального src в
Режим разработки,
я.е. таким образом, что кажется, что проект установлен, но
все еще редактируемый из дерева src.

Так же можно нормально установить с src

Установите определенный исходный архивный файл.

Установить из локального каталога, содержащего архивы (и не проверять PyPI)

Для установки из других источников данных (например, из хранилища Amazon S3) вы можете
создать вспомогательное приложение, которое представляет данные в соответствии с PEP 503
index и используйте флаг --extra-index-url , чтобы указать pip для использования
этот индекс.

 ./s3helper --port = 7777
python -m pip install --extra-index-url http: // localhost: 7777 SomeProject
 

Найдите предварительные версии и версии для разработки в дополнение к стабильным версиям. К
по умолчанию pip находит только стабильные версии.

Как вывести список установленных пакетов Python

Диспетчеры пакетов Pip, Pipenv, Anaconda Navigator и Conda могут использоваться для вывода списка установленных пакетов Python.

Вы также можете использовать интерфейс командной строки (CLI) платформы ActiveState, инструмент состояния, чтобы вывести список всех установленных пакетов с помощью простой команды «пакеты состояния».Чтобы получить полный список всех пакетов и зависимостей (включая зависимости уровня ОС и транзитивные зависимости, а также общие библиотеки), вы можете использовать веб-интерфейс, который обеспечивает полное представление списка материалов. Попробуйте, зарегистрировав бесплатную учетную запись ActiveState Platform.

Перед тем, как получить список установленных пакетов, рекомендуется убедиться, что установлены последние версии Python, Pip, Anaconda Navigator и Conda.

Список установленных пакетов с помощью Pip

Как pip list, так и pip freeze сгенерируют список установленных пакетов, но результаты будут иметь другой формат.Имейте в виду, что в списке пакетов будут перечислены ВСЕ установленные пакеты (независимо от того, как они были установлены). в то время как pip freeze будет отображать только все, что установлено Pip.

Например:

 список пунктов 

Выход:

 Версия пакета
---------------------------------- ----------
абсл-ру 0.7.0 

 точка замораживания 

Выход:

 абсл-ру == 0.7.0 

Список пакетов в консоли с помощью Pip

Чтобы вывести список всех установленных пакетов из консоли Python с помощью pip, вы можете использовать следующий скрипт:

 >>> импорт pkg_resources
установлен_пакет = pkg_resources.рабочий_набор
список_установленных_пакетов = отсортировано (["% s ==% s"% (i.key, i.version)
   для i в installed_packages])
печать (список_установленных_пакетов) 

Выход:

 ['absl-py == 0.7.0', 'adodbapi == 2.6.0.7', 'alabaster == 0.7.12', 'alembic == 1.0.7', 'amqp == 2.4.1', ' anyjson == 0.3.3 ', 

Список модулей в консоли без Pip

Чтобы вывести список всех установленных модулей из консоли python без pip, вы можете использовать следующую команду:

 >>> help ("модули") 

Обратите внимание, что у этого подхода есть некоторые недостатки, в том числе:

• Если установлено много пакетов, этот метод может занять много времени, чтобы импортировать каждый модуль, прежде чем он сможет найти в пути этого модуля подмодули.
• Модули, которые имеют код вне блока кода if __name__ == «__main__»: и, если ожидается ввод пользователя, могут вызвать бесконечный цикл или зависание кода.

Список установленных пакетов с помощью Pipenv

Команду pipenv lock -r можно использовать для генерации вывода из файла pipfile.lock в среде pipenv. Все пакеты, включая зависимости, будут перечислены в выводе. Например:

 замок pipenv -r 

Выход:

 -i https: // pypi.org / simple
certifi == 2019.11.28
chardet == 3.0.4
idna == 2.9
запросы == 2.23.0
urllib3 == 1.25.8 

Список установленных пакетов с помощью Anaconda Navigator

Чтобы вывести список установленных пакетов в среде Anaconda с помощью Anaconda Navigator, выполните следующие действия:

• Запустите приложение Anaconda Navigator.
• Выберите Среды в левом столбце.
• В раскрывающемся списке в центре верхней части графического интерфейса должны быть перечислены установленные пакеты. В противном случае выберите «Установлено» в раскрывающемся меню, чтобы отобразить все пакеты.

Список установленных пакетов с помощью Conda

Команда conda list может использоваться для вывода списка всех пакетов в среде conda:

 список кондо 

Выход:

 # пакеты в среде в C: \ Anaconda2_4.3.1:
#
_license 1.1 py27_1
алебастр 0.7.9 py27_0 

Глобально и локально установленные пакеты

Информацию о создании списка установленных пакетов глобально и локально см .:

Как составить список глобально установленных пакетов по сравнению с локально установленными пакетами в Python

Список установленных пакетов с платформой ActiveState

Чтобы просмотреть список установленных пакетов Python в текущем активном проекте с помощью платформы ActiveState, выполните следующую команду в командной строке:

 гос. Выставочные пакеты 

На выходе будет полный список установленных пакетов в вашем текущем проекте:

 matplotlib
тупой
панды
scikit-learn
scipy 

Вы также можете получить полную ведомость программного обеспечения со всеми пакетами, зависимостями, переходными зависимостями (т. Е., зависимости зависимостей), зависимости на уровне ОС и разделяемые библиотеки (например, OpenSSL) с использованием графического веб-интерфейса платформы ActiveState:

Как найти список установленных модулей и версию Python с помощью pip?

Вы хотите знать все версии Python, установленные в вашей системе?

Я также записал видео с живым демо. Вы можете посмотреть или продолжить чтение.

Основная сила Python в том, что доступен широкий спектр внешних библиотек.Продолжая кодировать на Python, мы устанавливаем множество пакетов. Получить список установленных модулей Python в системе легко. Есть несколько способов сделать это.

Ниже приведены два эффективных способа получить этот список…

1. Использование функции help () (без точки):

Самый простой способ - открыть консоль Python и ввести следующую команду…

 справка («модули») 

Это даст вам список установленных модулей в системе.Этот список содержит модули и пакеты, которые предустановлены вместе с вашим Python, а также все остальные, которые вы установили явным образом.

Вот пример выполнения функции справки в моей системе (Python версии 2).

ОГРОМНЫЙ список: O

Вам не нужно устанавливать какие-либо внешние модули, чтобы получить этот список с помощью функции help (). Но эта команда не дает вам никакой другой информации о пакете .

Если вы хотите узнать версию каждого установленного модуля, вы можете использовать программу pip.

2. Использование pip для поиска установленных модулей Python и их версий:

Чтобы найти список пакетов Python, установленных в системе, вы можете использовать программу pip.

Для тех, кто не знает о pip, это лучшая программа, которая используется для установки и управления другими пакетами Python в вашей системе. Для большего понимания вы можете ознакомиться с полным руководством по управлению модулями Python с помощью pip.

Если у вас установлена ​​последняя версия Python, pip поставляется с предварительно установленным Python.

Выполните следующие команды в командной строке (не на консоли Python). Вы получите полный список установленных модулей Python с их версиями.

 точка замораживания 

или

 список пунктов 

Вот пример перечисления пакета Python, который вы установили в своей системе с помощью инструмента pip.

В отличие от функции справки, она не выводит список предварительно установленных пакетов Python.

Вы можете увидеть все пакеты Python с указанием их версии.

Примечание: Перед запуском этой команды убедитесь, что в вашей системе установлен пакет. Для Python версий 2.7+ и 3.4+ он поставляется с предварительно установленным Python.

Формат списка вывода обеих команд полностью различается. Предположим, вы используете эту команду в сценариях оболочки. Вы можете выбрать любую из команд, которая вам будет проще проанализировать список выходных пакетов и получить информацию.

Если у вас уже есть код синтаксического анализа для любого вывода двух команд, вы можете использовать эту команду.

Связанное чтение: Почему вы должны изучать сценарии оболочки? (Python против сценариев оболочки)

Чтобы получить более подробную информацию о каком-либо конкретном модуле , запустите команду.

 pip показать getopt 

Возвращает имя модуля / пакета, версию, автора, адрес электронной почты автора, лицензию, местонахождение установленного модуля и требования.

Вы можете получить электронную почту автора. Вы можете обратиться к автору по любому конкретному запросу, связанному с пакетом Python.

Если вы используете код Python в коммерческих целях, важно знать лицензию на пакет.

Как проверить, установлен ли модуль Python?

Вы можете использовать команды pip с командой grep для поиска любого конкретного модуля, установленного в вашей системе.

 список пунктов | grep getopt 

Например, вы также можете перечислить все установленные модули с суффиксом «re» в имени модуля.

 список пунктов | grep re 

Как подсчитать количество модулей Python, установленных в вашей системе?

Вы можете использовать команду wc (количество слов).

 список пунктов | туалет -l 

Примечание. Команды grep и wc работают только с системами на базе Linux.

Какая польза от этих команд?

• Эти команды можно использовать для вывода списка всех установленных модулей в вашей системе. Позже вы можете использовать этот список для настройки новой идентичной среды.
• Если вы столкнулись с какой-либо проблемой в установленном пакете Python, выполнение этих команд упростит отладку.
• Зная версию модуля Python, вы можете обновить модуль, если доступна новая версия модуля.

Что дальше?

Отметьте эти 39 самых полезных модулей Python, на которые приходится 95% задач Python.

В следующей статье я расскажу, как можно написать программу Python, чтобы получить список пакетов Python и сохранить их в списке.

Если вы найдете эти команды полезными для списка установленных модулей Python, поделитесь с друзьями. Не стесняйтесь писать комментарий, если у вас есть какие-либо вопросы относительно работы с пакетами Python.

Счастливого питонинга!

Установка собственных модулей Python в кластере [УСТАРЕЛО] - Потсдамский институт исследований воздействия на климат

 ***************** 
 ** УСТАРЕВШИЙ ** 
 ***************** 
 Эти инструкции вышли из употребления. дата, но сохранена для справки.
 Используйте «module load anaconda / 2.3.0», чтобы получить поддерживаемый дистрибутив Python 
, и следуйте инструкциям здесь, чтобы создать среды и установить пакеты. 
 

Есть несколько вариантов установки ваших собственных локальных модулей Python. Первый использует стандартную кластерную установку Python (2.6) и расширяет ее с помощью переменной среды $ PYTHONPATH, второй использует инструменты virtualenv и pip с Python 2.7 (/ iplex / 01 / sys / applications / bin / python2.7) для создания персонализированной локальной среды Python, которую также могут воссоздать другие пользователи из списка необходимых пакетов. Третий способ - использовать pip для установки локальных модулей без virtualenv .

Вариант 1. Локальные модули с использованием стандартной установки

Общая процедура состоит в том, чтобы переопределить расположение установки модуля по умолчанию (обычно / usr) и настроить переменную $ PYTHONPATH, чтобы включить новый путь, а также стандартный путь.

(Это относится к пакетам Python, которые устанавливаются с помощью « python setup.py install ». Пакеты на основе C, которые используют « ./configure », могут быть подготовлены аналогичным образом)

a) (Этот шаг необходим только если установщик жалуется на то, что место установки не поддерживает файлы .PTH)

Добавьте в свой PYTHONPATH:

 экспорт PYTHONPATH = $ PYTHONPATH: / home / <ваше имя пользователя здесь> /lib64/python2.6/site-packages/ 

б) Загрузите исходный код, e.грамм.

 curl -O http://pypi.python.org/packages/source/P/PrettyTable/prettytable-0.6.1.tar.gz 

и распаковать.

c) Установить с новым префиксом, например:

 python setup.py install --prefix = / home / <ваше имя пользователя> 

d) Если это еще не сделано, выполните шаг a). Это нужно будет устанавливать каждый раз, когда вы хотите использовать этот модуль, поэтому имеет смысл добавить эту строку в ваш .profile

e) протестируйте установку:

 python -c "импорт красивой таблицы" 

Это должно завершиться без сообщения об ошибке.

Вариант 2. virtualenv и pip

Вы создадите локальную виртуальную среду Python отдельно от основных установок Python. Вы можете добавлять и удалять модули по своему усмотрению, изменения будут внесены только в вашу копию.

a) Создайте новый виртуальный сервер с именем « dev » или как бы вы его назвали:

 virtualenv dev 

Это создаст подкаталог с именем dev

 linstead @ login01: ~ $ virtualenv dev
Новый исполняемый файл python в dev / bin / python2.7
Также создание исполняемого файла в dev / bin / python
Установка setuptools ............ готово.
Установка пипса ............... готово.
linstead @ login01: ~ 

долларов

Чтобы использовать эту среду, необходимо ее активировать:

 исходный код dev / bin / активировать 

например

 linstead @ login01: ~ $ source dev / bin / активировать
(разработчик) linstead @ login01: ~ 

долл. США

Обратите внимание на новое приглашение и новый Python по умолчанию:

 (dev) linstead @ login01: ~ $ какой питон
/ дома / Линстед / дев / бен / питон
(разработчик) linstead @ login01: ~ 

долл. США

б) установить пакеты с ' pip ':

 (dev) linstead @ login01: график установки ~ $ pip
График загрузки / распаковки
Скачиваем graph-0.4.tar.gz
Запуск setup.py egg_info для диаграммы пакетов
Установка собранных пакетов: график
Запуск установки setup.py для графика
График успешно установлен
Убираться...
(разработчик) linstead @ login01: ~ $
(dev) linstead @ login01: ~ $ python -c "график импорта"
(разработчик) linstead @ login01: ~ 

долл. США

c) Необязательно. Вы можете поделиться своей средой, создав файл requirements.txt . Другие пользователи могут воссоздать вашу среду с помощью pip и этого файла:

 pip freeze> требования.txt 

 pip install -r requirements.txt 

Вариант 3: pip без virtualenv

Эта опция использует pip с аргументом --user, таким образом:

 pip install --user cherrypy 

Если вы получите такую ​​ошибку:

Ошибка

: невозможно объединить пользователя с префиксом / exec_prefix / home или install_ (plat) base 

, вы должны создать файл .pydistutils.cfg в вашем домашнем каталоге со следующим содержимым:

 [установить] префикс = 

Это отменяет общесистемную настройку «префикса» для установки модулей Python.Вам может потребоваться добавить ~ / .local / lib / python2.6 / site-packages / в ваш $ PYTHONPATH для доступа к новым модулям.

Ошибки:

Если вы видите такую ​​ошибку:

 Полный вывод команды /home/linstead/parallelpython/bin/python2.7 -c "#! Python
\ "\" \ "Bootstra ... sys.argv [1:])

"/iplex/01/sys/applic...ols-0.6c11-py2.7.egg:
ошибка: не удается создать или удалить файлы в каталоге установки

Следующая ошибка произошла при попытке добавить или удалить файлы в
каталог установки:

[Errno 2] Нет такого файла или каталога: '/ lib / python2.7 / сайты-пакеты / test-easy-install-24460.pth '
 

попробуйте изменить или удалить файл $ HOME / .pydistutils.cfg

Установка пакетов: TechWeb: Boston University

RCS Централизованно управляемые пакеты Python

Существует множество пакетов, расширяющих стандартные функции Python. RCS поддерживает установки Python для разных версий и общие пакеты для каждой версии. Хотя мы стараемся удовлетворить все запросы на конкретные пакеты Python, мы не можем удовлетворить ваши потребности по разным причинам.В этом случае ниже мы приводим инструкции, которые помогут вам установить пакеты Python самостоятельно. Вы можете запросить установку в RCS, если у вас возникнут трудности с установкой пакетов или управлением ими самостоятельно.

В репозиторий PyPI (Python Package Index) загружено множество пакетов , содержащих вредоносные / вредоносные ссылки . Многие из них имеют имена, которые содержат небольшие ошибки в написании имен других пакетов. Намерение состоит в том, чтобы вызвать установку одного из этих пакетов, если имя пакета введено неправильно во время установки пользователем.

Всегда дважды проверяйте имя любого пакета перед установкой в ​​вашу среду или на локальный компьютер. Этот совет применим ко всему программному обеспечению и репозиториям, но с особым вниманием к текущему состоянию репозитория PyPI и пакетов cupy. Всегда проверяйте, что программное обеспечение, которое вы устанавливаете, поступает из надежного, надежного источника и что URL-адрес или имя пакета верны.

PIP и индекс пакетов Python (PyPI)

Индекс пакетов Python (PyPI) содержит тысячи полных пакетов Python и является официальным репозиторием для Python и python.орг. Утилита « pip » - рекомендуемый инструмент для поиска, загрузки и установки пакетов из PyPI. Изложенные ниже стратегии устанавливают персональные версии определенных библиотек. Если вы заинтересованы в настройке целых сред Python, мы предлагаем также взглянуть на виртуальные среды (virtualenv).

Установить в домашний каталог

Примечание: Из-за ограниченных квот и других характеристик системы рекомендуемое место установки библиотек Python - / projectnb .Продолжайте читать разделы «Установка в общую папку» и «virtualenv», особенно при установке нескольких библиотек.

Часто проще всего установить пакет в домашний каталог; он требует меньше настроек и работает «из коробки». Вы можете установить пакет Python в свой домашний каталог, используя « pip » с опцией « --user ». Эта опция установит библиотеку в ~ / .local ”, используя стандартную структуру каталогов Python.

  scc1 $ pip install --user packagename  

Структура каталогов Python разделяет пакеты по версиям Python, где X.Y - это основная и дополнительная версия. Это позволяет устанавливать библиотеки для разных версий Python рядом друг с другом. Python будет искать эти пути автоматически, и нет необходимости изменять переменную $ PYTHONPATH .

Место установки:

  ~ / .local / lib / pythonX.Y / site-packages / имя пакета  

Иногда пакеты Python содержат исполняемые файлы, сценарии или оболочки.В этом случае они будут помещены в ~ / .local / bin . Этот путь не ищется автоматически, и его следует добавить в $ PATH перед вызовом исполняемых компонентов пакетов из командной строки.

  scc1 $ export ПУТЬ = ~ / .local / bin: $ ПУТЬ  

Пример установки домашнего каталога

Пример

  # Загрузите модуль python для версии, которую вы хотите использовать.
scc1 $ module load python / 2.7,13

# Установить пакет
scc1 $ pip install --user htseq
Сбор htseq
Требование уже выполнено: numpy в /share/pkg/python/2.7.13 / ... (из htseq)
Требование уже выполнено: pysam> = 0.9.0 в /share/pkg/python/2.7.13 / ... (из htseq)
Установка собранных пакетов: htseq
Успешно установил htseq-0.7.2

# Установка библиотеки в ожидаемом месте
scc1 $ ls ~ / .local / lib / python2.7 / сайт-пакеты / HTSeq /
_HTSeq.so __init__.py _version.py _HTSeq_internal.py
_StepVector.so Скрипты StepVector.py

# Протестируйте его импорт
scc1 $ python
Python 2.7.13 (по умолчанию, 8 февраля 2017 г., 12:51:33)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)] в linux2
Для получения дополнительной информации введите «помощь», «авторские права», «кредиты» или «лицензия».
>>>
>>> импорт HTSeq
>>>
>>> выход ()

# В этом пакете есть двоичные файлы, они не работают автоматически
scc1 $ htseq-count -h
-bash: htseq-count: команда не найдена

# Добавьте двоичное местоположение в $ PATH, и оно будет найдено
scc1 $ export ПУТЬ = ~ /.local / bin: $ PATH
scc1 $ htseq-count -h
Использование: htseq-count [параметры] файл_выравнивания gff_file

Этот скрипт принимает файл выравнивания в формате SAM / BAM и файл функций в формате
GFF и вычисляет для каждой функции количество операций чтения, сопоставленных с ней.
Подробнее см. Http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/count.html.
...  

Установить в общую папку

Вы можете установить пакеты в указанном месте, используя « pip » с опцией « --prefix ».Это полезно для создания репозитория общих пакетов Python в пространстве проекта, таком как / projectnb / . Пространство / projectnb предпочтительнее домашнего каталога и пространства / project , где наличие большого количества файлов будет учитываться при более строгой квоте и где библиотека может совместно использоваться участниками проекта. Библиотека будет установлена ​​в указанное место с использованием стандартной структуры каталогов Python.

  scc1 $ pip install --no-cache-dir --prefix = / projectnb / projectname / pythonlibs packagename  

Параметр --no-cache-dir отключает кэширование PIP.Рекомендуем использовать, но это не обязательно.

Место установки:

  /projectnb/projectname/pythonlibs/lib/pythonX.Y/site-packages/packagename  

Местоположение установки этого пакета неизвестно Python и не может использоваться, если оно не добавлено в путь поиска библиотеки с именем $ PYTHONPATH . Мы можем экспортировать это как переменную среды.

  scc1 $ export PYTHONPATH = / projectnb / имя проекта / pythonlibs / lib / pythonX.Y / site-packages /: $ PYTHONPATH  

Кроме того, путь установки для любых исполняемых файлов библиотеки, сценариев или оболочек должен быть добавлен в переменную $ PATH .

  scc1 $ export PATH = / projectnb / projectname / pythonlibs / bin: $ PATH  

Пример установки общего каталога

Пример

  # Загрузите модуль python для версии, которую вы хотите использовать.
scc1 $ загрузка модуля python / 2.7.13

# Установить пакет
scc1 $ pip install --prefix = / projectnb / имя проекта / mypython / htseq
Сбор htseq
  Скачиваем HTSeq-0.7.2.tar.gz (548 КБ)
    100% | ############################### | 552 КБ 696 КБ / с
Требование уже выполнено: numpy в /share/pkg/python/2.7.13 / ... (из htseq)
Требование уже выполнено: pysam> = 0.9.0 в /share/pkg/python/2.7.13 / ... (из htseq)
Строительные колеса для собранных пакетов: htseq
  Запуск setup.py bdist_wheel для htseq ... готово
  Хранится в каталоге: ~ / .cache / pip / wheels / cd / b4 / 6f / 378ed9b24ccc1ced794835
Успешно построенный htseq
Установка собранных пакетов: htseq
Успешно установил htseq-0.7.2

# Расположение библиотеки не автоматическое, экспортируйте ее в PYTHONPATH
scc1 $ export PYTHONPATH = / projectnb / имя проекта / mypython / lib / python2.7 / site-packages: $ PYTHONPATH

# Протестируйте его импорт
scc1 $ python
Python 2.7.13 (по умолчанию, 8 февраля 2017 г., 12:51:33)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)] в linux2
Для получения дополнительной информации введите «помощь», «авторские права», «кредиты» или «лицензия».
>>>
>>> импорт HTSeq
>>>
>>> выход ()

# В этом пакете есть двоичные файлы, они не работают автоматически
scc1 $ htseq-count -h
-bash: htseq-count: команда не найдена

# Добавьте двоичное местоположение в $ PATH, и оно будет найдено
scc1 $ export PATH = / projectnb / имя проекта / mypython / bin: $ PATH
scc1 $ htseq-count -h
Использование: htseq-count [параметры] файл_выравнивания gff_file

Этот скрипт принимает файл выравнивания в формате SAM / BAM и файл функций в формате
GFF и вычисляет для каждой функции количество операций чтения, сопоставленных с ней.Подробнее см. Http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/count.html.
...  

Обновление пакета PyPI

Вы можете обновить любые лично установленные пакеты PyPI с помощью команды « pip » с опцией « --upgrade ». Чтобы обновить централизованно установленный пакет для общих установок python, отправьте заявку по адресу [email protected].

  scc1 $ pip install --upgrade packagename  

Пример обновления пакета PyPI

  # Использование python / 2.7.13 и virtualenv для этого примера.
scc1 $ загрузка модуля python / 2.7.13
scc1 $ virtualenv myenv
Новый исполняемый файл python в / usr3 / bustaff / cjahnke / myenv / bin / python
Установка setuptools, pip, wheel ... готово.
scc1 $ источник myenv / bin / активировать
(myenv) scc1 $

# Например, установить старую версию.
(myenv) scc1 $ pip install htseq == 0.6.1
(myenv) scc1 $ питон
Python 2.7.13 (по умолчанию, 8 февраля 2017 г., 12:51:33)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)] в linux2
Для получения дополнительной информации введите «помощь», «авторские права», «кредиты» или «лицензия».>>> импорт HTSeq
>>> HTSeq .__ version__
'0.6.1'
>>>

# Обновите до последней версии.
(myenv) scc1 $ pip install --upgrade htseq
Сбор htseq
Требование уже обновлено: numpy в ./myenv/lib/python2.7/site-packages (из htseq)
Сбор pysam> = 0.9.0 (от htseq)
  Использование кешированного pysam-0.11.1-cp27-cp27m-manylinux1_x86_64.whl
Установка собранных пакетов: pysam, htseq
  Найдена существующая установка: HTSeq 0.6.1
    Удаление HTSeq-0.6.1:
      Успешно удален HTSeq-0.6.1
Успешно установил htseq-0.7.2 pysam-0.11.1

(myenv) scc1 $ питон
Python 2.7.13 (по умолчанию, 8 февраля 2017 г., 12:51:33)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-3)] в linux2
Для получения дополнительной информации введите «помощь», «авторские права», «кредиты» или «лицензия».
>>> импорт HTSeq
>>> HTSeq .__ version__
'0.7.2'
>>>  

Удаление пакета PyPI

Вы можете удалить любые лично установленные пакеты PyPI с помощью команды « pip » с опцией « --uninstall ».Процесс удаления показывает, какие файлы нужно удалить, и запрашивает подтверждение. При работе с несколькими виртуальными средами или расположениями библиотек важно тщательно проверять пути.

  scc1 $ pip install --uninstall packagename  

Пример удаления пакета PyPI

Продолжая пример из предыдущего раздела с python / 2.7.13 и виртуальной средой

  (myenv) scc1 $ pip удалить htseq
Удаление HTSeq-0.7.2:
  / usr3 / bustaff / cjahnke / myenv / bin / htseq-count
  / usr3 / bustaff / cjahnke / myenv / bin / htseq-qa
  /usr3/bustaff/cjahnke/myenv/lib/python2.7/site-packages/HTSeq-0.7.2.dist-info/DESCRIPTION.rst
  /usr3/bustaff/cjahnke/myenv/lib/python2.7/site-packages/HTSeq-0.7.2.dist-info/INSTALLER
  ...  Продолжить (да / нет)? y Успешно удален HTSeq-0.7.2 

Установить сторонние и не-PyPI пакеты

В PyPI доступны не все пакеты. Фактически, многие из новейших пакетов, которые мы видим в журналах, выпущены непосредственно разработчиками и вообще не могут быть установлены из PyPI.Мы можем использовать pip для их установки из исходного кода (что иногда не работает) или установить их с помощью прилагаемого сценария setup.py .

В общих чертах это выглядит так:

  # Загрузить пакет и извлечь исходный код от разработчика
scc1 $ wget https://third.party.dev/packages/source/module.tar.gz
scc1 $ tar xf module.tar.gz
scc1 $ cd module /
scc1 $ ls
setup.py другие файлы

# Выберите место для установки, установите PYTHONPATH и создайте каталоги
scc1 $ export PACKAGEINSTALLDIR = / projectnb / имя проекта / mypython
scc1 $ export PYTHONPATH = $ PACKAGEINSTALLDIR / lib / python2.7 / site-packages: $ PYTHONPATH
scc1 $ mkdir -p $ PACKAGEINSTALLDIR / lib / python2.7 / сайты-пакеты

# Установить
scc1 $ python setup.py install --prefix = $ PACKAGEINSTALLDIR  

Другие рамки управления пакетами

Виртуальные среды (virtualenv)

Инфраструктура virtualenv позволяет создавать изолированные установки Python. Это традиционный инструмент, который разработчики используют для быстрой настройки пользовательских установок Python и переключения между функционирующими средами для отдельных проектов.При использовании с pip очень легко создавать среды и распространять файлы «requirements.txt» для восстановления этих сред в различных системах.

Дополнительную информацию о virtualenv можно найти на нашей странице виртуальных сред Python.

Анаконда Python (conda)

Anaconda - это бесплатный менеджер пакетов и среды для Python, распространяемый Continuum Analytics. Он очень похож на virtualenv и получил признание благодаря простоте упаковки и репликации модулей или целых сред Python в разных системах.Дистрибутив включает набор основных пакетов Python, а дополнительные пользовательские пакеты могут быть установлены из удаленных «каналов».

Более подробную информацию об Anaconda можно найти на нашей странице Anaconda Python.

Простая установка (easy_install)

Платформа easy_install была выпущена в 2004 году как часть модуля setuptools. Сценарий easy_install.py устанавливает «яйцо» Python вместо сборки пакета из исходного кода или использования сценария setup.py. Эти «яйца» извлекаются из PyPI, как и pip , но вставляются напрямую.Это приводит к минимальной установке, которая часто пропускает связанные сценарии и усложняет зависимости пакетов. Хотя официально он не считается устаревшим, он используется реже, чем установщики pip или обычные setup.py .

HOWTO: добавление пакетов Python с помощью диспетчера пакетов conda

Хотя наши установки Python содержат множество популярных пакетов, вы можете столкнуться с ситуацией, когда вам понадобится дополнительный пакет, который не установлен.Если конкретный пакет, который вы ищете, доступен на anaconda.org (ранее binstar.org), вы можете легко установить его и необходимые зависимости с помощью диспетчера пакетов conda.

Процедура

Следующие шаги являются примером того, как настроить среду Python и установить пакеты в локальный каталог с помощью conda. Мы используем имя local для среды, но вы можете использовать любое другое имя.

Загрузить правильный модуль Python

У нас есть модули python и miniconda3 .Модули python основаны на диспетчере пакетов Anaconda, а модуль miniconda3 основан на диспетчере пакетов Miniconda. Модули python обычно рекомендуются при использовании Python в стандартной среде, которую мы предоставляем. Однако, если вы хотите создать свою собственную среду Python, мы рекомендуем использовать модуль miniconda3 , поскольку вы можете начать с минимальной конфигурации.

модуль загрузки miniconda3
 

Создать установку Python в локальный каталог

Перечислены три альтернативные команды создания.Они охватывают наиболее распространенные случаи.

Создать новую среду

Следующее создаст минимальную установку Python без каких-либо посторонних пакетов:

conda create -n local
 

Базовая среда клонирования

Если вы хотите клонировать полную базовую среду Python из системы, вы можете использовать следующую команду create:

conda create -n local --clone base
 

Создание новой среды с определенными пакетами

Вы можете дополнить приведенную выше команду, указав конкретные пакеты, которые вы хотите установить в среду.Например, следующее создаст минимальную установку Python только с указанными пакетами (в данном случае numpy и babel ):

conda create -n локальный numpy babel
 

По умолчанию conda устанавливает самые новые версии найденных пакетов. Конкретные версии можно указать, добавив = <версия> после имени пакета. Например, следующее создаст установку Python с Python версии 2.7 и NumPy версии 1.16:

conda create -n local python = 2.7 numpy = 1.16
 

Чтобы убедиться, что клон создан, используйте команду

информация conda -e 

Дополнительную документацию по командам conda см. На https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands.html#conda-general-commands

Активировать среду

Прежде чем можно будет использовать созданную среду, ее необходимо активировать.

Для оболочки bash:

источник активировать местный
 

В конце шага conda create вы можете увидеть сообщение от установщика о том, что вы можете использовать команду conda activate для активации среды.Но, пожалуйста, не используйте команду conda activate , потому что она попытается обновить файл конфигурации оболочки и может вызвать другие проблемы. Итак, используйте команду source activate , как мы предлагаем выше.

В более новых версиях Anaconda в кластере Owens вам также может потребоваться выполнить удаление следующих пакетов, прежде чем пытаться установить ваши конкретные пакеты:

  conda удалить conda-build
conda удалить conda-env 
 

Установить пакеты

Для установки дополнительных пакетов используйте команду conda install .Например, для установки пакета yt :

conda install yt
 

По умолчанию conda установит самую новую версию пакета, который сможет найти. Конкретные версии можно указать, добавив = <версия> после имени пакета. Например, чтобы установить версию 1.16 пакета NumPy:

conda install numpy = 1.16
 

Если вам нужно установить пакеты с pip , вы можете установить pip в своей виртуальной среде до

conda install pip 

Затем вы можете установить пакеты с pip как

pip install ПАКЕТ 

Если на этом шаге есть ошибки, вам необходимо устранить их, прежде чем продолжить.

Тестовый пакет Python

Теперь мы протестируем наш установленный пакет Python, загрузив его в Python и проверив его местоположение, чтобы убедиться, что мы используем правильную версию. Например, чтобы проверить правильность установки NumPy, запустите

.

python -c "from __future__ import print_function; import numpy; print (numpy .__ file__)"
 

и убедитесь, что результат в целом соответствует

$ HOME / .conda / envs / local / lib / python3.6 / site-packages / numpy / __ init__.py
 

Чтобы протестировать установку других пакетов, замените все экземпляры numpy на имя пакета, который вы установили.

Помните, что вам нужно будет загрузить правильную версию Python, прежде чем вы начнете использовать недавно установленный пакет. Пакеты устанавливаются только на одну версию Python.

Установите свои собственные пакеты Python

Если описанный выше метод с использованием conda не работает или если вы предпочитаете, вы можете рассмотреть возможность установки пакетов Python из источника. Пожалуйста, прочтите HOWTO: установите свои собственные пакеты Python.

Но я использую virtualenv и / или pip!

См. Сравнение этих инструментов управления пакетами здесь:

https: // docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands.html#conda-vs-pip-vs-virtualenv-commands

Использовать только pip без диспетчера пакетов conda

pip поддерживаются установки:

загрузка модуля Python
список модулей # проверьте, какой питон вы только что загрузили
pip install --user --upgrade PACKAGE # где PACKAGE - допустимое имя пакета
 

Обратите внимание, что в качестве префикса установки по умолчанию используется системный путь, по которому пользователи OSC не могут установить пакет.С параметром --user устанавливается префикс $ HOME / .local , куда помещаются lib, bin и другие папки верхнего уровня для установленных пакетов. Наконец, опция --upgrade обновит существующие пакеты до последней доступной версии.

Единственная проблема этого подхода - переносимость с несколькими модулями Python. Если вы планируете использовать один модуль Python, это не должно быть проблемой. Однако, если вы обычно переключаетесь между разными версиями Python, помните о потенциальных проблемах, связанных с использованием одного и того же места установки для всех версий Python.

Использовать pip в виртуальной среде Python (только Python 3)

Как правило, вы можете установить пакеты с помощью методов, показанных в разделе Установка пакетов выше, но в некоторых случаях, когда установки пакета conda не имеют источника из каналов conda или имеют проблемы с зависимостями, вы можете рассмотреть возможность использования pip в изолированном Python виртуальная среда.

Для создания изолированной виртуальной среды:

сброс модуля
python3 -m venv --without-pip $ HOME / venv / mytest --prompt "местный"
источник $ HOME / venv / mytest / bin / activate
(локальный) curl https: // bootstrap.pypa.io/get-pip.py | python # получить новейшую версию pip
(местный) деактивировать
 

, где мы используем путь $ HOME / venv / mytest и имя local для среды, но вы можете использовать любой другой путь и имя.

Для активации и деактивации виртуальной среды:

источник $ HOME / venv / mytest / bin / activate
(местный) деактивировать
 

Для установки пакетов:

источник $ HOME / venv / mytest / bin / activate
(local) pip install ПАКЕТ
 

Вам не нужен параметр --user в виртуальной среде.

Тест-драйв

Conda: https://conda.io/docs/test-drive.html

.